醫院感染管理。加強全院感染控製培訓，強化重點部門的院感管理，修訂完善醫院感染控製的標準和操作流程，製訂醫院感染預防控製技術手冊。完成北京市衛生局醫院管理平台信息上報565例。醫院感染率2.87％。
醫保工作。本年度醫療保險管理工作獲二等獎。全年醫保出院6728人次，占總出院人數的31.70％。醫保住院總費用11035.92萬元，次均費用16403元。醫療支援。繼續與武漢長航醫院、湖南省長沙市寧鄉縣人民醫院等單位進行技術合作，繼續選派優秀神經外科醫生支援新疆、吉林省洮南等地的醫療工作。新開展了與臨汾市第四人民醫院、山東省青州市人民醫院的技術合作。全年派出10批30人次醫療隊入駐長陵、十三陵鎮衛生院，除完成正常門診工作外，還參加健康體檢及婦女病普查共16次，受檢2000餘人；義診谘詢10次，谘詢600餘人次。開展健康教育60次，醫務人員600餘人次、農民1000餘人次參加。舉辦健康大課堂35次，受益群眾600餘人次；製作專業培訓電子版幻燈20套。繼續支援崇文區、豐台區社區醫療工作，共派出885人次到社區醫院，其中主治醫師655人次、副主任醫師228人次、主任醫師2人次。
護理工作：成立護理質控中心，製訂了具有本院特色的《分級護理製度》，修訂了《護理常規》、《護理管理與質量標準》。護理文件書寫合格率100％，分級護理合格率100％，簡易呼吸操作平均為95.7分，急救物品完好率100％。全年帶教學生117人，其中首都醫科大學附屬第五臨床醫學院護理高職班42人、首醫燕京醫學院護理高職班37人、北京護校38人，帶教老師95人。進修67人。全年接聽谘詢電話96930人次，參加護理本、專科學習90人。發表護理論文44篇。
預防保健：社區傳染病管理率、訪視率、及時率、訪到率、合格率、疫源地消毒率、宣教率均為100％。計劃免疫無漏管、漏種，院內傳染病報告無漏登漏報，一類疫苗接種率100％。免費為老人接種流感疫苗2749人次，為學生接種1929人次，收費疫苗接種968人次，共計5646人次。為參加慶典方隊的3000餘人接種了甲流疫苗。
全年寧養院服務107人次，門診服務患者及電話隨訪、巡診1024人次。寧養院於6月底關閉。從2001年開業至2009年6月30日，累計服務患者3267人次，服務總次數53382人次。
科研工作：共獲各類科研項目65項：主持參加國家級項目16項，其中國家科技重大專項、國家“973”課題、國家支撐計劃子課題和科技部國際合作課題各1項；主持參加省部級項目17項。有26項科研課題進行了中期或結題檢查。“顱腦手術中腦認知功能保護的微創神經外科學基礎研究與臨床應用”獲國家科技進步獎二等獎，“腦梗死前期腦局部低灌注及頸動脈分叉血流動力學影像研究”獲中華醫學獎三等獎。全年發表論文527篇，其中ＳＣＩ收錄35篇、核心期刊492篇。
神經外科舉辦了第八屆亞洲神經外科大會、神經外科指南和規範推廣學習班、北京天壇醫院小兒神經外科新進展講習班等，來自國內外的2000餘名專家參會。神經內科舉辦了賽諾菲安萬特－天壇卒中教育項目、中國卒中中心建設項目、北京神經病學學術沙龍學術會議、全國言語障礙、吞咽困難培訓班、中國卒中中心建設項目培訓班、全國神經危重症與急救醫學進展培訓班等，近1300人次參加。婦產科舉辦了天壇婦科第四屆微創新技術論壇，超聲科舉辦術中超聲與血管超聲提高班，麻醉科承辦了神經外科麻醉和腦保護進展研討會，急診介入舉辦第六屆顱內動脈粥樣硬化與支架成形術研討會，檢驗科舉辦了體外診斷學進展與教學改革發展論壇，神經介入舉辦了第五屆天壇神經介入高級培訓班，消化內科舉辦了第一屆肝髒疾病進展研討班，呼吸內科舉辦了支氣管鏡介入技術臨床應用高級講習班，藥劑科舉辦了第五屆臨床藥學實踐與提高培訓班、北京中青年藥師沙龍2009年度學術活動。