新中國成立後，在廣州積極參加人民政權建設和從事統戰工作，曆任廣東省參事室主任、廣東省政協副秘書長等職。遺著有《我所知道的鄧演達》及與楊逸棠合編的《鄧演達先生言論集》等。
積極抗日
廣州淪陷前，廣東省主席吳鐵誠把廣東劃為十幾個區，成立各區統率委員會，起用地方豪紳或在鄉賦閑的舊軍政人員，利用他們的地方實力和影響。廣東第八區的統率委員會以十九路軍舊將翁照垣為主任，陳卓凡為付主任，廣州淪陷後，全省各區統率委員會改為各區遊擊司令部；主任、付主任改為司令、付司令。廣東第八區遊擊司令部設在普寧城外；轄下有澄海、揭陽、潮陽、惠來、普寧、豐順、南山等縣和地區。翁照垣雖名為司令，但他為蔣介石所嫉忌，故隻掛個名，實際責任由陳卓凡負責。陳在該司令部下設一個戰時工作團，自兼團長，下麵設七、八個工作隊，派赴轄下各城鄉，對民眾宣傳抗日、組織並訓練民眾。團本部設秘書、宣傳、組織、訓練等幾個組。陳卓凡當時認為要搞好抗戰工作，必須學習共產黨的辦法，研究共產黨的遊擊戰術，灌輸抗日革命理論，學習延安的一些做法。那時潮汕各縣進步青年，對這個戰時工作團極為向往，積極要求參加；但經費支絀，無法吸收太多人。那些工作隊隊長、隊員、團本部的組長、秘書、組員，均無薪水，隻有粗糙的夥食和買肥皂、剪發的零用錢；但他們工作得十分愉快。當時八區確實生氣勃勃，在團裏可以隨便閱讀毛主席著作和其他中共領導人的文章；可以閱讀各種進步書報；可以自由發表各種意見；上、下級也很少有膈閡。陳卓凡不忌諱他與中共地下黨員的往來。他認為廣州淪陷以後，潮汕必不能保；如果潮汕淪陷，必須展開遊擊戰；故此要深入發動民眾、組織民兵、做好軍事訓練工作；要我們勤於學習軍事。每早他親自帶頭跑步、爬山，還要作夜行軍及其他軍事訓練。他又和屬下各縣縣長打好關係，各縣縣長都肯支持他派到各縣的工作隊能順利工作，且有一定的成績。香港《大公報》和其他報紙，對廣東第八區的抗戰救亡工作時有報導，並加讚揚，引起各方麵人士的注意。
1938年年12月，新任省政府主席李漢魂召開省政府會議，決定把各區遊擊司令部撤消，成立各區行政督察專員公署兼保安司令部。陳卓凡赴韶出席。餘漢謀特別接見陳卓凡，由李煦寰、鍾天心陪同陳到餘漢謀十二集團軍總部所在地翁源三華，餘漢謀非常誠懇地請陳到他那裏幫助搞好政工，並表示對陳十分信任。鍾天心又在餘麵前極力稱道陳在潮汕的成績。餘、李更加拉住陳不放。陳終於到李煦寰的第十二集團軍政治特派員室做了李煦寰的主任秘書。李將特派員室的重要工作，都交與陳處理，對陳言聽計從。陳把原來在八區的他的主要幹部王鼎新、許美勳等人都接到特派員室，分任秘書、科長等職務。就在這時，陳與李煦寰積極籌組政工總隊。陳把他在廣東第八區搞的戰時工作團的一些經驗提出來，並向餘漢謀、李煦寰建議學習八路軍政治工作和學習訓練政工人員辦法。中共方麵也積極幫忙，派人協助這項工作，並動員許多共產黨員參加政工總隊。
陳卓凡說：“政工總隊成立後一年，蔣介石要餘漢謀、李煦寰到重慶開會，那時正準備成立第七戰區。國民黨頑固派這時積極攻擊餘、李，說他們為共產黨所利用，要他們解散政工總隊或由中央接收辦理。餘漢謀最怕蔣介石插手廣東軍隊，政工總隊不肯給他染指，表示不願意解散；理由是政工總隊辦得有成績，這是事實；且未用過中央一分錢，為什麼要解散？說被共產黨利用，也沒理由。十二集團政治特派員室和屬下所有部隊，及政工總隊沒有一個共產黨員做政工主管的。“第三黨”人就有，但曆來就是如此。至於共產黨員秘密滲入，那不能避免。就中央部隊裏誰也不能擔保沒有共產黨。後來聽說蔣介石特別找李煦寰談話，軟硬兼施。要他秘密除掉政工機構裏的共產黨員，如能這樣就給第七戰區政治部主任與他做。蔣不敢堅持叫他解散政工總隊，隻叫他清除共產黨員。李煦寰表示服從。蔣介石明知李煦寰是餘漢謀的拜把兄弟，餘漢謀任第七戰區長官司令，政治部主任非李煦寰不可，派任何一個人都不會使餘漢謀接受。隻要李煦寰聽話，以後再挖他的牆腳，事情就好辦了。”陳那時還談到：“我做國民黨粵漢鐵路特別黨部書記長是事先與周恩來先生交換過意見，他鼓勵我去的”。