按照總部要求，以癱理療科袁玉民主任為組長的專家對來自三個軍區、三個兵種的3名軍醫進行專家帶徒活動，圓滿完成了全軍首批名醫帶徒工作，總部領導出席了結業典禮，帶教情況及先進經驗在中央電視台播放，引起較大反響。
專科建設醫院對精神病科從完善規章製度、人才培養、儀器配備、科研力度、科學管理、醫護質量、環境改善等軟、硬件方麵，對照軍區專科中心建設標準，查找差距、不足，不斷加強建設。8月份，由本院牽頭召開了軍區精神衛生專業會議，成立了軍區精神衛生專業委員會，製定了全區精神衛生專業“十五”規劃草案，並上報2項科研項目。
衛生戰備以50周年國慶閱兵衛勤保障為中心，製定了《沙河兵站醫療保障方案》，提出了“一切為了閱兵部隊、一切為了閱兵勝利”的口號，除挑選14人參加了沙河兵站醫療防疫隊的現場保障工作外，還在院內長期保持由8名技術骨幹組成的閱兵應急保障分隊，隨時準備執行機動保障任務。為確保萬無一失，共組織戰傷救治技術訓練15次、應急保障訓練16次，急診救治講座20學時、健康心理講座10學時，急診手術訓練30例，高質量、高標準完成了沙河兵站的醫療防治和伴隨保障任務。共為閱兵部隊傷病員1900人次門診，收治273人次。
科研工作加大科研經費投入及獎懲力度，全年科研投入經費15萬元。發表學術論文107篇，其中中華級雜誌9篇。獲軍隊科技進步四等獎4項，分別為：“陽性患者病因及胃粘膜組織學病變的相關研究”、“精神病科醫院感染特點分析”、“腦外傷發生醫院感染調查分析及預防對策”和“河朔蕘花一一紗芫花抗生育作用比較及臨床意義的探討”；獲軍隊醫療成果四等獎4項，分別為：“細空心螺釘替換股骨頸骨折多根針術後針滑出”、“萊姆病患者皮膚損害的臨床特征”、“低劑量氯治療急性精神分裂症的雙盲對照試驗”和“32例腦器質性精神障礙的臨床觀察與護理”。開展新技術、新業務62項。外二科開展的絞鎖髓內針固定治療股骨幹嚴重粉碎骨折，外科開展的低位直腸癌保肛術，眼科開展的角膜幹細胞移植術，病理科開展的免疫組化技術，檢驗科開展的檢查，特診科開展的陰道超聲檢查等項目，提高了醫院的整體技術水平。
海軍總醫院
醫療工作門診292339人次，收治病人11055人次，門診與臨床診斷符合率99.4%，臨床初診與確診符合率99.89%，治愈好轉率的1.73%，住院搶救成功率84.48%，手術5778例，術前術後診斷符合率89%，手術並發症發生率1.4%，床位使用率85.47%，床位周轉次數17.32次，平均住院日21.3天，平均術前住院日8天。高級技術職稱人員200餘人，博士後及博士、碩士生180餘人，裝備總值1.3億元。
堅持以病人為中心，全心全意為廣大傷病員服務，廣泛開展文明優質服務活動。全年醫護人員有70人次拒收紅包錢物，價值約15萬元；收到錦旗60餘麵，表揚信180餘封。在發放的1981份問卷調查表中，對醫護人員技術綜合滿意率92.49%對醫護人員服務態度綜合滿意率93%，對醫療質量的信任度達95.9%均達到總後規定的標準。醫院以新門診樓竣工啟用為契機，開展如何方便病人的大討論，一切以方便病人為準繩，受到病人的好評，門診人數有了較大增長。
開展新技術、新業務87項，其中兒科開展了臍血移植項目，填補了軍內空白，達到國內先進水平；肝膽外科成功地開展了同種異體原位背馱式肝移植，為華北地區首例背馱式肝移植手術。
努力為軍隊傷病員提供高效、優質、便捷的醫療服務，被總部評為1999年度為部隊服務先進醫院。
積極參加北京市大病統籌工作，共487個單位7萬多人，大病統籌的住院人數比上年增加了73%。醫院在為病人提供優質服務的同時，要求醫護人員嚴格執行大病統籌的有關規定，為病人提供最有效、最經濟的治療，收到了良好的社會效益和經濟效益。
教學工作注重繼續醫學教育工作，根據總後衛生部、海後衛生部有關文件精神，製訂下發了《海軍總醫院衛生技術幹部繼續醫學教育實施細則》和《海軍總醫院繼續醫學教育學分管理辦法》，承辦全軍繼續醫學教育一類項目3項。
醫務人員參加各類學術會議157人次，選派出國學習、學術交流23人次。招收碩士研究生4人，培訓實習生85人，招收進修生121人。
科研工作獲國家科技進步二等獎1項；軍隊科技進步二等獎2項，三等獎16項；全軍醫療成果二等獎3項，三等獎4項，四等獎1項。參加全國第12屆發明展覽會，獲銀獎1項。在研課題53項，其中國家863課題1項，自然科學基金課題2項，全軍課題4項，海軍課題27項。在國內外刊物上發表論文435篇。（劉震宇）此項技術對難治性複發性白血病沒有―配型相同的病人提出有效的治療辦法，具有國際先進水平。對腎功能衰竭伴多器官並發症病人成功地進行了胰腎聯合移植，術後無外科並發症，用最少的實驗、最低的成本達到最好的效果，屬國內領先水平。新成立的醫院頭、體部伽瑪刀治療研究中心為腫瘤患者的診斷及治療提供了新手段。國家衛生部臨床藥理基地完成6項新藥臨床驗證任務。
堅持姓“軍”為兵，深化優質服務，搞好衛生戰備。繼續深入開展“以病人為中心，以確保部隊為重點”的優質服務活動。全年軍隊病員門診達123849人次，占全院門診病人總數的31.99%；收治軍人傷病員5330人次，占總收治人數的43.04%；補貼軍人醫療費用1162.92萬元。在滿足軍隊病人基本醫療需求的基礎上，切實保證了重點病人及飛行人員等特殊病人的治療，軍隊病人的醫療質量不斷提高。重視加強老幹部醫療保健工作，及時有效地做好就診、住院、出院各個環節的醫療和服務保障工作。進一步加強預防保健工作，先後組織62次醫療小組（隊）共206人深入部隊、幹休所為部隊指戰員和老幹部進行醫療服務，共診治傷病員908人次，講課13次。6月，組織專家成立體檢組，到34師102團為飛行員進行健康體檢318人次。先後6次安排專家到閱兵部隊為飛行人員和部隊官兵做健康體檢和巡診，為閱兵部隊送藥，受到了閱兵部隊指戰員的好評。
科研工作全年共獲軍隊科技進步和醫療成果獎40項，其中軍隊科技進步二等獎3項，三等獎17項，四等獎11項；軍隊醫療成果二等獎1項，三等獎3項，四等獎5項。填補了醫院在醫療成果高等級獎勵上的空白。此外，獲發明專利1項。新開展課題41項，其中全軍8類項目2項。繼續加強了新藥研製開發和前期研究工作，胃0突變體已獲臨床文號，並與有關廠家簽訂協議，獲技術轉讓費1300萬元。
全年發表論文329篇，其中統計源期刊123篇，非統計源期刊151篇，全國會議交流33篇，全軍會議交流17篇，空軍會議交流5篇。根據公布的統計源期刊排行，本院論文被統計源期刊作者引用73篇次（1997年為48篇次），收錄論文89篇，居全國醫院第46名。醫院共舉辦全軍專業學術會議2次，舉辦了2個專業學習班，另有167人次外出參加學術會議或學習班。共出國（境）考察、講學、進修38人次，接待來院參觀訪問外賓2批次。舉辦全院學術活動10次，院內學術活動1092次。《空軍總醫院學報》獲得軍內統一發行刊號，成為公開發行的正式學術期刊。