婦幼保健為提高本市出生人口素質，有組織、有計劃地做好出生缺陷監測與幹預工作，婚前醫學檢查率達999%以上及預防神經管畸形兒健康教育率達到999%。對新申報的3所愛嬰醫院及4所愛嬰鄉衛生院和2所已取得愛嬰醫院稱號的醫院進行了評估和抽查，其結果達到了“十條”標準。全市嬰兒死亡率下降到7.959%、孕產婦死亡率為17.53/10萬。北京市衛生局黨組做出決定，號召全市衛生係統弘揚首都婦幼衛生工作精神，向婦幼衛生工作者的傑出代表林傳家，工程院院士、兒科醫學專家胡亞美，圍產醫學專家黃醒華，紮根農村獻身婦幼保健事業的王硯英同誌學習，並對從事婦幼保健30年的263名同誌、從事婦幼衛生工作50年的41位同誌頒發了榮譽證書。
愛國衛生根據全國城市衛生檢查要求，製訂建設文明衛生城市標準，下達考核辦法並在城八區開展了創建文明衛生城市活動。深入開展“衛生之家”、衛生樓門（院）評比工作，使愛國衛生深入社區，評出“衛生之家”1679742戶，占全市居民戶的32%；“衛生樓門（院廣79806個，占樓門（院）總數的11%。拆除各類違法建築417萬平方米，撤銷各類占路市場157個，在治理城市環境、改善城市衛生麵貌、深化城市管理體製改革和城市管理綜合執法等方麵，均取得了突破性進展，城市衛生水平得到明顯提高。使本市在全國第四次城市衛生綜合檢查評比中進人全國衛生先進城市行列。
開展農村改水扶貧工程，興建了71座農村水廠，使91個村、75049人受益，農村自來水普及率已達到98%，提前一年完成了“九五”規劃指標。進一步加強農村改廁項目管理，全市農村改廁人口享有率達到77.219%，比上年增長6.07%；糞便無害化處理率達到8.85%，比上年增長1.59%。
社區衛生服務本市社區衛生服務工作基本形成“政府領導、街道搭台、衛生唱戲、群眾參與”的格局，初步實現以社區老年人、婦女、兒童為重點對象的社區醫療、預防、保健、健康教育、康複、計劃生育指導六位一體的衛生服務功能。本市城近郊區共建社區衛生服務站205個；建立健康檔案17.1萬份；設立家庭病床7022張；簽訂健康服務合同50525份；為居民提供各種衛生服務達209萬人次，其中診治病人99萬人次、搶救急診18667人次、體檢6.5萬人次、健康宣教63.2萬人次、預防保健及其它服務4.3萬人次、各種檢查3.7萬人次，較好地解決了社區居民的衛生需要。為進一步做好社區衛生服務工作，保證全科醫學培訓工程的順利實施，成立了全科醫學培訓工作領導小組，首批聘任了39名有較高學術造詣和臨床教學經驗的醫學專家，同時認定了13個市級全科醫學培訓基地。製訂了《關於北京市全科醫學培訓工程的實施意見》，擬用4年時間全麵推進“百、千、萬”全科醫學人才培訓計劃。組織編寫了《全科醫生實用手冊》及培訓大綱和習題集、實習大綱和手冊寺。
農村衛生“三項建設”工程進展順利，已竣工29項，完成主體結構9項，建築麵積11.34萬平方米，投資1.62億元，為明年全部完成衛生“三項建設”工作奠定了基礎。初級衛生保健繼提前實現以縣為單位“2000年人人享有初級衛生保健”規劃目標後，已經基本實現以鄉鎮為單位初保規劃目標。全市開展合作醫療的行政村共有3392個，占行政村總數的糾.86%，比上年增加了15.96%，朝陽、豐台、海澱、石景山區村覆蓋率均達到了100%。本市共落實合作醫療資金12989.2萬元，參加合作醫療人口，人均占有合作醫療資金45.6元。懷柔縣進行了建立“抗大病風險基金”的試點工作，全縣60%的農民參加了合作醫療大病住院統籌，初步獲得了較好的抗大病醫療保障效果。全市119個鄉鎮實行了衛生組織鄉村一體化管理。
繼續開展“衛生下鄉、對口支援”，1999年全市城市醫療機構為農村送去醫療器械和藥品價值251萬元，幫助創建規範化鄉鎮衛生院和村衛生院186個，舉辦醫務人員業務培訓班367期，免費培訓2.8萬人次，向農村派出醫療隊176支，為農民義診4萬餘人次，使我市遠郊縣的醫療服務水平又向前邁了一大步，為農民開辟了健康之路，有力地推動了農村經濟的發展。