全年發表論文398篇，其中ＳＣＩ收錄119篇、英文8篇，影像因子5分以上12篇，最高影響因子超過50，ＳＣＩ文章連續兩年在醫科院係統排列第二。出版著作17部。編輯和出版了內外科年報。
以“促進全民心血管健康”為主題，舉辦了北京國際心血管病論壇2009（ＩＨＦ2009）。衛生部部長陳竺，中國醫學科學院、北京協和醫學院副院校長詹啟敏，美國克利夫蘭醫學中心總裁兼首席執行官出席。論壇包括預防、心外、心內、介入心髒病、心髒起搏與電生理共22個分會場，收到學術論文907篇，其中中文587篇、英文320篇。邀請到美國、德國、英國、意大利等專家作大會專題學術報告，14個國家近4000名代表參會。連續3年在美國心胸外科年會上進行先心病新術式的報道。醫學教育：年內，成立教育委員會。啟動“好醫生”繼續教育管理係統，實現了刷學分卡功能。開展國家級項目27項、單位自管項目14項，全院完成25學分的職工占71％。
新增碩士生導師11人，招收碩士生39人、博士生35人。接收進修生483人。
國際交流與合作：全年接待8個國家的外賓90餘人。為273人辦理了短期因公出訪，為12人辦理了長期出國進修等審批手續。美國ＮＩＨ（美國健康研究院）國家心肺血液研究所所長，加拿大多倫多總醫院心髒外科教授、多倫多大學外科學主席，美國加州參議員和加州議員率領的奧巴馬總統訪華商業陪訪團等相繼訪問院所，並進行了交流。
年內，在阜外－牛津心血管疾病研究中心的基礎上成立了中國牛津國際醫學研究中心，並簽署了新的長達20年的雙邊合作協議。衛生部部長陳竺及英國牛津大學校長為中國牛津國際醫學研究中心揭牌。
信息化建設：開發、改造、實施了多個核心係統，對原有的電子病曆係統進行了全麵升級改造，完成電子病曆係統Ｖ6.0版本的開發及實施、ＰＡＣＳ／ＲＩＳ係統一期項目、門診醫保實時上傳係統、門診檢驗條碼係統、感染監控信息係統、超聲電子報告係統、HIS係統核心服務器升級等，以及ＩＴ基礎設施及信息安全建設。
後勤與基建：與新華書店總店簽訂租賃合同，增設住院北樓，作為醫療用房；完成衛生部心血管病防治研究中心及阜外心血管病醫院擴建工程的拆遷工作。完成西山園區場地平整、西山園區前期立項報告（含可研），環評工作正在進行中；完成西山臨時動物飼養室的建設。
對院內硬件結構進行調整，包括把院內病房樓二層東側及製劑室改造成介入導管室和血管外科，把科研樓7層改造成高幹病房；按照國家配置指標進行了鍋爐房的改擴建。
其他工作：持續推進全國高血壓社區規範化管理項目，截至年底，簽署協議的單位有32家，涉及19個省份，累計培訓1500餘名社區醫生。打造心血管資訊平台，為同行提供參考或指導：編寫出版了《中國高血壓防治指南》（基層版）；編寫了《中國心血管病報告2008～2009》，是中國第四部心血管病流行狀況和防治研究重要進展的權威報告；進行社區心血管疾病防治及轉診模式的探索，形成了前篩基地、後療基地、健教基地，與西城區、海澱區、豐台區衛生局續簽了協議書和對口支援協議書，推行合作社區的專家定期出診，與海澱區政府公共服務委員會開展全麵合作，與首都機場醫院開展了社區合作醫療。甲流防控。年內，對醫護人員進行了培訓，安排主檢醫師值班、會診及外地會診，組織應急演練等。完成臨床一線醫務人員甲流疫苗接種420人。在國慶60周年慶典活動期間，開展院所衛生應急保障，各級醫護人員值班、應急醫療隊演練，派出工作人員參加國慶閱兵保障工作，並為2529名參加遊行活動的兒童注射了甲流疫苗。被市衛生局評為國慶60周年慶典活動衛生保障工作最佳服務保障獎。