史學界一般認為，伊斯蘭教於7世紀中葉開始傳入中國。651年8月25日(唐永徽二年八月初四)第三任哈裏發奧斯曼(唐書作瞰密奠末膩)首次派使臣來長安，覲見唐高宗李治。這是伊斯蘭教國家與中國第一次遣使聘問。但民間交往可能更早。早期來中國的大都是信仰伊斯蘭教的阿拉伯和波斯商人，他們通過西北陸路和東南海路來到中國。陸路沿古老的絲綢之路，經天山南北、河西走廊來到唐都長安。當年的長安有西市，內有“波斯邸”“胡店”。海路前來中國的商人由波斯灣和阿拉伯海出發，經孟加拉灣、馬六甲海峽分別到達廣州、泉州、揚州、福州、杭州等沿海通商口岸。唐書上稱他們集中居住的地區為“蕃坊”，這些商人被稱為“蕃客”。他們在蕃坊內建造清真寺，過宗教生活，對伊斯蘭教在中國的傳播起了很大作用。
751年(唐天寶十載)為爭奪石國(今塔什幹)，唐帝國和阿拉伯帝國發生一次“怛邏斯之戰”，唐敗，唐軍有大批人員被俘往西亞。其中，杜環回國後撰有《經行記》，原書已佚。其叔父杜佑所撰《通典》中有他介紹伊斯蘭教情況的片斷記載。
中唐時，為平定安史之亂，唐肅宗向大食等國借兵。兩京收複後，肅宗允許大食兵世居華夏，可與中國婦女通婚。據傳天寶以後留居長安一帶的蕃兵胡賈幾達四千人。
宋代與阿拉伯之間的交往綿延不斷，來華穆斯林有增無減。為擴大貿易，宋朝廷先後在廣州、杭州、明州(今浙江寧波)等港口專設市舶司。五代、北宋之際，伊斯蘭教開始傳入中國新疆地區。到15、16世紀，在新疆地區已成為占統治地位的宗教。
元代是伊斯蘭教在中國進入了全麵發展的時期。1219年起，成吉思汗率蒙古軍大舉西征，占領了今中亞及東歐、伊朗北部大片土地，建立了橫跨亞、歐的蒙古大汗國。其孫旭烈兀舉行第三次西征，攻陷了大馬士革和巴格達，建立了伊利汗國。蒙古貴族把上述被征服地區信仰伊斯蘭教的各族人組成“西域親軍”，率之東來，並把他們編入探馬赤軍，參加忽必烈在中國各地的征戰；戰後就地屯聚牧養。這些東來的“回回”在中國各地定居後，與當地居民通婚，繁衍子孫，逐漸形成回回民族。元代“回回”屬色目人，社會地位僅次於蒙古人，不少穆斯林在中央政府任重要官職，穆斯林人口也急劇增加，遍及全國各地，有“元時回回遍天下”之說。伊斯蘭教得到元統治者的保護，同佛教，道教等有同等地位，稱為“清教“真教”或“回回教”。
明朝開國功臣中有不少是穆斯林，如常遇春、胡大海、藍玉、沐英等。明朝曆代統治者對穆斯林采取懷柔政策，穆斯林在朝中為官的不乏其人。7次下西洋、到麥加朝聖並帶回天房圖的鄭和就是其中之一。經過長期的共同生活，穆斯林到明代正式形成了民族共同體——回族。撒拉族、東鄉族、保安族等在明代也相繼接受了伊斯蘭教。
清朝統治者對信仰伊斯蘭教的各族人民實行歧視和高壓政策，各族穆斯林的武裝起義此伏彼起。
明清時期是形成帶有中國社會特色的中國伊斯蘭教階段，創辦了經堂教育，開展用漢文結合中國傳統的儒家思想來闡發伊斯蘭教義的譯著活動，出現了蘇非派神秘主義思想與中國封建宗法製度相結合的伊斯蘭教門宦製度。
中華民國時期，當局經常挑起和製造民族糾紛，並采用“以回製回”的策略，扶植、利用信仰伊斯蘭教的民族中反動上層和封建勢力，對廣大穆斯林進行殘酷統治，並多次挑起教派之爭。各族穆斯林在中國共產黨領導下，積極參加反帝反封建的民主革命運動，共同創建新中國。這一時期，隨著時代前進，伊斯蘭教自身也有革新，如倡興新式教育，派遣留學生，翻譯出版伊斯蘭教典籍和刊物，組織全國性的學術團體——中國回教學會和宗教團體——中國回教俱進會，出現宗教革新的派別，等等。
南海交通
南海是漢代中國與東南亞、印度的海上通道。據《漢書·地理誌》，由日南邊塞(出海口在今越南峴港)或徐聞、合浦出發，沿印支半島南下，船行五月，到都元國(今越南南圻一帶)，全程1060海裏；船再行四月，到邑盧沒國(今泰國華富裏)，全程840海裏；再船行20餘日，到諶離國(指暹羅古都佛統)，全程約100餘海裏。由諶離國舍舟登陸，橫越中南半島，步行十餘日，到夫甘都盧國(今緬甸蒲甘地區，與下緬甸直來人居地，包括薩爾溫江入海處和仰光一帶)，全程300公裏。再船行二月餘，到黃支國(今印度東岸建誌補羅，出海口為馬德拉斯)，全程1728海裏。黃支之南有已程不國(Sihadvipa，意為獅子洲，今斯裏蘭卡)。漢使至此乃循原路而歸。
王莽輔政時，黃支國遣使至中國贈生犀牛，該國使臣自黃支出發，船行八月，到達皮宗(即今印尼蘇門答臘島西北部一帶)，全程1700海裏；再船行二月，經新加坡、西貢，到日南、象林界(越南峴港)，全程1700海裏。
由此可見，日南道又分南、北兩線。北線自日南、徐聞或合浦，船行經都元、邑盧沒、諶離後，舍舟登陸，步行至夫甘都盧，再乘船至黃支，漢使南下多循此線；南線則由黃支經皮宗至日南，黃支使臣北上即循此線。
漢使南行皆由“蠻夷賈船，轉送致之”，自日南至諶離，乘坐暹羅灣或印度支那半島南部船隻，船形狹長如龍舟，以人力劃槳前進，隻能在近岸的淺海而不宜作遠洋航行，平均日行7海裏。自諶離橫越半島以後，改乘印度洋孟加拉灣的船隻，船體高大，利用季候風揚帆，每日平均能行28海裏。黃支國使臣至皮宗所乘亦此種船，隻是到蘇門答臘後要等待半年轉換一次的季候風，故實際所需時間也僅兩月，同皮宗至日南一樣，日速28海裏。
《漢書·地理誌》還載黃支國“其州廣大，戶口多，多異物”，所產明珠、璧琉璃、奇石等，自漢武帝以來，源源流入中國；中國的特產也通過饋贈、貿易，不斷輸往上述各地。
荷蘭侵占台灣
指17世紀初荷蘭殖民者對中國大陸東南沿海和台灣的侵略。荷蘭在17世紀繼西班牙之後成為世界上最大的殖民國家。明萬曆三十二年(1604)八月，荷將韋麻郎率軍艦兩艘偷襲澎湖，伐木作舍，擬長久占領。明朝總兵施德政令都司沈有容率兵麵責，荷方理屈，於十一月退出澎湖。天啟二年(1622)五月，荷蘭艦隊再次侵占澎湖。四年二月，巡撫南居益派總兵俞谘皋、守備王夢熊等收複澎湖，擒荷將高文律。荷蘭殖民者強占澎湖的陰謀未能得逞，於同年八月轉而侵占中國台灣島西南部，先在大員建台灣城(荷人稱熱蘭遮城)，後又在赤嵌地區建赤嵌城(荷人稱普羅文查城)等城堡，做為軍事侵略統治據點，並使用武力鎮壓高山族，燒毀村社。崇禎十五年(1642)，荷軍又打敗於天啟六年侵占台灣北部雞籠(基隆)淡水的西班牙殖民者，奪占了台灣的西南部和北部。荷蘭在台灣對漢族、高山等族人民施行殘酷的殖民統治和剝削。在政治上通過任命漢族和高山族“長老”進行統治；在經濟上將台灣土地全部占為已有，向台灣人民強收高額地租，每甲田(約合11畝)年收租為上田十八石，中田十五石六鬥，下田十二石二鬥，還征收各種苛捐雜稅；在文化教育上派遣基督教傳教士向台灣人民灌輸宗教思想，創辦學校，推行奴化教育。荷蘭的殖民統治，遭到廣大台灣人民的多次反抗，其中以清順治九年(1652)郭懷一起義規模最大。十八年四月，民族英雄鄭成功率軍在台灣登陸，在當地人民的支持下，經過九個多月的戰鬥，於翌年二月一日迫使荷蘭侵台長官揆一投降，將其全部趕出，結束了荷蘭在台灣的38年的殖民統治。
教案
19世紀下半葉起中國人民反對外國教會和傳教士的事件。從1848年(道光二十八年)青浦教案到1911年(宣統三年)辛亥革命前的60多年間，共約發生五六百起。由於外國侵略勢力利用、包庇教會和傳教士，這些事件也成為中國人民反抗外國侵略的正義鬥爭的組成部分，震動世界的義和團運動堪稱最大的一次教案。
基督教曾於唐、元及明末清初三度傳入中國。清王朝實行閉關政策後，嚴禁外國人在中國傳教。1720年(康熙五十九年)，清康熙帝鑒於羅馬教廷堅持禁止中國信徒祀孔祭祖，下令禁止天主教在中國傳播，驅逐教士，查封教堂，對西方宗教在中國發展勢力是一嚴重打擊。但此後禁令雖嚴，仍不斷有教士潛入傳教。1840年鴉片戰爭前，中國天主教徒約有30萬人。耶穌教(基督新教)亦於1807年(嘉慶十二年)派遣教士來華，在澳門、廣州秘密傳教，時受洗入教的總共不滿100人。鴉片戰爭後，中國從獨立國家淪為半殖民地，清政府被迫開放教禁，允許外國在通商口岸傳教，發還教堂舊址。1858年(鹹豐八年)簽訂的《天津條約》，又準許外國傳教士進入內地傳教。1860年中法《北京條約》簽訂時，法國傳教士在中文約本上私增教士可在中國各地購置田產，建造自便的條文。後其他國家根據利益均沾條款和治外法權的保護，相繼效仿，傳教士遂大量湧入，足跡遍及各地。
外國教士在傳教過程中企圖改變中國禮俗，把佛教、道教貶為邪教，詆毀孔子及儒家學說，並在深鄉僻壤幹涉民間傳統儀節。更為甚者，以不平等條約為依據，幹擾中國地方行政，破壞中國司法權。他們妄指廟宇、會館、公所和民宅為舊置教學，迫令歸還。任意出入地方衙署，斥責官員，並盛設儀規，擅作威福。在傳教中，挑撥教徒與非教徒的糾紛，凡教中犯案，皆包攬詞訟，曲庇教徒，不法教徒常依仗其勢力，欺淩平民，詐取錢財，霸占田產，橫行鄉裏。凡此種種，使群眾積恨成仇，紛紛自發地起來進行反洋教鬥爭，各地教案頻繁發生。
清末教案大致分為四期。第一期，從1840年鴉片戰爭後至1870年(同治九年)的天津教案。其間，地方官吏和紳士打出“排斥異端”和保衛聖道的旗號，號召和組織群眾反教，主要表現為逐殺教士和焚燒教堂。在震驚中外的1870年6月天津教案中，法國領事因群眾抗議教會一事公然向政府官員開槍，群眾將其打死，並焚毀法領館和教堂，殺死20名外國人。法、英、美、俄、德、比、西等國聯合向清政府提出抗議，並調遣軍艦到天津海口及煙台一帶示威。清政府屈從外力，以殺民賠款及派使臣赴法道歉結案。第二期，從19世紀70年代至90年代初。時社會上層開始退出反洋教鬥爭，大量下層勞動群眾投入進來，民間會黨逐漸成為核心力量，教案從焚堂鬧教發展為大規模的暴動或武裝起義。在1891年(光緒十七年)由哥老會掀起的反洋教浪潮中，長江中下遊幾十個城市和廣大鄉村，凡有外國教會盤踞的地方都發生了暴動，甚至上海租界也出現反教揭帖，因而引起列強出動軍艦在長江示威，清政府派兵圍剿。第三期，從1894年中日甲午戰爭後至1900年義和團運動。其間，隨著民族危機的加深，反教人數日益增多，民間會黨成為領導力量，將反教與反列強瓜分結合在一起，各地教案尤以山東為劇。1897年11月，大刀會組織群眾擊殺巨野德國教士，周圍數縣紛起響應。德國遂以巨野教案(又稱曹州教案)為借口，出兵占領膠州灣。並迫使清政府允其租借，及在山東享有築路和開礦的特權。此後教案仍然不斷，1898年一年又發生大小數十次武裝起事。當地秘密結社在反洋教鬥爭中發展壯大，最終發動了聲勢浩大的“滅洋”運動——義和團運動。第四期，從義和團運動後至辛亥革命前。時會黨仍在反洋教鬥爭中起重要作用，某些地區的鬥爭具有一定聲勢，但整體己成為高潮後的餘波。及至資產階級革命興起後，原來群眾自發的鬥爭便彙入民族、民主革命的洪流。其間，由於中國長期閉關自守，生產不發達，文化落後，對外來事物反應消極，乃至采取敵對態度，在反洋教鬥爭中也出現了大量迷信和盲目排外的現象。
清政府在處理教案的過程中，起初因為教案與地方官員均有牽連，對外交涉時頗為躊躇，但在外國侵略勢力的外交壓力和武力恫嚇下，又妥協讓步，對群眾采取鎮壓政策。天津教案以後，開始從民怨和外患兩方麵感到教案問題的嚴重性。1871年，總理衙門曾向駐京外使遞交《傳教章程》，企圖對各國傳教士稍加約製，遭到各國反對。1892年李鴻章亦擬一類似的“教堂禁約”，但隨著列強對中國的掠奪已形成瓜分之勢，清政府自顧不暇，因而無法付諸實施。以後，對教會和列強的要求更多委曲求全，凡遇案發，必貶革當事官吏，屠殺反教群眾，賠償外國教會，以犧牲國家主權和尊嚴換取“中外相安”。1898年後頒布了一係列保護教會的規定，承認外國教職人員與中國地方官員地位對等。清政府的如此立場，不僅沒有使民教矛盾得到緩和，反而使之愈演愈烈。