因為李雄事件，巴根台受到了木華黎萬戶和成吉思汗的斥責，但是並無嚴厲的懲罰。特種兵們感到巴根台諾顏變了，他越來越暴躁易怒，越來越多疑猜忌，目光也越來越淩厲猙獰。他動不動就鞭打部下，嗬斥友軍，對待敵人也越來越殘暴，誰也不知道這是為什麼。
巴根台拚命的克製自己，可是徒勞無益，他仍然不可遏止的大發雷霆。有時候他絕望的想，也許他已經得了戰爭焦慮綜合症，他拚命的掩飾，努力表現的像個正常人，這讓他更加暴躁。他感到他的特種兵們還是離他越來越遠了，過去一個眼神他就知道部下們想什麼，現在沒有一個特種兵敢於正眼看他，也沒有一個友軍願意和他協作交流，巴不得躲的他遠遠的。
成吉思汗是不可能看著東北的局勢惡化的，他也不會拋棄忠實的朋友，他決定幫助耶律留哥。這一年秋，他派也特哥帥數千蒙古騎兵護送耶律留哥來到鹹平府歸仁縣地區，召喚契丹舊部，重整部眾。木華黎也派特種部隊配合耶律留哥招降納叛，巴根台大開殺戒，先後暗殺了耶廝不、喊舍、乞奴等契丹叛將。叛軍陣營汲汲惶惶，無日不驚，那些蒙古特種兵簡直防不勝防，怎麼都難逃一死。
在蒙古人的大力支持下，耶律留哥的勢力逐步恢複，而叛軍勢力則越來越衰弱，逐步向遼東退卻。蒙古人和耶律留哥步步緊逼，重奪鹹平府、韓州、信州、貴德州、隆州等地，將叛軍一直逼到了高麗半島。巴根台將耶律留哥的夫人姚裏氏和長子薛闍等奪回，交到耶律留哥手中，留哥感激涕零，立即就派長子薛闍進入怯薛軍，入侍大汗斡爾朵，表示完全的效忠。
安定了留哥，就等於掃清了木華黎南進的障礙。正當木華黎所部秣兵勵馬，準備南下東京遼陽的時候，被圍已久的中都城終於陷落了，完顏承暉自盡，石抹燃盡忠突圍。
此時成吉思汗正在恒州避暑，得到三木合拔都的捷報，立即派失吉忽圖忽、汪古兒、阿兒孩合撒兒三人，到中都去清理府庫財產。更重要的是，他要得到一個金國的大人才，就是後來的蒙古名臣契丹人耶律楚材！失吉忽圖忽等將金國中都府庫的無數金銀財寶全部運到漠北草原，然後縱兵搶掠，中都吏民死傷無數。宮室也被亂兵焚燒，大火月餘不熄，金朝祖宗的神禦及諸妃嬪也被亂兵搶走了。
蒙軍占領中都以後，成吉思汗親自來到了中都城。他坐鎮中都，一麵兵分幾路繼續攻城略地，一麵派使者去招降金國皇帝。西路軍由三木合拔都率領一萬蒙古騎兵，借道西夏攻克潼關、京兆、汝州等地，直達金朝的南京汴梁地區，大掠河南，前鋒到達開封附近的杏花營。中路軍由蒙力克的兒子脫侖巴特兒率領，攻克真定，水淹東平，占領了東平所轄全境。
而此時蒙古大將史天祥、蕭也先、木華黎等已經渡過遼河，形成東路大軍，他們進攻平州、廣寧等地，進圍東京遼陽。整個北中國，金國大勢已去。成吉思汗處心積慮的狼群戰術，終於到了給金人最後一擊的時刻。
在加緊收獲勝利果實的時候，成吉思汗仍然不忘向他的仇人實施心理戰。蒙古使者阿刺淺到達汴京，轉達了成吉思汗講和的條件：“以河北、山東未下諸城來獻，及去帝號為河南王，當為罷兵。”
金宣宗拒不投降，各路蒙軍加強攻勢，秋天的時候，三路大軍已經奪取城邑八百六十有二。在短短幾個月內，黃河以北幾乎都成了蒙古人的天下，而西路大軍已經在三木合拔都率領下，從潼關以南的群山中殺出，出其不意的兵臨汴梁城下。
在長達數千公裏戰線的東段，巴根台率部隨木華黎南下，協同耶律留哥擊敗了蒲鮮萬奴，攻克東京。隨後木華黎進軍高麗，逼迫高麗王出兵40萬圍攻契丹叛軍殘部，將之斬盡殺絕。之後木華黎回師錦州，擊破張致，屠殺了錦州城內數十萬人。
木華黎率領3萬之眾，在1年多的時間裏就征服了東北百萬土地，千萬人民，其軍事才能即使是凱撒也難以望其項背。因為他卓越的軍事成就，他被東北各族豪強尊稱為國王。
此時木華黎的攻城戰術已經發生了巨大的變化。他先驅使俘獲的城邑郊野的百姓在前，首先登城。這些百姓很多都是守城將士的親人，守軍目睹親人哭喊之慘，鬥誌立即喪失。趁守軍軍心動蕩，特種部隊會乘熱氣球飛臨城頭，用炸藥掩護精銳特種兵索降到城頭，殺散守軍，打開城門，蒙軍主力隨後一擁而入。熱氣球隨後繼續向城內搜索，摧毀敢於與蒙軍巷戰的敵軍堡壘。長期困擾蒙軍的攻城戰問題，隨著特種部隊空中力量的日益完善已經得到徹底解決。