醫學教育：醫院臨床技能培訓中心總麵積250平方米，有教學模型200餘件、高端模擬設備6台、模擬內鏡14台、模擬病房4間。全年完成國家級繼教項目3項562學時，培訓1641人次。有普通專科醫師培訓基地16個、亞專科醫師培訓基地11個。承擔著約1050名本科生、350名研究生及60名專科基地學員的教學任務。舉辦繼續教育培訓班30餘期，院內繼續教育講座約200次，開設繼續教育課程30餘門，培養全國各地的進修醫師900餘人。
醫院推行了多站式考試模式，從考核內容、考官資質、考核標準、組織管理等進行嚴格要求和監管，在市衛生局科教工作檢查中，得到了好評。
年內，有2人在北京市第六屆青年教師教學基本功比賽中獲二等獎。由神經內科牽頭的北京大學神經內科學課程被教育部評為國家級精品課程。
醫院管理：年內，對所有中層幹部進行了管理知識和管理技能培訓。對管理部門的青年骨幹實行輪崗製度，管理崗位中本科以上學曆人員由2002年的27.6％提高到2009年的67.8％，其中碩士研究生以上學曆人員24.6％。
由粗放型管理向精細化管理轉變。醫院內部網上監控平台不但隨時了解各臨床、醫技科室醫、教、研指標完成情況，還可以監控到大處方、抗生素不合理使用、投訴等不良事件的情況；財務預算管理體係保證了醫院資金使用的合理性；物資采購零庫存管理模式不但有效降低了費用，還節省了空間。
年內，將科室收治患者疑難係數指標引入科室激勵分配考核體係；在季度獎中，增加了百萬固定資產產值、人均工作量、人均貢獻等指標。醫院投入30萬元用於研究管理課題。“縮短平均住院日”和“醫療機構價格管理辦法研究”兩個項目獲得衛生部重大資金資助。醫院作為技術牽頭單位完成的“985”項目“疾病診斷相關組（ＤＲＧｓ）與預付製研究”已逐步應用於本市醫院管理和支付製度改革中。
國際交流與合作：全年接待19批179人次。3月24日，新加坡工業學院醫學檢驗專業學生訪問團26人來院參觀。7月9日，孟加拉國計劃生育專家20人與婦產科進行了學術交流。11月12日，澳大利亞阿德萊德大學醫學院院長等3人進行了訪問。11月17日，美國運動醫學學術代表團25人與運動醫學科進行了學術交流。12月21日，香港特區立法會議員李國麟博士率訪京團28人來院進行了訪問。
醫院短期出國考察、培訓、開會、合作研究共377人次，長期出國學習培訓20人次。
信息化建設：年內，在中央黨校院區發放了就醫卡，在南區啟用了門診醫生工作站和電子處方係統；完成ＣＡＩ教室培訓終端的整體更新；完成院本部與北方醫院分部以及西三旗第二門診部的光纜連接工程；完成北方醫院住院分部信息係統的升級，並實現了與院本部係統的一體化；啟用了北京市新生兒疾病篩查管理係統；完成生殖醫學中心新址網絡的連通及信息係統的安裝部署；在北方醫院住院分部建立了自費藥房；住院醫生工作站和電子病曆係統推廣至眼科、運動醫學科、兒科、成形科、骨科、內分泌科、腎內科、耳鼻喉科、口腔科、風濕免疫科、生殖醫學中心和婦科等12個臨床科室；部署了輸血信息上報係統並完成與院內血庫管理信息係統的集成。
後勤與基建：完成生殖醫學新址的改造和搬遷；將1234報修電話提升為總務處服務信息反饋平台；編寫《設備維修保養手冊》13萬字；實行標準化運行管理模式，確保重點崗位持證上崗、崗位工作科學規範。在物資管理工作中，實現了物資供應的駐店式配送服務和零庫存的倉儲管理，以及無紙化的網上物資請領，全年辦公用品、被服、印刷品等物資消耗比計劃指標下降了20％。
北京大學第六醫院
北京大學精神衛生研究所
北京大學精神衛生學院
（海澱區花園北路51號）
基本情況：職工343人，其中在編人員267人、合同製人員76人，具有正高級職稱22人、副高級職稱30人、中級職稱101人、初級職稱147人。醫療設備總值1789.75萬元。本年度購置設備總值288.70萬元，其中10萬元以上2台。獲獎情況。醫院被評為2008年度首都文明單位，王玉鳳當選首都健康衛士，黃悅勤被評為首都教育先鋒科技創新個人。
機構設置：4月29日，成立了社會服務與康複部。9月1日，成立了精神疾病全程幹預中心。改革與管理：9月1日，開始門診預約掛號，患者可以通過網絡預約、電話預約、現場掛號和複診患者與醫生當麵預約等方式掛號。
年內，製訂了《關於科研成果轉化醫療服務項目激勵機製的規定》，修訂了《財務會計內部控製製度》，完善了《門診、住院病人退費管理辦法》，將門診收費處和住院結算處納入財務統一管理。專項治理小金庫，下發了文件，從製度上杜絕通過領取勞務費等方式私設小金庫現象的發生。
11月25日，接受市衛生局“以病人為中心”，以提高醫療質量為主題和“醫療質量萬裏行”的督導檢查，分別對所查專業的工作亮點、特點、存在問題進行當麵評議，總評獲89分（滿分90分）。全年門診患者平均滿意度88.5％，住院患者平均滿意度96.4％。醫院對患者反映的重點問題積極解決。收到表揚信45封、錦旗15麵；拒收紅包58次，約61000元；拒吃請42人次；拒收禮品41人次，折價約6000元。
反商業賄賂。進一步加強對醫藥代表的管理，召開了醫藥代表會議。未接到關於商業賄賂的投訴。醫療工作：門診171184人次，其中普通門診100581人次、專家門診50231人次、特需門診20372人次，日平均門診685人次。入院1443人次，出院1439人次，平均住院日55.26天，床位使用率106.3％，床位周轉6.83次，出入院診斷符合率99.19％，院內感染率7.23％，陪護率38.4％，治愈率30.16％，好轉率63.23％。
病案管理。堅持設專人定期檢查運行病曆和終末病曆，嚴格執行病曆分級獎罰細則，對病曆中的問題每月在主任會上提出整改要求。4月，醫院召開醫療工作總結表彰會，表彰病曆管理優秀科室和個人。病曆合格率98％。
年內，製訂了《呼吸道傳染病應急預案》，進行了甲流防控演練，開展了手足口病防治知識培訓。醫保工作。全年醫保出院335人次，總費用496.83萬元，次均費用14831元。推行持卡結算，製訂相關製度9項，修訂《住院病曆審核流程》等4項。