作為國民黨政府在東北的最高軍政長官，衛立煌的考慮與蔣介石相同又不相同。相同者，是從總體考慮上說，都認為東北不能撤，要守。
如果沒有這點共識，蔣介石也就不會讓他來負此重任。但是在不少的具體問題上，兩人卻有不小的分歧。首先，衛立煌無論如何也不願把軍隊撤入關內。作為國民黨的為數不多的二級上將，由於蔣介石長期不讓他帶兵，他當了多年隻有高位而沒有實力的光杆司令。現在好不容易在東北有兵有權，他不願意輕易放棄。其次，蔣介石為了讓東北野戰軍不能入關，也為了他的主力部隊在危急時能夠退回關內，一直主張把東北的國民黨軍隊主力撤到錦州地區，這樣就可攻可守，既便於海上補給也便於從海上或陸上撤退。而衛立煌不同意這種安排。一來他怕在部隊移動時被東北野戰軍吃掉或者打爛，二來他怕萬一駐在錦州地區的部隊在打不贏時退進關去，他既要喪失手中的一切權力，又要替蔣介石背丟失東北的黑鍋。所以他主張在東北的三個點，即沈陽、長春、錦州都要守。
寧肯保守、慎重，決不冒什麼風險。而主力必須放在沈陽，由他掌握，由他調動指揮。
除了對於東北戰局的總體考慮有所分歧之外，蔣介石和衛立煌之間的個人關係也很不正常。蔣介石是在實在找不出更合適的人選的情況下把衛立煌推上去的。衛立煌是在自己賦閑已久而東北的爛攤子又無人敢接的情況下，硬著頭皮去收拾殘局的。蔣對衛並不完全相信，在內心深處是把衛視作嫡係中的非嫡係（此中關鍵在於衛立煌不是黃埔出身），不放心，經常都是越過衛立煌直接指揮有關的兵團甚至直接指揮有關的軍和師，讓衛立煌這個總司令無所適從，形同虛設。衛立煌更不相信蔣介石，知道蔣並不信任他，而且到了必要時就會把他拋出來當替罪羊或者當替死鬼，所以處處都不願按蔣介石的意見辦。衛立煌到東北之後，蔣介石到過沈陽，蔣介石派顧祝同等人來過沈陽，幾次命令衛立煌去過南京，可就是談不到一塊。有的事甚至到了要不辦大家都不辦的地步。
例如，衛立煌通過他與美國的關係，使美國同意了把援助東北蔣軍10個師的美式裝備直接運到營口，由東北“剿總”接收。而蔣介石知道後卻認為是衛立煌越權，堅決不準，要求必須先運到南京，由南京來安排。
這事鬧得很僵，美國顧問團團長巴大維怕這些裝備被南京方麵貪汙盜賣或移作他用（美國所以願意援助國民黨軍的主要目的，是想用國民黨的兵力來對付蘇聯的擴張），但又不便讓幾方鬧翻，拖來拖去，推來推去，這批裝備結果一直也未能運到中國來。
蔣介石和衛立煌的這種分歧，從衛立煌到東北開始，至他在東北徹底失敗一直存在，兩人處在矛盾摩擦之中。在以後若幹事態發展中，我們一直可以明顯地看得出來，正是這種矛盾摩擦，促成了國民黨軍隊在東北的慘敗。