公共衛生學院：主要承擔公共衛生學院預防醫學專業、婦幼衛生專業及衛生事業管理專業的專業課教學任務，此外還承擔了預防醫學函授班的專業課教學及非預防醫學專業的預防醫學課程的教學工作。1999年，招收本科生69人，預防醫學函授大專生330人，錄取研究生36人，其中碩士29人，博士7人。各類專業不同層次的畢業生共計389人，其中博士生4人，碩士生20人，本科生68人，大專生297人。共舉辦了6個國家級和校級繼續教育學習班，培訓學員200人。申請中標的國家級課題3項，獲獎課題2個，分別是北京市三等獎和衛生部三等獎。共發表科技論文340篇，其中發表在國外雜誌17篇，全國性學術雜誌228篇，地方性雜誌2篇，國際會議48篇，國內會議29篇，專著譯著11本。出國進修學習7人次，出國考察、參加國際會議65人次；接待國外來訪者34人次。營養與食品衛生係所屬的“北京醫科大學營養與健康食品檢測中心”經國家級計量認證，綜合評定為優良。5月11日，在日本舉行的第31屆亞太地區公共衛生科學理事會上，學院院長李立明教授當選為新一屆理事會的第一副主席。
護理學院：7月，由該校高級護理係與衛生學校組建成護理學院。該學院已開展碩士、本科、大專及中專4個層次，7個軌道的護理專業教學。主要承擔護理臨床課教學，包括《護理學基礎》、《內科護理學》、《外科護理學》、《婦產科護理學》、《兒科護理學》、《護理管理學》、《護理科研》、《護理藥理學》、《護理倫理學》、《護理教育》、《護理評估》、《社區護理》、《傳染病護理學》等課程。1999年，該學院招收各類學生217人，其中碩士研究生2人，本科生34人，護理專科生100人，夜大專科生55人，夜大專升本26人，目前在校生共1100人。在職護士繼續教育基地完成800餘人次的護士注冊學分培訓任務，接收進修生60人，胃師資班第二期，培訓學員22人。
主編“九五”國家重點本科教材3本，主編中央電大大專教材及輔導教材12本，主編全國高等教育自學考試教材3本，參編全國大專教育規範教材4本。該學院與世界十餘個國家及港、澳、台地區有著良好的交往合作關係，已先後與美國基金會、中華醫學基金會等國際組織保持著良好的合作關係，並與美國大學護理學院、瑞典大學護理學院及香港理工大學醫療科學學係建立了姊妹學校關係，共同努力促進中國及國際護理專業的發展與交流。
社會科學與人文科學教學部：負責全校本科生、研究生的馬克思主義哲學、政治經濟學資本主義部分、中國社會主義建設、中國革命史、醫學辯證法、醫學倫理學、醫學心理學、醫學史等課程的教學任務，開設社會科學、人文科學選修課程。該部擔任全校的研究生、本科生、專科生、進修生、留學生的教學任務；市委黨校北醫大分部經濟管理、行政管理專業的本科生與大專生的招生與教學工作。
繼續開展教學改革，參加2次國內的“兩課”改革經驗交流會議；修改了各門課程的教學大綱，為該校的本科生開設必修或選修課程共20門，1740學時；鞏固和完善了市委黨校北醫大分校的大專、本科生走讀教學工作，於12月9日完成了市委黨校北醫大分部98級大專生24人，本科生15人，99級大專生41人，本科生15人的二次評估達標工作；開展並參與了繼續教育工作，鞏固和充實了現有的3個碩士點、1個博士點，為該校的碩士生、博士生開設了4門課程，共450學時；該部招收7名進修生，舉辦心理治療培訓班3次，邀請5名外賓講學，共培訓學員200人；參與繼續教育學院組織的編寫教材和醫師職業資格考試輔導工作。該部新開科研課題6項，正在進行的科研課題7項，完成科研課題4項。
發表學術論文65篇，科普文章25篇；參加完成專著9部，科普著作3部，譯著1部（其中含參編教材2部，編寫教學工具書8部），應邀參加電視台、電台關於學術或科普教育的專訪25人次。出國參加國際性或校際間的學術討論會11人次，出國考察科研項目2人次；召開1次國際性醫學倫理學學術討論會；參加國內各種學術研討會共42人次。5月，在京召開了中美醫學倫理學比較國際研討會，參加會議人員150人左右；召開了全國醫學院校馬克思主義理論課教學研討會。
外語教學部：負責全校1500名學生的英語教學任務，其中本科生29個班，860人；專科生6個班，200人；博士生5個班，280人；碩士生7個班，400人；另外還有日語、德語6個班。舉辦初級、中級、高級職稱考試輔導班各1個，參加人數共310多人。開設5門選修課，分別是英美文學、英語口語、6級測試、日語及德語。選修英美文學、高級口語及6級測試的學生達100多人。在1998年教學改革的基礎上，進一步搞了教學改革的各種研究與實驗，設製了兩個多媒體實驗班，讓學生利用多媒體語言實驗室學習大學英語，另兩個班由教師麵授學習，然後把這兩組學生的學生成績做比較，以便為今後的教學改革提供可靠依據。編輯出版了3本書：《醫務人員高級英語》、《研究生精讀課本》上冊及教師用書；發表論文13篇。由中華醫學基金會資助的醫學英語寫作與編輯的項目已進人第5年。
編輯班第3期正式學員12人，編外生6人，來自全國各地，主要培訓醫學英語編輯；寫作班已招收第4期學員共64人，培養醫學專業人員能夠用英語寫醫學專業論文並與國外交流，本期學員共寫論文45篇。為了達到學生英語學習5年不斷線，醫學學生在學完基礎英語後的後繼英語學習與專業結合更密切的目的，另外為幫助醫務人員提高英語語言能力，提高專業英語的表達能力，同時也為了與全國其它5所醫學院校資源互補，共同發展網絡醫學包括醫學英語教育之目的，金部曾於1998年決定開發網上英語教學，並做了大量準備工作。1999年，這項由08讚助、該部參與的北京醫科大學醫學教育建設工作已正式啟動。該部現已做出的網頁主要內容包括：中英文對照的醫學新聞及病例報告，醫學英語詞彙等。為了進一步培養醫務人員的高級英語寫作能力，該部籌劃並開始在北醫大第二附屬醫院開辦英語醫學論文寫作班，由該部外籍教師與中國教師合作教學。