鼇拜的意思玄燁也聽明白了，可是他不想這麼做，“別逼朕。”
“治軍以嚴，治國以嚴。”鼇拜說著治國的道理，“但是這仁者需先有殺天下之狠，再恕天下以德，否則那便隻是婦人之仁。”
“不行！”玄燁大聲說道，他不想聽鼇拜的話，“你是大清的巴圖魯，功勳無數。”
“屁話！”鼇拜站起身子，激動道連髒話都罵出了口，“你不殺奴才，那你和先帝還有什麼兩樣。皇上，我可不想看著大清在你手裏衰敗，那樣，我死不瞑目。”
玄燁聞言，良久沒有說話，隻是一直怔怔的看著鼇拜，看著他的眼睛，而後方才說道：“放心，朕將會是最英明的聖主，大清在朕的手中將會萬年盛世……你瞑目吧。”說罷他便走出了刑部大牢，沒有看見鼇拜在他離開之後，露出了滿意、欣慰的笑容。
第二天，天大的消息如燎原之火一般傳遍京城，頓時乍開了鍋。輔政大臣，三朝元老鼇拜被朝廷拿問在案了，而鼇拜大大小小的黨羽班布爾善、瑪爾塞等人全部一網打盡。就連鼇拜的兄弟巴哈、穆裏瑪也被從外地出差處拿回京師問罪。但是玄燁卻恕了鼇拜的侄子、翠花公主的丈夫納爾杜的死罪，可卻將他流放盛京，終生不得回京師。
早朝之上，玄燁命以康親王傑書為首的議政王大臣們主審這一特大案件。並親自下旨昭雪蘇克薩哈案，將其原來被鼇拜侵占的財產發還給其家人。永遠廢除圈地，將原先圈占的民房，一律還給民間。昭雪蘇納海、王登聯、朱昌祚案。原投充旗下為奴之漢人，因逃跑連累平民，一律不予受理，不得以逃人之法處置。昭雪湯若望案，恢複湯若望生前官職，並譴新任禮部尚書龔鼎孳為湯若望舉行隆重的祭祀大典。在欽天監前為其重新樹立一塊漢白玉碑，書刻皇帝親寫的祭文。
一樁樁一件件，玄燁都波瀾不驚的處置了，當中的胸懷、魄力，實在不同凡響，那些曾在心底裏始終把他看作小孩子的滿漢大臣們，不由得肅然起敬，進而敬中生畏了。
除鼇拜這一仗，玄燁打的幹淨漂亮，大快人心。朝野內外，他的威望空前的高漲。人們對這位十六歲的少年天子無比崇敬，充滿了信心。玄燁自己也因為終於成為名副其實、執掌天下的大一統皇帝而豪情萬丈。
同年十一月，玄燁命人在乾清宮正殿懸掛起一塊巨匾，匾上臨摹先帝順治親筆所書的四個大字“正大光明”，以勉勵自己和朝臣。從此，乾清宮正殿又被叫做正大光明殿。
在乾清宮中，玄燁更是將河務、漕運、三藩視為三件頭等重要的大事，寫於柱子之上。