1951年10月1日，馬連良因渴望早日返回內地，謝絕了台灣的約請，秘密乘車至羅湖經深圳到達廣州，隨即轉往武漢與張君秋組成中南聯誼京劇團演出，然後北返。1952年7月1日受到周恩來總理接見，他熱愛祖國、熱愛社會主義、毅然返回內地之舉受到周恩來的讚揚。同年8月建立“馬連良京劇團”。先在青島演出，演期未滿即返京主動參加第三屆赴朝慰問團，在朝鮮演出《四進士》等劇。次年，歸國即參加鞍山三大工程建成典禮的慶祝演出。返京後，參加慰問中國人民解放軍的演出。
1955年，馬連良京劇團與譚富英、裘盛戎之北京市京劇二團合成北京京劇團，馬連良任團長，次年底，張君秋領銜之北京市京劇三團並入。此後，該團與中國京劇院合作排演《赤壁之戰》，與譚富英、張君秋、裘盛戎等人合演《秦香蓮》《趙氏孤兒》《青霞丹雪》《官渡之戰》《海瑞罷官》《狀元媒》。1961年趙燕俠領銜之燕鳴京劇團並入，他與趙燕俠合演《坐樓殺惜》。1962年兼任北京市戲劇專科學校校長。1963年赴港澳演出近三個月。1964年他以64歲高齡參演現代戲《杜鵑山》。次年排出《南方來信》，參加華北地區現代戲會演，又排出現代戲《年年有餘》。“文化大革命”初，馬連良遭受迫害，於1966年12月16日逝世。
馬連良的演唱，以譚鑫培唱腔為基礎，結合本身條件，吸取各家之長，大膽突破傳統，發展自己的所長，創立與人不同的唱法。27歲後，他多次灌製唱片，劇目之多，發行量之大，為當時所少有。他的演唱，流利、舒暢、雄渾中見俏麗，深沉中顯瀟灑，奔放而不失精巧，粗豪又不乏細膩，他以獨特的風格，為京劇開創一代新聲，成為廣大群眾喜聞樂唱的馬腔，豐富了京劇老生的唱腔藝術。《借東風》《甘露寺》《十道本》《春秋筆》《四進士》以及其它馬派劇目的唱段，幾乎被到處傳唱，可見馬派唱腔動人的藝術魅力。
馬連良15歲變聲後，側重學習念工戲《審潘洪》《十道本》《胭脂褶》《盜宗卷》等，為其念白打下深厚功底。此後，馬派代表性劇目多是唱念並重，甚或念重於唱。20歲時初演的《三字經》，自始至終全為念白，韻味悠然，念白如唱。在經常演出的劇目中，念白有時老辣，有時蒼勁，有時是幽默風趣的聲調，有時是忠告諫勸的語氣，用以表達人物的不同性格和感情需要。他善於將念白處理得像唱一樣具有強烈的藝術感染力，悅耳動聽。馬派念白和馬派唱腔互為表裏，彼此依托，統一於馬派聲腔藝術之中。
馬連良早年除受葉、蔡、蕭諸業師傳授外，表演上還潛習做工老生賈洪林，在繼承、發展傳統的基礎上，形成了馬派的表演風格。他的表演，手、眼、身、步結合一體，準確嚴謹，凝重瀟灑，將人物蘊涵的複雜感情，節奏鮮明地形之於外，形成獨具藝術魅力的馬派豐彩。
馬氏早年即矢誌京劇改革，重視一出戲中人物情節的完整性以及與時代要求的合拍。從1925年起，他將傳統劇目《廣泰莊》和三國戲《流言計》（即《雍涼關》接《罵王朗》）整理演出。1927年自行挑班演出，將《戰北原》（又名《武鄉侯》）、《範仲禹》二戲增添首尾整理演出。此後曆年均有新排劇目推出，如《雪擁藍關》《安居平五路》《天啟傳》（原名《南天門》）《蘇武牧羊》（原名《萬裏緣》）全部《白蟒台》、全部《一捧雪》《胭脂寶褶》《串龍珠》《春秋筆》《十老安劉》，均係將傳統劇目予以豐富情節，貫穿首尾，經過整理而成。
同時，也有不少經挖掘整理重新排演以及經常演出的劇目，如《磬河戰》《秦瓊發配》《渭水河》《火牛陣》《大紅袍》《應天球》《許田射鹿》《要離刺慶忌》《摘纓會》《澠池會》《楚宮恨》《朱砂井》《清風亭》《龍鳳呈祥》《打漁殺家》《八大錘》《群英會·借東風》《四進士》《九更天》《打嚴嵩》等，其中多數久經錘煉，成為馬派代表性劇目。
馬連良在其拿手劇目中，擅於分飾前後二個或三個角色，人物性格絕不雷同。20世紀50年代後，馬連良演出的新編、改編的曆史故事劇有：《將相和》《三顧茅廬》《赤壁之戰》《趙氏孤兒》《青霞丹雪》《秦香蓮》《官渡之戰》《海瑞罷官》《狀元媒》，還有現代戲《杜鵑山》《南方來信》《年年有餘》。