醫政管理北京地區276個縣及縣以上醫院全年完成診療5189萬人次，比上年減少156.55萬人次，減少2.93%；其中門、急診4954萬人次；出院78萬人次；病床使用率68.039%，周轉次數達到12.31次，出院者平均住院日20.43天，比上年增加0.54天，住院病人手術次數為24.29萬人次，比上年減少9170人次，減少3.649%。全麵貫徹落實《中華人民共和國執業醫師法》，做好醫師注冊的準備工作，編製了《醫師法規必讀》，出版了《醫師法有關材料及問答》，積極穩妥地開展醫師資格認定和全國醫師統一考試工作。認真落實《中華人民共和國護士管理辦法》，完成了2546名（部隊現役）護理專業畢業生的執業考試的組織、資格審核工作。
全麵落實獻血目標管理責任製，舉行了《獻血目標管理責任書》簽字儀式，由市長與主管區縣長簽訂了《獻血目標管理責任書》；各區縣與所屬單位層層簽訂責任書；區縣長與所屬鄉鎮長、街道辦事處主任逐一簽訂《獻血目標管理責任書》，明確了責任與目標，有力地推動了獻血工作的落實。在18個區縣的主要繁華街道舉行了全市無償獻血宣傳、谘詢周活動，並分別設立了11個街頭無償獻血點和6個室內無償獻血室。組織全市公民無償獻血175324袋，比上年同期增加獻血8958袋，全市無償獻血占臨床用血的879%，基本上實現了臨床用血全部來源於無償獻血的目標。狠抓醫院科學用血、合理用血，在全市30餘家大醫院開展了自體輸血工作，共計開展自體輸血11323例，節約用血22939袋，節約用血量約460萬毫升，相當於5家大型綜合醫院的全年用血量，有效地緩解了我市臨床用血的壓力。製訂了《醫療機構臨床用血管理辦法》和《臍帶造血幹細胞庫管理辦法》，組織了對9個血液中心站的質量檢查，確保了用血安全。
加大執法力度，打擊非法行醫。全年共取締非法醫療機構509個，取締非法行醫人員511人次，使我市非法行醫得到遏製。嚴格醫療廣告審批程序，全年共審批醫療廣告209份次。
加強急救網建設，編寫了急救網站的工作製度及人員、設備、車輛的配置標準，對120急救尋呼係統進行了改造。完成“視覺第一中國行動”對內蒙古赤峰的援助工作，共派出10支手術醫療隊，共做白內障手術1008例，植入人工晶體622例。
醫療機構與人事製度改革已有22個市屬醫療衛生單位的機構與人事製度改革通過了市人事局、財政局、衛生局的聯合驗收，基本達到了“緊縮編製、強化聘任、轉換機製、提高效益”的改革目標。共撤銷、合並職能部門44個，簡化了醫院管理層次；減聘中層幹部235人，占總數的15.5195%專業技術人員低聘、待聘、未聘及轉崗分流971人，使中層幹部的年齡、知識結構和管理水平得到明顯改善，專業技術人員的緊迫感和責任感明顯增強，促進了崗位競爭；精簡臨時工1702人，占原臨時工總數的53.429%，節約資金947萬元。分配製度改革體現了向一線人員、高技術高風險崗位人員、有突出貢獻人員和優秀管理人員的傾斜。發揮衛生人才市場中介作用，拓寬了醫務人員交流渠道。
衛生科技及醫學教育以重點學科、重點實驗室、重點科技攻關項目為載體，推進全市醫學科技發展。1999年市衛生係統以招投標的形式確立了6項重點學科、12項重點扶植學科、2個高技術實驗室，獲得市政府資助。在重點學科發展上，逐步引人競爭機製，運用經濟手段引導對重點學科、重點項目、疑難病症的聯合攻關，實現了係統內部的強強聯合，加大了科技投入，有力地推動了各醫院醫療、科研整體水平的發展。加快科技人才培養，把努力培養高水平、高素質的中青年人才作為首都衛生事業發展的戰略任務，在積極推薦優秀科技人才進人國家和北京市“百千萬跨世紀優秀人才工程”的同時，推出了北京市衛生局“十百千人才發展計劃”。又有29人入選北京市跨世紀優秀人才工程，56人人選市科委“科技新星”計劃。1998年度獲市級以上科研成果80項，其中部級成果3項，市級77項，多數成果處於國內領先水平。