各醫療機構選派專家30人次赴四川、福建、天津、雲南、重慶、貴州、內蒙古，參加“中醫中藥中國行”活動。參加第二屆北京中醫藥文化宣傳周暨首屆地壇中醫藥健康文化節活動，組織專家開展義診和醫療谘詢。有15個工作室（站）被評為全國首屆先進名醫工作室（站）。廣安門醫院建立駐中央紀委監察部機關門診。望京醫院完成對什坊市中醫院的支援任務。眼科醫院繼續與10家遠郊區縣中醫院開展攜手工程。
人才培養與教育：招收研究生172人，其中碩士生116人、博士生56人。研究生畢業156人，授予碩士和博士學位178人，11名博士後出站。向58名學生頒發中國中醫科學院一方優秀研究生獎學金和完美（中國）獎助學金。26篇學位論文被評為中健行傳承創新獎和裴元植優秀論文獎。在教育部學位與研究生教育發展中心組織的第二輪學科評估（2007～2009）中，中西醫結合、中藥學、中醫學在全行業分別排名第一、第二和第三，通過了全國博士後管委會對博士後科研流動站的現場評估。啟動第二批著名中醫藥專家學術經驗傳承博士後工作，建立專家工作室。召開教育工作會議，製訂了《關於進一步深化教育教學改革，全麵提高人才培養質量的意見》。設立中國中醫科學院岐黃中醫藥基金會傳承發展獎，構建導師激勵機製。與中國博士後科學基金會共同主辦了首屆全國中醫藥博士後論壇。有26名博士後獲得中國博士後科學基金麵上項目資助，獲特別資助項目7項。做好第四批全國老中醫藥專家學術經驗繼承與學位銜接，有39名指導老師獲得批準，57名繼承人全部進崗。完成第二批優秀中醫臨床人才研修項目培訓及年度考核。首批16項北京中醫藥“薪火傳承3＋3工程”室站建設項目完成階段建設和考核。申報國家中醫藥管理局繼續教育基地16個，完成局級繼續教育項目57項。舉辦了第四期醫學（護理）英語培訓班，29人結業。
加強人才隊伍的建設。西苑醫院推進新星、育才計劃的實施，望京醫院選拔15名臨床中青年骨幹進行為期3年的強化培養。醫學實驗中心、中醫基礎理論研究所、中醫臨床基礎醫學研究所等結合學科建設需要，通過聘任客座研究員、招聘博士後進站，在促進院內外學術交流的同時，帶動了中青年科研人才的培養。全院招聘博士後進站59人，在站博士後206人。程莘農、唐由之、路誌正、陸廣莘被授予首屆國醫大師稱號，王孝濤被文化部評為非物質文化遺產保護工作先進個人。圍繞“1386”工程實施，15名專家被聘為第二批首席研究員，並在考核的基礎上對第一批10名首席研究員進行了續聘，12名專家被授予榮譽首席研究員。有62名學科帶頭人通過了學科評議組的初評。
學術活動：全年舉辦中醫藥發展講壇10講，衛生部副部長王國強作了題為《解放思想、繼承創新、統籌協調、科學發展》的開壇演講。主辦或承辦了2009傳統醫藥國際科技大會暨博覽會兩個分會、海峽兩岸中醫藥發展大會、海峽兩岸中華傳統文化與現代化研討會暨首屆海峽兩岸醫學文化與醫學發展論壇、2009中國首屆中醫膏方高峰論壇等學術活動。全院召開各類學術會議333次。發表學術論文1653篇，其中ＳＣＩ69篇，專著70部。據中國科學技術信息所提供數據，2008年本院發表論文居全國科研院所之首。《中國骨傷》雜誌被美國國立醫學圖書館《醫學索引》收錄，成為中國大陸地區唯一被該數據庫收錄的中文版骨傷類醫學期刊。
國際交流與合作：全年接待國外、境外來訪1089人次，接待了奧地利科技部部長、巴西衛生部部長、土耳其衛生部部長、蒙古衛生部部長、朝鮮保健相等部長級以上代表團20批次。派出學術交流175人次，接收國外學員培訓449人次。院長曹洪欣被俄羅斯自然療法學會授予蓋倫獎章。與匈牙利德布勒森大學、佩奇市政府、佩奇大學簽署了合作備忘錄，與斯洛伐克醫科大學簽署了合作備忘錄。與32個國家和地區的科研機構、高等院校開展了實質性合作。
推進海外中醫醫療合作。進一步加強與俄羅斯傳統醫學診療中心的合作。繼續推進與香港東華三院的醫療合作。廣安門醫院與新加坡慈善福利團體義安集團簽訂合作協議，建立了廣安門醫院海外中醫門診，與馬來西亞同善醫院合作成立了海外門診部。ＷＨＯ西太區傳統醫學臨床實踐指南的編寫工作取得進展，基本完成27種疾病的基於證據的中醫臨床實踐指南編製。召開中奧項目“中醫藥與老年相關性疾病”9個課題的進展報告會，進一步推動項目的實施。落實政府協議，與韓國韓醫學研究院簽訂了《針刺治療過敏性鼻炎臨床研究中韓合作協議書》。與日本東京藥科大學續簽了合作協議。西苑醫院與澳大利亞聯合申請了中澳特別基金“中澳合作開展治療血管性癡呆中藥（ＷＮＫ）Ⅱ期臨床研究”課題，就維腦康開展國際多中心的臨床研究等。有2項獲科技部國際科技合作資助。本院正在開展的國際科技合作項目有20餘項，涉及美國、俄羅斯、奧地利、澳大利亞等10多個國家，研究領域涉及到中醫理論研究、中醫優勢病種研究、中藥臨床研究、中藥新藥開發、針灸機理研究等。