送走何斌後，鄭芝龍又立即召集所有的將領開會，討論攻台方略。鄭芝龍鄭重其事地清了清嗓子：“大明皇帝和安國公的命令，本都督負責主持這次的攻台事宜。鄭某自當恪盡職守，務求全勝，諸位也要戮力同心。這次進攻台灣事關重大，安國公給我全權調浙閩粵三省軍隊的特權，如果諸位有不聽軍令者斬！臨陣退縮者斬！貽誤軍機者斬！泄露機密者斬！”鄭芝龍殺氣騰騰地說了四個斬字。
諸將一起應道：“末將必將效死！”
接連十多天，從南京、山東調來的精兵陸續到達福建。鄭芝龍這次可是真的賣力，把自己在海盜生涯中積累的與夷人作戰的經驗是傾囊而授，由於軍法嚴格，各軍訓練的也很認真。日後，這些參與攻打台灣荷蘭殖民者的陸軍就成了大明帝國最早的海軍陸戰隊員。
二月八日，何斌帶著手下一個小通事從台灣回來了，他給鄭芝龍帶來了好消息，首先是島上不論高山族、雅美族還是漢族的百姓都恨透了荷蘭紅毛鬼，早已盼望天朝能派兵驅逐這幫惡魔，拯救他們於水深火熱之中，因此，何斌已經聯絡好島上的百姓首領郭懷一，約定將和鄭芝龍約定時間起來反抗荷蘭人，協助明軍登陸。
其次是何斌派手下的小通事探清了地勢。鄭芝龍選定的鹿耳門位於赤嵌城和台灣城附近，是用武必爭的要害之地。一入鹿耳門，就可以控製赤嵌城及其海港，可斷敵出海之路，但是鹿耳門形勢非常險阻，從鹿耳門附近登陸隻有南、北兩個航路。南航道在北線尾島和一鯤身之間，通過南航道將在赤嵌附近登陸；然而在一鯤身沙洲上，荷蘭人的熱遮蘭城堡以重炮控製了航道，在赤嵌的普魯文查也是荷蘭主要火力點，要想突破，必須付出很大的代價。北航道在北線尾島的北部，通北航道，將通過北線尾島的北部和赤嵌西北的禾寮港登陸，這條航路迂回曲折，水淺沙膠，有許多的礁石，是疏於防範的一路，荷蘭人隻是在鹿耳門口沉了夾板船，他們認為無人能從這裏通過，這裏的水路不從炮台前經過。何斌派的小通事經過仔細勘察，找到了一條港路，是從赤嵌直下鹿耳門，平時水很淺，但漲潮是水深達四尺，再大的船也可以通過。
“何兄~~你真是雪中送炭啊！”鄭芝龍對他大加讚賞，十分感激地握著何斌的手，“攻台將士和台灣百姓都要感謝你！”說罷，鄭芝龍又壓低聲音說道：“你速速回去，與島上的人聯係，告訴他們大明王師將在二月十三日淩晨漲潮的時候登陸，他們在當天晚上就可以起事，吸引荷蘭紅毛的注意力，策應王師攻打台灣。小通事留下，給大軍帶路。”
何斌也是無比興奮，他說道：“好，我這就回去，郭懷一是個急脾氣，我怕他等不及！”
送走何斌後，鄭芝龍立即召集各部將領，展開全麵攻台的計劃。
第一隊劉國軒率領大船六十艘，小船一百艘，負責封鎖基隆、淡水海麵，嚴密防止荷蘭人在台灣南部的艦船出海。同時，要積極向岸上攻擊，吸引敵陸軍和海軍的所有注意力，情況允許的話，可以占領雞籠港，一舉消滅敵人。
第二隊鄭芝龍親自率領大船二百艘，小船二百，作為攻打荷蘭人的主力，在金門料羅門駐紮。
第三隊左前鋒施大宣率領大船八十艘，小船一百艘，作為攻打台灣的第二梯隊。決定分出一部分船隻佯攻北線尾，牽製荷蘭人的注意力，保證大軍的順利進擊。
第四隊是有顧三麻子和甘輝率領的北海艦隊巨艦最為後盾，防止巴達維亞的荷蘭艦隊前來支援。
鄭芝龍的作戰意圖是，先在澎湖集合，然後乘鹿耳門漲潮時機航渡鹿耳門，登陸禾寮港，切斷台灣城和赤嵌樓敵軍之間的聯係，然後各個擊破。當天下午，諸路明軍在金門會合。
九日，明軍從金門料羅灣出發向東南的澎湖挺進。
十日，明軍抵達澎湖。在澎湖，明軍分為三部分，一路跟隨鄭芝龍繼續向台灣進軍，一路在澎湖稍事休整做第二梯隊，另一路，準備截擊呂宋或巴達維亞的荷蘭援軍。
十一日，漢軍抵達柑橘嶼。十二日的下午，為了趕上明天淩晨的海潮，鄭芝龍指揮大軍出發了。
明軍的軍事行動一切進行的非常順利，但是，台灣島上卻發生了變故。
且說，二月十日，何斌回到台灣後，徑直去找郭懷一，這人在鄭芝龍離開台灣後和何廷斌一樣，留在了台灣，是台灣中國人的一個頭頭，他早就對荷蘭人和西班牙人的壓榨感到不滿，可是一直沒有機會反抗，畢竟洋人的火器實在太厲害了。這次，何廷斌為鄭芝龍交代的事找到他後，兩人是一拍即合。
何斌到郭家的時候，郭懷一正在磨刀，那是一把金絲大環刀。郭懷一看見何斌來了，非常高興，拎著大刀就迎上來了：“何長老，你可來了啊！”