結合北京地區三級醫院規範服務達標工作，護理部針對規範服務標準，製定了詳細的達標計劃，將工作分為宣傳、實施、自查三個階段進行，取得了滿意的效果。
成立了護理部管理委員會，舉辦護士長培訓3期，通過提高護士長管理水平及整體素質，來推動護理工作發展。
不斷提高整體護理水平，改進護理管理措施，推行一級護理床頭巡視記錄單及輸液巡視記錄卡製度，有效提高了護理質量，目前全院實行整體化護理的病區已達到50%。
醫學教育進一步規範住院醫師考核製度，首次參加北京醫科大學的住院醫師培養考核。參加繼續醫學教育793人，各類繼續教育項目94項，其中國家級項目7項，部級項目29項。舉辦國家級繼續醫學教育項目培訓班17期，參加人員600餘人。
接受來自北京醫科大學、北京中醫藥大學、中國醫科大學、天津醫科大學等醫學院校的生產實習學生271人，臨床教學學生197人；接受全國各地進修生432人，留學生236人次。9人受聘北京醫科大學副教授，9人被評為北京醫科大學優秀教師。
新增碩士學位點5個，新增博士導師2人。醫院招收研究生18人，博士生6人；畢業11名研究生；授予碩士學位33名。選派18人參加協和醫院、北京醫科大學、北京中醫藥大學的研究生課程學習。
科研工作承擔部級以上課題29項，獲獎7項，其中“中國病臨床病理及分子生物學研究”為醫院首次獲得國家級科技進步二等獎。國家藥物科學研究基金中標2項。申報人事部、教育部留學回國人員科研資助基金項目16項，中標9項，日本金澤醫科大學項目中標2項，引進國外專家項目5項。
參加全國性專業會議125人次，向各專業雜誌投稿473篇，正式發表78篇，會議論文179篇。1999年青年醫師論文報告會報告論文7篇。管理論文報告會報告論文8篇，其中3篇獲優秀論文獎。
國際交流選派出國留學人員14人，留學回國人員9人；接待來自日本、歐美等國以及港澳台地區的來訪團組共計149個，來訪人數1726人次，授予2名日本專家名譽教授稱號；簽署對外合作協議7份，舉辦國際會議4次；接待日本日中醫學會10人次、日本31（2長期專家2人。
精神文明建設根據國務院要求，衛生部黨組統一部署，醫院“三講”教育工作從8月13日開始，曆時106天，經思想發動、學習提高、自我剖析、聽取意見、交流思想，開展批評，認真整改，鞏固成果四個階段，基本達到了衛生部的要求。院黨政領導班子針對群眾反映比較集中的問題和剖析黨性黨風方麵的突出問題，製定了《中日友好醫院“三講”教育整改方案》，堅持邊整邊改，重視建章立製，進一步發揮職代會的作用。
開展了首都衛生係統創建文明行業規範化服務達標活動，成立了糾正醫藥購銷不正之風工作小組，製定了《中日友好醫院關於糾正醫藥購銷活動中不正之風工作的實施意見》，同時下發了《個人在購銷藥品中收受回扣或開方提成等問題的自查表》，在全院範圍內認真開展自查自糾和宣傳教育工作。積極參加“以病人為中心，優質服務百佳醫院”的活動，為患者辦實事，繼續開放星期六半天門診，增加節日門診11天，進行大型義診6次，診治1800餘人次。
1999年，北京市衛生局授予中日友好醫院“表彰建國50周年醫療保障工作獎牌”，獲得朝陽區精神文明共建先進單位、朝陽區計劃生育先進集體、朝陽區衛生防病工作先進單位、北京市獻血先進單位、北京市綠化美化先進單位、北京市計劃生育紅旗單位等稱號，被衛生部授予“全國百佳醫院”，中央文明委授予的“全國精神文明建設先進單位”及首都文明辦授予的“首都創建文明行業活動示範點”，連續5年被評為“中央國家機關文明單位標兵”和“首都文明單位標兵”，獲得了“五連冠”獎杯。
後勤工作1999年，醫院行政後勤係統由傳統的單一行政管理向經營管理過渡，建立起多樣化、多功能、高效率的“以病人為中心”的後勤服務模式，為臨床一線做好後勤保障和服務。
為探索醫院後勤服務社會化，醫院成立了集中采購中心，對除藥品和大型醫療設備以外的物資實行集中采購，統一管理，降低成本，節約開支，增加采購工作的透明度，加強監督的力度。
為進一步拓寬醫療服務範圍，改善醫院醫、教、研配套設施，醫院啟動了臨街綜合服務樓工程。醫院與中國牧工商集團總公司合作建設老年康複中心也取得了突破性進展。醫院泰德製藥有限公司通過了01？論證，產品銷售額逐年增加。
為迎接建國50周年大慶，後勤職工美化院區環境，清理衛生死角，為廣大患者創造更加優美、淸潔、舒適的就醫環境。在全國衛生城市大檢查中，代表朝陽區接受檢查，受到檢查團和北京市政府的好評，連續9年被評為市級花園式單位。