有人認為，水下發現的眾多石像都刻有托勒密二世的稱號，因此這座城市應是托勒密二世建造的，建造的時間應在公元前3世紀初。
有人根據伊西斯女神像的發現，認為是埃及女王克婁巴特拉所造，如果是這樣，建造時間應是公元前30年之前不久。
大多數考古學家根據目前打撈出的文物判斷，法老城大約修建於公元前7世紀至公元前6世紀。
還有一些人認為，從某些水下巨石上雕刻的塞提一世雕像及其稱號來看，法老城的建造應在塞提一世在位時或更早的時代，即公元前15世紀至公元前14世紀。如果它建造於托勒密二世或克婁巴特拉的時代，那應是希臘文化影響下的產物。如果建於公元前7世紀至公元前6世紀，就應是法老時代末期的遺寶。如果它真的建於塞提一世或更早的時代，那就是無價之寶了。
法老城的消失之謎
法老城究竟是怎樣消失的？很多研究者認為，它似乎是毀於一場突發的大規模災難。仔細觀察海底的這座城市，人們發現一個奇異的現象，即所有靠城邊的房子和牆都倒向同一方向。為什麼會出現這樣的絕對一致呢？
根據推測和判斷，伊拉克利翁和法老城的其他城市最有可能是毀於大地震，因為從海底保存完好的建築殘骸來看，多數的房 子和牆倒向一個方向。大地震發生後，法老城迅速沉入海底，這也是為什麼考古學家今天在距離陸地4海裏外的阿布吉爾灣20米至30米深的海水底下發現法老城的根本原因。
考古學家推測說，這次超大規模的地震應該發生在7世紀或者8世紀，因為潛水員在法老城裏發現的銀幣或者珠寶都是拜占庭時代的，沒有比這更晚的了。更重要的是，法老城城址確實是一個極容易發生地震的地區，曆史記載，整個地中海地區就數這一帶地震最多最為頻繁。
據此，考古學家們設想了法老城遭天劫那天的情景：2500年前的某一天，地中海地震了，一陣驚天動地的震顫將法老城活生生地撕裂，一條深不可測的深淵出現在法老城城市群中心地帶， 過慣了安逸舒適生活的法老城居民們終於感到害怕了。
然而，就在他們目瞪口呆的時候，那道裂縫裏突然噴出數十米高的海水，轉眼之間就將街道、房屋和人們吞沒，海水越湧越多，土地越來越往下沉。沒多久，盛極一時的法老城化為一片汪洋，數不清的生命葬身於茫茫的大海中，幾乎沒有人逃脫這場災難，也許正應了古羅馬哲學家的說法“遭報應”了。
不過，也有考古學家反對這種說法，特別是他們看到了城市的遺骸後，認為這座城市是在極短的時間內突然沉入大海的，而法老城的居民們卻都在災難發生前有秩序地撤走或者消失了，然而，這些法老城的居民都到哪裏去了呢？為什麼沒有給他們的子孫後代留一點交代？這些問題至今還沒有得到確切的答案。
從那以後，這個城市群就在30多米深的海洋裏沉睡了2500多年，直至現在被重新發現為止。對於這座海底城市群的未來，埃及考古部門的態度非常明確——絕大多數的文物及城市建築就保留在海底裏，隻將少數的文物打撈起來後送到博物館展出。