朱元璋對於孟子的仇恨，對孟子思想的恐懼，並沒有真正消除。他老覺得孟子這三萬多字的文章，對他的統治是一個威脅，他覺得孟子的書不能夠這樣傳下去了。但是他又不敢禁亞聖的書，於是他命令翰林學士劉三吾對《孟子》進行刪節。奉命後戰戰兢兢的劉三吾也很明白朱皇帝討厭什麼東西。反複揣摩之後，他刪掉了八十五條朱元璋感到刺眼的內容，保留了一百七十多條，成了《孟子節文》一書。事實上經過後人的統計，劉三吾一共刪掉的是八十九條。《孟子》全文的總字數是35512個字，被刪掉的字數達到了16659字，被刪掉的字數占原文總字數約47%，也就是說近一半的《孟子》的內容被刪掉了。
朱元璋拿到劉三吾的刪節本，立即下了一道詔書。
自今八十五條之內，課士不以命題，科舉不以取士，一以聖賢中正之學為本”（劉三吾《
題辭》）
規定從今以後，科舉考試隻能在刪節本之內出題目，以後讀《孟子》，不準讀原來的《孟子》，隻準讀《孟子節文》。
為了避免後患，朱元璋下令將可能威脅到他統治的孟子言論全部刪除。那麼朱元璋到底刪除了孟子著作中的什麼內容呢？孟子的思想學說會因為他的從中作梗而從此絕跡嗎？
劉三吾根據朱元璋的旨意所刪掉的《孟子》章節，絕大多數都是與政論有關的，這些章節裏麵更多地體現出來的，是中國傳統文化最進步、最深刻的東西。經過劉三吾的刪節之後，《孟子》一書裏的真精神，裏麵最重要、最偉大的思想，幾乎沒有了。即使在今天看來，孟子的這些言論都有其深刻的現代意義，仍然是我們今天政治哲學裏麵，必須加以好好學習和領悟的絕佳典範。
關於朱元璋刪節《孟子》的基本原則，學者容肇祖認為，就是十一個不許說。
第一、不許說人民有尊貴的地位和權利。
第二、不許說人民對於暴君汙吏報複的話。
第三、不許說人民應該有變革和反抗暴君的權利。
第四、不許說人民應該有生存的權利。
第五、不許說統治者的壞話。
第六、不許說反對征兵。
第七、不許說反對捐稅。
第八、不許說反對內戰。
第九、不許說官僚黑暗。
第十、不許說行仁政救人民。
第十一、不許說君主要負善良或者敗壞風俗的責任……
孟子本人絕不會想到，一千多年以後，他的言論會碰上一個皇帝的親自檢查和刪削。如果孟子地下有知，不知道他應該慶幸，還是該感到不幸。我覺得孟子應該慶幸，就像朱元璋所講的那樣，如果他不是生活在先秦而是在明朝。如果他麵對的不是梁惠王，不是齊宣王而是朱元璋，他是什麼樣的下場呢？長幾個腦袋都被砍掉了。從這一點上講，難道孟子不為自己感到慶幸嗎？
孟子是中國傳統文化的主將，孟子的骨頭是最硬的，孟子是沒有絲毫的奴顏和媚骨的。孟子的這種性格，也正是封建專製年代人民最可寶貴的性格。總有專製暴君妄想用他們愚妄的力量，壓斷孟子這一根中國的脊梁。但是朱元璋死了，大明王朝也亡了，而孟子憑著一本薄薄的三萬多字的小書，永垂不朽。
人世間，一切專製暴政終被推翻，而天地間，孟子永存。