根據“積極發展研究生教育，適度發展本科教育，大力發展衛生高等職業教育，壓縮中等醫學教育”的發展思路，製定“北京市醫學院校布局調整實施方案”，首先壓縮中等醫學教育，由原40所中專招生學校減到17所。完成了對北京醫學高等專科學校的11所臨床教學基地評審工作。對14個區縣衛生局和23個直屬醫療衛生單位的繼續教育進行了評估。成立北京市衛生專業技術人員繼續教育委員會學科組，舉辦各種繼續教育培訓班、學術講座、專業會議等695項，10萬餘人次參加了學習。
中醫工作已有21所中醫醫院通過了等級評審驗收。其中，北京中醫醫院等5所中醫醫院被確定為“全國示範中醫醫院”建設單位，北京中醫醫院被衛生部評為“全國百佳醫院”；順義區政府被國家中醫藥管理局評為“全國農村中醫工作試點縣”；繼承老中醫學術經驗工作進展順利，北京友誼醫院被評為繼承工作先進單位。1998年度共獲得各級科技成果20項，其中國家級科技進步獎1項，市科技進步獎12項，國家中醫藥管理局級獎1項，北京市中醫管理局級獎6項。
衛生法製建設為保證依法行政落到實處，加大了衛生立法工作力度，製定了《北京市公民獻血用血管理辦法》、《北京市外來人口衛生防疫管理辦法》，規範了外地來京務工經商人員衛生防疫管理，並對使用外來人口的單位提出了衛生要求，使外來人口的衛生防病做到了有法可依；為依法保證中醫事業的不斷發展和全市醫療機構的有序管理，進行了《北京市中醫發展條例》、《醫療機構管理辦法》的立法前期調研工作，為這兩項法規的順利出台和實施打下了基礎。同時，對全市6萬名醫師進行了有關《醫師法》的培訓和考核，發放各類宣傳材料5萬餘份，提高了醫師依法行醫的法律意識。
精神文明建設按照市委部署、市衛生局黨組和局機關處級幹部開展了“三講”教育，各級領導班子和領導幹部通過“三講”，堅定了建設有中國特色社會主義的理想信念，更加自覺地堅持黨的基本路線，在思想上、行動上與黨中央保持高度一致，增強了全心全意為人民服務的觀念，增強了深化衛生改革的緊迫感。“三講”教育對於我們進一步解放思想、轉變觀念、堅定信心、團結奮鬥、深化衛生改革，促進衛生事業健康發展，提供了必要的思想準備。在反對“法輪功”邪教組織、反對以美國為首的北約轟炸我駐南使館、反對李登輝的“兩國論”的鬥爭中，廣大衛生工作者旗幟鮮明、態度堅決、積極參加這三場政治鬥爭，均做出了自己的貢獻。
樹立“以病人為中心”的服務觀念，抓好先進典型的宣傳，廣泛開展職業道德教育和“講文明、樹新風，做首都優秀醫務工作者活動”，促進衛生行風建設。在新聞媒體的大力配合下，連續開展了王忠誠、李桓英以及首都婦幼衛生工作者先進事跡的宣傳係列活動，以典型引路，進行愛崗敬業教育，同時還積極探索適應群眾醫療保健服務需求的新模式，改善就醫環境，改革服務程序，方便患者就醫。在全行業開展了規範化服務行業達標活動，全市47家三級醫院和130個社區衛生服務站通過了市文明辦的達標驗收，為衛生係統全行業達標奠定了良好的基礎。