醫療工作全年門診2031817人次，急診143398人次，急診搶救1004人次。住院19006人次，出院18706人次；床位使用率78.7%，治愈率66.3%，好轉率29.0%，死亡率2.3%。
製定了醫療質量管理計劉和加強醫院門、急診搶救及控製院內感染考評措施，組織醫療單位開展了院內感染自查、互查、總結、交流活動，開展了應付突發事件醫療救護演習。同時，社區衛生服務工作也不斷向內涵建設、規範化管理發展。2月4日，中關村醫院社區衛生服務中心正式啟動，探索新的城市社區家庭醫生服務模式。自啟動以來，共建立了醫療合同350份，建立家庭病床308張。本年度，駐區各醫療單位建立社區衛生服務站8個，區屬醫療單位建立社區衛生服務站3個，新成立的社區衛生服務站都通過了市衛生局的驗收。全年社區衛生服務站共接診34910人次，出診973人次，建立健康檔案3553份，開展健康教育4200人次。
繼續實施“衛生下鄉”工程，全區19家醫院與密雲縣19家醫院、衛生院結成了對口支援單位，按本局統一要求實施了衛生支援計劃。組織了大型的義診衛生谘詢活動，為密雲縣醫療機構安排醫師進修6人，專家授課6次，捐獻醫療設備150件（折合人民幣300000元）。
護理工作。組織了區屬醫院第四屆護理學術和護理管理論文交流會，共收到論文104篇，評選出優秀論文24篇。在“512”護士節前夕，組織區屬醫院開展評選十佳“優秀護士”活動。
全區共有社會辦、民辦醫療機構193個，其中醫院21家、門診部22家，診所150家，從業人員1369人。全年門診284086人次，住院2094人次。醫療衛生監督執法40人次，罰款及沒收藥品、器械折合人民幣90000元。
建設文明醫院。繼續加強行業作風建設，在全係統開展了以“增強服務意識，規範衛生執法，提高為納稅人服務質量”為重點的為納稅人服務年活動，並積極製定了整改措施；全係統共收到表揚信304封，錦旗58麵，拒收紅包及物品折合人民幣23000餘元，發放調查問卷近600份，患者滿意度達90%。
海澱婦幼保健院榮獲首都文明單位標兵稱號，海澱醫院、中關村醫院、中西醫結合醫院、清河醫院、海澱衛生學校被評為首都文明單位。
醫療設備管理。全係統醫療設備總值95262645元，其中萬元以上醫療設備990件，84268143元；1999年新增萬元以上醫療設備108件，12819205元。對萬元以上大型設備建立了專用設備檔案。
藥政管理全區共有藥品經營批發單位21家，零售單位126家。有製劑許可證的醫療單位19家，批準外埠藥品在京銷售單位5家。全年共監督檢查136個單位，覆蓋率81.97%，依法立案查處違法案件28起，共罰沒款261596.14元。
醫學教育繼續抓好繼續教育和畢業後教育工作，接收大專畢業生40人，參加了住院醫師規範化培訓。培訓鄉村醫生248人，舉辦各類講座11次，培訓19200人次。參加學曆教育396人，送出進修生66人，接納進修生482人。海澱衛校招生74人，畢業128人。本係統在職衛生技術人員接受繼續教育的人員達96%，經北京市衛生局對本局繼續醫學教育複評驗收，本局被評為1999年北京市衛生係統繼續醫學教育先進單位。
科研工作全係統共有15項科研成果獲區科技進步獎，其中一等獎2項，二等獎4項，三等獎9項。
全係統在國際、國內學術會議、刊物上交流、發表論文37篇，在國家級刊物上發表53篇，在省市級雜誌發表60篇。
紅十字會全區有紅十字基層組織328個，會員50256人。開展了兩次大型宣傳、谘詢、義診活動，發放各類宣傳材料131997份，板報宣傳畫400塊，受益者達6萬餘人次。組織開展了廣泛的備災救災工作，向湖北省洪山區紅十字會送去日方捐款11.4萬日元，向河北省等地災區捐款、捐物達16萬餘元。對696戶孤老病殘戶進行了救助，並贈送價值14.6萬元的慰問品。
計劃財務全年衛生事業費上級撥款4531.7萬元，其中衛生事業費2439.1萬元，其它經費2092.6萬元。全係統業務收人35900萬元，業務支出30800萬元。
基本建設完成竣工項目4項：中西醫結合醫院門診樓、中關村宿舍樓、海澱醫院汙水處理站、海澱醫院高壓氧站，竣工麵積15249.82平方米，投資4632.2萬元；四季青衛生院改造，麵積19575平方米，投資1500萬元，基本竣工，預計2000年6月全部完工。