教學工作承擔了13個不同專業班、129名本科生的教學任務，共有206名教師給學生授課。曲綿域教授榮獲北京醫科大學“桃李獎”，杜秉華被評為衛生部德育教育先進工作者，喬傑獲得北京市高等學校中青年教師講課比賽三等獎，放射科獲得北京醫科大學教學先進集體三等獎。教學辦公室舉辦了中青年教師講課比賽，有20位中青年教師參賽。通過比賽，增強了教學意識和育人觀念，提高了使命感、責任感和榮譽感，強化了臨床理論課教學工作的規範化。本年度，共有9位教師利用多媒體進行了專業理論課教學，受到學生的廣泛好評。
後勤工作後勤部門緊緊圍繞醫院的中心工作，堅持後勤為後勤服務的宗旨，較好地完成了大量、繁雜的後勤保障任務。總務處加強了改革力度，帶動了各項工作的開展。首先是總務係統實行崗位聘任製，先後有3名職工待聘、轉崗和解聘，在職工中產生了強烈的震動，從製度上打破了以往幹與不幹一個樣，幹好幹壞一個樣，吃大鍋飯的現象。在日常維修總調度製和有償服務製的基礎上，組建了維修中心，撤走兩個常駐包工隊，充分調動了該院職工的積極性，使醫院維修工作邁上新台階。此外，總務處還在衛生承包和托兒所服務社會化方麵進行了大膽的嚐試。製定了《北京醫科大學第三醫院總體規劃方案》，同時繼續進行醫院基礎設施改造和基本建設；現代化天然氣鍋爐投入運行；電力增容改造工程即將完工；眼科中心樓工程已開工建設；外科樓項目已開始申報。為保證醫療、教學、科研工作的順利開展，該院醫學工程處共購置設備1303台（件在後勤部門的協助下，安裝空調563台；完成監護係統的規劃及安裝工程，並進行人員操作培訓；為保障設備正常運轉，開展設備的日常維修工作，維修故障設備2160台（件為節約開支，積極開展引進的大型儀器的免稅申請，共有12台（件）儀器設備免稅待遇，免稅金額達359萬元；舉辦全院性呼吸機講座，以呼吸機原理、使用程序、呼吸機保養和故障排除為內容對全院大夫進行培訓。
醫院管理與改革授予曲綿域、李鳳鳴、張麗珠、陳明哲和黨耕5位教授“北京醫科大學第三醫院有突出貢獻專家”的榮譽稱號。從1999年開始，醫院每年撥款100萬元作為人才培養基金，人事處製定了《優秀中青年出國留學專項基金管理規定》和《優秀留學回國人員科研啟動基金使用規定》，為營造優秀人才脫穎而出創造了一定的條件。1999年計劃資助9人出國進修，9人均已聯係到進修單位，4人已成行。10月，9位優秀留學回國人員申報科研啟動基金，8人獲得1-3萬元的資助。在加強公派出國工作的同時，注重選派優秀青年醫師到國內先進單位進行培訓，先後派人到阜外醫院進修心髒電生理、到上海進修耳鼻喉外科。人事處與醫務處合作選拔8名優秀住院醫師攻讀博士學位。
行政領導班子、黨委、紀委、職代會、工會、職能處室、科室、黨支部分別進行了換屆改選，年富力強、熱心醫院工作的中青年骨幹走上領導崗位。在處級換屆過程中，黨委辦公室、院長辦公室合署辦公，醫務處、門診部合並為醫務處。順利完成了醫院職能處室負責人及臨床醫技科室幹部的任免工作。其中，職能處室新任處長6人，新任幹部平均年齡下降8歲，學曆層次有所提高。為了提高各級幹部的政治素質和實際工作能力，讓新任同誌能盡快適應工作需要，在8月、9月、10月和12月，醫院分別舉辦了工會、職代會幹部、處長、科主任和支部書記學習班。
黨委、工會、團委加強了醫院文化建設，增強了凝聚力，強化醫務人員愛崗敬業精神，展示全院職工團結向上的精神風貌；狠抓醫德醫風建設，努力塑造醫院良好的社會形象。成立了職工合唱團，成功舉辦了醫院第21屆田徑運動會、慶祝建國50周年文藝演出、“愛祖國、愛醫院、迎澳門回歸”知識競賽和“慶澳門回歸，迎千禧之年”聯歡會。在北京醫科大學第38屆田徑運動會上，該院取得了團體總分第一的好成績。