十二縱司令員鍾偉，政委袁升平，副司令員熊伯濤。
十二縱下轄三個師：三十四師師長溫玉成，政委譚友林；三十五師師長王奎先，政委粟在山；三十六師師長沈啟賢，政委王建中。
炮兵司令員朱瑞，政委邱創成，副司令員賈陶、匡裕民。
護路軍（後改名為鐵道縱隊）司令員蘇進，副司令員王光文。
騎兵師（以後分散到各縱隊）師長王明貴，政委朱繼先。
在總部之下，還有11個獨立師。獨立師的數目是不固定的，因為在主力縱隊減員時，獨立師就可能作為主力縱隊的補充，然後又從二線兵團中組建新的獨立師。
在百萬東野大軍之內，還有一支在各種軍史著作中極少載入編製序列卻又極為重要的隊伍，就是被稱為東野總部二局的技術偵察隊伍，領導人是早在江西中央蘇區時期就曾經擔任中央紅軍破譯科長（正式名稱是中央軍委第二局第四科）、寫有《密碼學總論》一書的曹祥仁，他此時擔任東野的副參謀長兼二局局長。曹祥仁在1947年5月以中央軍委總參謀部二局局長的身份來到東北，經過一年的努力，二局的總人數超過了400人，已經擁有120多名偵收員、60多名破譯員，配備著40多部電台，他們幾乎可以破譯敵軍的全部密碼，幾乎可以截獲敵軍的全部電報，幾乎可以聽懂報話員所使用的全國各種的方言。在大戰期間，每天可以給總部首長提供有價值的情報超過100份。林彪曾經評價這支隊伍“其作用不亞於幾個縱隊”。
當東北大地上一支又一支隊伍組建並擴大之後，當仗越打越大的時候，抓緊訓練與教育就是各級幹部最重要的職責。東北野戰軍總部（當時簡稱為“東總”）為了準備全麵大反攻，在這方麵做了很多有益的工作。
在東總所抓的訓練中，除了經常進行對各個部隊的督促與檢查之外，著重抓的是對各級幹部的訓練與教育。當東北局在東北剛剛站穩腳跟的時候，在1946年2月，以從延安來的抗日軍政大學的人員為基礎，東北軍政大學就正式成立了，並且一直是由林彪兼任校長、彭真兼任政委，具體的校務工作長期由擔任副校長的何長工和擔任副政委的吳溉之負責。學校每逢戰鬥間隙，就會將各級幹部進行輪訓，林彪經常親自到學校上課。林彪講得最多的，是“一點兩麵”和“四快一慢”。關於“一點兩麵”，前麵已經有過介紹。而“四快一慢”則是林彪在1947年夏天打四平之後總結出來的。什麼叫“四快一慢”呢？林彪在1948年2月17日為軍政大學中級以上幹部集訓隊上課時是這樣講的：
“四快一慢”不是我們發明的，世界上有戰爭以來就有了這條道理。
第一，向敵前進要快。譬如打某個地方，怕敵人跑了，前進時要快。敵人是按普通時間計算。可是我們不按他的算法，白天也走，晚上也走，一下子撲到他前麵，使他來不及應付，他就是撤也得要個時間，這就是快的原則。
第二，發現敵人後進行準備工作要快。看地形、選突破口、構築工事、捆炸藥、動員、調動兵力、布置火力等，忙得滿頭大汗才行，這要快。
第三，突破後擴大戰果要快。
第四，敵人整個潰退了，離開了陣地，我們追擊時要快。
“一慢”是指什麼時候慢、什麼事情上慢呢？就是總攻發動時機這一步要慢。在這一問題上要沉得住氣，上級催罵，派通信員左催右催，這就要沉著，反正我要準備好才打。
如果不實現“四快一慢”，就不能實現“一點兩麵”戰術。“四快一慢”這個方法是實施“一點兩麵”的關鍵，而“一點兩麵”是我們戰術中最主要的東西，“四快一慢”是達到此戰術目的的方法。我們作戰的目的是為了殲滅敵人，其方法是“一點兩麵”戰術；但是要實現“一點兩麵”作戰的戰術，就要實行“四快一慢”，這就是它們的關係。
林彪指揮作戰多年，除了戰略問題上的審時度勢由他自己掌握之外，在戰術問題上對部隊的要求，歸納起來就是這個“四快一慢”和“一點兩麵”。這是林彪多年來在戰術上克敵製勝的法寶。
在大決戰開始之前，東北野戰軍還做了兩項重要的準備工作。
一項是指揮機關的事，就是1948年3月25日在東野總部所在地雙城召開了東北解放戰爭中唯一的一次野戰軍參謀會議。林彪在會上做了《如何使司令部成為能幹的指揮機關》的報告。會議開了22天之久，中心就是研究如何讓各級司令部適應“大兵團、正規化、攻堅戰”的要求，讓“大兵團、正規化、攻堅戰”成為今後建軍作戰的總方針。這次會議為即將到來的大決戰做了很好的準備。
另一項是對整個部隊的，就是在結束了1947—1948年的冬季攻勢之後，圍繞著對“大兵團、正規化、攻堅戰”這個總的要求，在東北全軍展開了一次大練兵，其中既有以清理思想、整頓班子、提高戰鬥力為目的的政治整軍，也有以攻堅縱深作戰為主要內容的軍事訓練。當時我軍攻堅的主要手段是爆破，所以各部隊都特別加強了這方麵的訓練，培養出一批爆破能手。此外，對破城與爬城牆、對付坦克與裝甲車、構築與破毀各種工事，都做了專門的訓練。這次訓練，大大提高了我軍打攻堅戰的技能，為即將到來的大決戰做了準備。