1999年，北京醫科大學校本部圖書館預購中文圖書912種，驗收973種，2650冊；預訂外文圖書529種，驗收490種，497冊；預訂中文期刊658種，驗收5062冊，裝訂945冊；預訂外文期刊594種，驗收4158冊，裝訂2508冊；交換期刊852件，接受贈書11贈種，加工素質教育圖書1580冊，錄入數據546條，檢索數據572條，修改數據657條；分編中文圖書952種，2582冊；分編外文圖書637種，660冊；錄音帶141種，609盤；中文圖書回溯建庫5450種；完成查新課題9項，光盤檢索及檢索2000多項課題，定題服務7項；為《中文科技資料目錄》翻譯4種期刊的題錄；完成了研究生、本科生、進修生等近千人的醫學文獻檢索課教學任務；利用周六、周日舉辦計算機光盤檢索培訓班培訓校內外人員共200多人；接待校外讀者900多人次，代為複製期刊資料4300篇；全館計算機辦理對外借還書刊147667冊。1月，該館製定了（中國高等教育文獻保障體係）全國醫藥學科信息中心建設方案；5月，校長辦公會通過；7月，該館在南京大學召開的15現場會上進行了工作彙報；11月，在上海舉行的衛生部圖協年會上介紹了及全國醫學文獻信息中心的進展情況。4月，與上海醫科大學、第四軍醫大學共同開始研製高等醫藥院校重點學科導航，於10月份在該校“211工程”重點學科導航上網試運行，先後參與《中文現刊目次庫》、《研究生論文庫》建設。
5月，該館完成了電源增容和機房擴建改造，年底前管理中心向該館投入了145萬元的硬件設備：1台181！交換機，2台3500服務器，磁盤陣列及2台學校配套經費支持的2台0111服務器、光盤庫和光盤塔及有關軟件已基本到位，使該館初步具備了對廣大讀者提供服務的能力。自動化、網絡化工作健康發展，相繼開展了讀者查詢係統、網上預約續借、中文期刊電子版閱覽、新書預報等服務項目。
6月，該館接受了“211工程”中期驗收並獲得好評。為了提高工作人員業務水平，館領導提出了計算機等級考試的要求，規定1950年以後出生的工作人員必須在1年半內通過全國計算機等級考試，有24人通過全國計算機等級考試一級考試，1人通過二級考試。根據0115項目的要求，該館工作人員先後參加了聯合編目培訓、學位論文、會議論文培訓、中文現刊目次庫軟件培訓及館際互借培訓。為鼓勵工作人員參加業務學習，發表論文，該館製定了參加學術會議、論文版麵費及學曆教育的相應管理辦法。該館開始啟動與該校附屬醫院的文獻信息資源共享，12月，召開了北京醫科大學文獻信息資源共享工作會議，該館在會上介紹了全國醫學文獻信息中心進展，北醫大係統資源共享的意見，演示了該校圖書館文獻信息資源檢索利用的方法。
開展了中國高校圖工委下達的幾項科研任務：《中文核心期刊要目總覽》醫藥衛生篇第3版的工作，《國外核心期刊總覽》臨床醫學、藥學篇，各類研製工作已出結果，3個重點學科外文期刊利用調查分析的初稿基本完成。籌措經費6萬餘元建立了音樂欣賞室，並邀請專家為學生開辦音樂欣賞講座。再一次延長了圖書流通部、期刊流通部的開館時間，中午不閉館。承辦的會議有：3月，舉辦了《中國學術期刊（光盤版）專題文獻數據庫》演示學術活動；4月，舉辦了公司向解放軍醫學圖書館、協和醫科大學圖書館贈書儀式；12月，承辦了由衛生部醫學信息委員會主持的北京地區查新谘詢研討會。
科研工作1月，經過衛生部、國家中醫藥管理局部局屬學校德育工作的檢查、評估，該校被評為部局屬德育工作先進學校。4月，該校行政管理係統實行辦公自動化。由於近10年來在全校範圍內實施了控煙措施，9月，該校獲得德國醫學會頒發的“歌德無煙獎”。10月，在中國科技信息研究所舉辦的99中國科技論文統計結果新聞發布會上公布的結果表明，該校1998年度發表的科技論文在全國各綜合院校中排名第11位，在全國醫學院校中排名第1位。該校獲得的國家自然科學基金數額在全國醫學院校中位於第3位。榮獲1998年北京市海澱區“抗洪捐贈先進集體”稱號。1999年，該校研究生院被教育部、國務院學位委員會評為全國學位與研究生教育管理工作先進集體。11月，該校在北京市高校中率先獲得中國工商銀行第一筆大學生公寓貸款5000萬元，計劃利用此筆貸款在兩年內建造學生公寓2400平方米。
後勤工作1月，撤銷總務處、基建處、居民管理處，成立後勤部，後勤部下設19個實體。1月，後勤部飲食服務中心自籌資金並利用部分貸款共投入130萬元，由原職工食堂裝修而成的“時緣餐廳”正式開業。將201校園卡公用電話在城內3個學生宿舍區全部安裝調試完畢。在基本建設管理中心、城內學生服務中心、博士苑賓館3個實體人事管理改革試點經驗的基礎上，後勤部在各實體全麵實行人事管理改革。大體分為6個步驟，即：各實體嚴格區分關鍵崗位和一般崗位，建立實體核心組；核心組提出人事改革方案；做好思想發動工作；重新劃分崗位任務，核定崗位職工人數；製定實體人事改革方案；與職工簽訂崗位聘書。5月10日，學生宿舍區自來水外管線增壓工程竣工，結束了該宿舍區用水高峰缺水的曆史，解決了學校20多年的一大難題。後勤部人事改革全麵啟動實施，嚴格區分關鍵崗位與一般崗位，定，崗定職，優化配置，分流轉崗；堅持以工作任務為主線，以改革為方向；嚴格區分崗位與崗位任務；嚴格區分下崗與按任務分配等。後勤部人事改革分5個階段進行：確定人事改革方案；簽崗位聘書，落實臨時工減員方案；公開招聘；崗前培訓；交接上崗。該校7號筒子樓改造工程竣工，6月全麵完成人住工作，人住73戶。該校6號筒子樓異地新建工程於7月1日開工，建築麵積8544平方米。該校城內羊肉胡同學生宿舍“煤改油”供暖鍋爐改造工程於11月上旬全麵竣工。該校“211”工程重點建設中的5號學生宿舍樓工程，獲取中國工商銀行北京市分行的5000萬元貸款。建成後的學生公寓建築麵積23428平方米，計劃2000年全麵開工。25號教工住宅樓1998年8月開工，1999年11月30日竣工，12月23日經海澱區建築工程質量監督站驗收合格達到設計標準，質量優良。