10月18日，蔣介石來到沈陽，再次研究東北戰局。蔣介石仍然堅持西進錦州，衛立煌的參謀長趙家驤在會上力陳目前不宜再攻錦州的意見，認為在保沈陽和保錦州這二者之間，不可兼得，隻能采取既保實力又保沈陽的方案。杜聿明未明確表態，但在發言中傾向於趙家驤的意見。蔣介石無奈，隻好說“你們研究研究”就離開了沈陽飛往北平。廖耀湘得不到是進還是退的命令，隻好把11萬大軍擺在新立屯一帶待命。
10月19日，蔣介石在北平再次召開軍事會議，研究東北戰局。除了從沈陽趕去的衛立煌和杜聿明之外，華北“剿總”總司令傅作義也參加。會議開了四五個小時，蔣介石和衛立煌的意見仍然無法統一，杜聿明仍傾向於衛立煌，傅作義不發表意見。在這種情況下，杜聿明提出了一個折中方案，即廖耀湘兵團仍向前進攻，能攻下錦州就攻下錦州，攻不下就轉向營口，為此，得派五十二軍先把營口攻下來，以便掩護廖耀湘兵團可能向營口的撤退。這個方案得到蔣介石的勉強同意。蔣介石要正式任命杜聿明的職務，讓他立即去東北。杜聿明用各種借口推辭了大半天，但在蔣介石的堅持下，還是在20日午後接受了蔣介石宣布的由他擔任東北“剿總”副總司令兼冀熱遼邊區司令官的任命。蔣介石還決定，杜的司令部設於葫蘆島，其任務就是指揮廖耀湘兵團西進錦州和在葫蘆島的部隊北上錦州，南北夾擊，收複錦州。如果錦州實在攻不下來，再考慮從營口撤出。
就這樣，杜聿明又回到了東北戰場。蔣介石是相信杜聿明的，認為杜聿明是能夠執行他的命令的。但是，杜聿明卻在這幾天的反複爭論中明白了一些道理。他認為，蔣介石所以要收複錦州，並不是從敵情、地形、敵我兵力對比及士氣等有形無形作戰要素來確定他的戰略戰術，恰恰相反，首先是從他的主觀唯心判斷出發。杜聿明所明白的問題有四個：一是蔣在1946年就定下過錦州第一、錦州必守的方針，他永不改變；二是蔣已向美國保證確保錦州，並以此來求得美國進一步的援助；三是蔣太相信他的幾個“王牌軍”的戰鬥力而輕視了東北野戰軍的迅速增長；四是蔣以經驗主義出發認為毛澤東作戰是不在於一城一地的得失，對守城從來就不感興趣，隻要發起猛攻，錦州的東北野戰軍就會撤退。杜聿明的上述認識是在後來的回憶錄中說的，當時可能不一定就如此明確，但是他從東北的具體戰況中和衛立煌所介紹的情況中已經看到了蔣介石固執己見的明顯不妥。不過，他是蔣介石的得意門生、親信大將（在整個解放戰爭中，像杜聿明這樣在徐州“剿總”副總司令還未宣布解職的情況下就到東北去參與戰事，直接被任命為東北“剿總”副總司令的人事安排，僅此一例），他不能不接受蔣介石給他的任命，執行蔣介石給他的任務。杜聿明在回憶錄中說：“反正江山是他的，部隊是他的，他要丟就丟，要送就送。萬一我堅持我的意見，從營口撤退也不成的話，我就有殺頭之罪。我做他的部下，隻好接受他的任命。”
1948年10月20日下午，杜聿明到沈陽，第二次指揮軍隊與我東北野戰軍作戰。
杜聿明當時未能想到，蔣介石當時更未能想到，廖耀湘當時也未能重視（他當時想到了，但不很重視，可是當他大敗之後，對這一點的認識極深），就是從廖耀湘在10月15日攻占新立屯之後就停止行動，等候蔣介石和衛立煌的爭論結果，等候杜聿明重新上任，一直等到10月20日才得到新的命令，白白浪費了整整五天最寶貴的時間。蔣衛爭執而讓廖耀湘停止軍事行動的這五天，是蔣介石送給我東北野戰軍最為難能可貴的禮物，讓東北野戰軍得以做好了殲滅廖耀湘的準備。如果不是這極可貴的五天，早已做好了從營口撤退打算的廖耀湘兵團是有可能從營口溜掉的。作為統兵多年的蔣介石是不是對這一問題一點未想到呢？不是，蔣介石還不是如此蹩腳的軍事家，蔣介石這時是犯了一個經驗主義的大錯，他認為東北野戰軍在錦州地區的部隊才打完了一個大仗，傷亡不小，必須要有一個休整和補充的時間才能有下一步大的行動，再加之他認為毛澤東不會固守錦州。所以，他認為讓廖耀湘西取錦州是有可能的。他沒有想到，就在這幾天之中，我東北野戰軍已經布置好了圍殲廖耀湘兵團的大口袋。
多年之後，廖耀湘在回憶錄中寫道：
在爭吵五天之後，蔣介石才被迫放棄自己的方案，因為負責東北軍隊直接指揮的三個人（衛、杜、廖）沒有一個人同意他的方案，最後才采取上述直退營口的決策。曆史證明：時間太遲了。