在探測過程中，潛水員偶爾會發現零星巨大獨立岩石或水底海溝，卻全部被淤泥覆蓋著，聲呐找得到，潛水員卻始終摸不著。原西昌市人大常委會副主任、邛海流域環境規劃領導小組副 組長、邛海瀘山綜合整治開發建設指揮部辦公室主任，長期致力於邛海環境的保護工作的吳少林有點不甘心，他讓人找來取樣鋼管，讓潛水員下潛扡插。然而，除取得分層淤泥條狀土樣外，仍然一無所獲。
關於水下疑似建築群之說，涼山州博物館館長給予了駁斥。他通過調查分析後認為，6平方千米的“古城”麵積，僅比如今西昌城小一點兒，西昌古時不可能有那麼大的城市。
經過幾天的梳理，盡管想找的建築群沒找到。但本著科學態度，專家們得出一致結論：還不能絕對排除存在的可能性。“因為沒摸到水底，誰也不敢把話說絕了。”一番話，依舊給“邛海水下有古城”留有懸念。
水下有無古城的論爭
西昌地處橫斷山脈，乃地震多發區。史上有記載的大地震 有：公元前116年漢武帝元鼎元年的大地震，震級8.9級；1536年，明朝嘉靖十四年的大地震，震級7級左右；1850年清朝道光三十年的大地震，震級7.5級。
“邛海是地震所致，而且當時的邛都沉陷到了水底，因為範曄的《後漢書》中早有記載。”提起邛海的形成，一些人堅信“地震說”。“邛海因地震形成不是神話，邛都城池沉陷邛海中，也不僅僅是傳說，可能是真的。”
不過，這些引來文物考古者的質疑，直言“邛海地震形成說”乃憑空捏造。有的人說，邛都縣是漢武帝開發西南夷設置的15縣之一，司馬遷時任西漢中書令之職，全程參與了西南夷各郡縣的設置，而且，司馬遷曾到過西昌。不過，“城陷於海”這樣的大事，司馬遷在《史記》中卻隻字未提。
還有兩位四川籍史學家，一位是西晉時期的《三國誌》作者陳壽，另一位是同時期的《華陽國誌》作者常璩。“這兩位史學 家世居四川，對境內發生的城陷為海的大事，絕不可能從耳未聞，更不可能不記。因此，幾百年後，司馬遷、班固、陳壽、常璩的後生，距西昌萬裏之遙的範曄，憑空捏造出‘邛都……地陷為汙澤’這樣的謊言，實乃可笑！”西昌市文管所研究員張正寧表示。有人說，翻開中國曆史，西昌曆史上從未設置過梓潼縣，“何以沉沒於邛海海底呢？”
“西昌有漢城，不過，依照我個人研究，這座漢城一定不會在邛海水下，而是在地勢較高的地方。”省社科院考古研究所博士楊勇表示，邛海水下有座城的說法，完全不靠譜！從地質學角度講，邛海乃地質結構變化形成，距今已超過百萬年，而漢代距今2000多年，從年代講“邛海水下有古城”也是站不住腳的。
還可以說明這一點的是，古人在城址選擇上，往往會綜合考慮地形地貌。特別是城址地形是否適合外敵防禦，這是城址的第一考慮因素。因此，古人的城址一般會選在地勢較高位置，比如山上。絕不可能選在地勢較低的位置。
那麼，西昌境內有漢城嗎？四川省社科院考古研究所表示，通過前期考察，西昌應該有一座漢城。不過，從當前出土文物看，西昌漢城還尚未完全被發現。
該遺址已於2002年被省政府列為省級文物保護單位。