5～6日
市衛生局組織協調延慶縣、朝陽區衛生局，完成2009北京首屆國際馬球公開賽公共衛生保障。
10日
市衛生局和內蒙古自治區衛生廳召開京蒙省際醫療對口支援項目啟動大會。內蒙古自治區衛生廳廳長楊成旺、副廳長白寶玉，市衛生局局長方來英、副局長鄧小虹，內蒙古自治區36家受援醫院院長和北京市26家支援醫院院長、醫務處處長、護理部主任等約150人參會。
市衛生局、市殘聯、東城區精神衛生工作領導小組在工人體育館北門舉行以“使用網絡應有度、科學合理才健康”為主題的大型宣傳活動。衛生部疾控局副巡視員張立、市衛生局副局長趙春惠、市殘聯副理事長沙澄深、東城區副區長章冬梅、東城區衛生局局長張明、市精保所所長馬辛等出席。同時，舉行了東城區24小時心理求援熱線開通儀式。
12～15日
市衛生局組織協調朝陽區、海澱區衛生局，完成上海合作組織總理會公共衛生保障。
12～19日
衛生部組織督導組對本市“醫療質量萬裏行”開展情況進行了督導檢查。
13日
北京市衛生係統對口援助什邡第六批醫療隊啟程赴什邡執行援助任務。醫療隊由25人組成，其中行政管理1人、醫療17人、公共衛生7人。
14～16日
市衛生局與市僑辦聯合舉辦了“僑愛工程——送溫暖醫療隊”到延慶大莊科鄉社區衛生服務中心義診活動。
10月中旬
對市、區縣屬19家中醫、中西醫結合醫院開展績效考核。
16日
市中醫局組織了北京市中醫藥科技基金項目評審答辯會，對全市38家中醫、中西醫結合、民族醫醫療、科研、教學機構申報的104項課題進行了專家答辯。
市衛生局召開創建平安醫院工作座談會。首都綜治辦聯絡處、市公安局文保處的領導，18個區縣衛生局、海澱區公共委負責人等42人參會。
18日
舉行北京國際馬拉鬆賽。比賽期間，醫療保障組共提供醫療服務789人次，轉運傷病員4人次。
19日
市中醫局對申報新一輪中醫藥重點學科的42個項目進行評審，確定了16個正選和6個備選項目。
20日
完成甲流檢測試劑應急采購。
21日
市衛生局委托北京醫學會組織專家對乳腺癌、食管癌、肺癌、肝癌、胃癌、宮頸癌、結直腸癌、胰腺癌等8種常見腫瘤規範化治療指南進行了修改。市衛生局召開統戰人士通報會，局直屬單位黨外政協委員、人大代表、民主黨派基層組織負責人、僑聯委員30人參加。
21～22日
市衛生局召開社區醫生學校預防保健工作培訓會。730餘名基層社區醫生參加了培訓。
22日
市衛生局、市藥監局舉行“健康北京人——全民健康促進十年行動規劃”知己健康行動啟動儀式。市衛生局將為全市零售藥店統一配發“關注血壓，關注健康”宣傳展架。
23日
召開首都國慶60周年群眾遊行“人口衛生”方陣總結表彰大會。“人口衛生”方陣總隊總隊長、市衛生局黨組書記、局長方來英，市人口計生委黨組書記、主任鄧行舟，首都醫科大學校長呂兆豐出席會議並講話。
首都預防艾滋病宣傳誌願者“1＋1”十進行動之“遏製艾滋，履行承諾”10月主題活動在18個區縣舉行。這是本行動的最後一次活動。
24日
市衛生局組織協調朝陽區衛生局，完成第十一屆北京希望馬拉鬆——為癌症研究募捐義跑公共衛生保障。
25～26日
市中醫局舉辦北京地區中醫醫療質量監測培訓。北京地區承擔中醫醫療質量監測的33家中醫醫院、承擔農村及社區中醫藥工作監測的6家區縣衛生局的工作人員參加了培訓。
25～31日
完成十一屆全國人大常委會第十一次會議公共衛生保障。
27日
市衛生局召開緊急會議，各區縣衛生局局長、醫政科長，設置兒科的103家二三級醫院院長，10餘家媒體記者共180人參加，就加強兒童流感樣病例診療工作進行了部署。
27～28日
市中醫局委托北京中醫協會舉辦北京市中醫社區管理幹部培訓班。東城、西城、崇文、宣武、朝陽、海澱、豐台、石景山區衛生局主管社區衛生服務的領導，各區社區衛生服務管理中心主任和各社區衛生服務中心主任170餘人參加了培訓。
27～29日
市衛生局舉辦黨務工作者組織工作實務培訓班。直屬單位黨辦主任等37人參加了培訓。
28日
國務院糾風辦、衛生部督導組檢查督導北京市藥品集中采購工作。督導組由中央紀委駐衛生部紀檢組組長李熙帶隊，成員有國務院糾風辦機關組副組長白岩淩，衛生部藥政司司長鄭宏、監察局副局長關躍進，以及財政部、國家發改委等11人。本市藥品集中采購聯席會議成員單位的9個委辦局參加了會議。市、區縣兩級衛生行政部門聯合組成3個檢查組，對本市學校甲流防控工作進行了督導檢查。
28～30日
市衛生局組織協調東城、西城、朝陽、昌平區衛生局，完成第十三屆京港經濟合作洽談會公共衛生保障。
29～30日
第十三屆京港經濟合作洽談會在北京召開。衛生合作專場活動由北京市衛生局和香港特別行政區衛生署主辦，香港醫院管理局協辦。
30日
首都預防艾滋病宣傳誌願者同伴教育主持人大賽在北京廣播大廈舉行。市防治艾滋病工作委員會辦公室主任、市衛生局副局長趙春惠，衛生部疾控局艾防處副處長王維真，以及聯合國艾滋病規劃署、世界衛生組織駐華辦官員到場並為選手頒獎。
31日
國務院總理溫家寶到北京兒童醫院視察甲流防控工作，並慰問醫務人員、看望就診患兒。衛生部黨組書記張茅、副市長丁向陽、市衛生局局長方來英等陪同視察。
市中醫局開展中醫兒科甲流防治培訓。全市設有兒科的中醫醫療機構兒科主任參加了培訓。
10月
市衛生局製訂了《社區衛生服務機構固定資產管理製度》。
市衛生局、市人力社保局、市工商局聯合印發《關於加強護理員規範管理的通知》，對凡在本市醫療機構專職從事患者生活照顧的外來農民工提供一次性免費護理員職業技能培訓和職業技能鑒定。
10月底
市衛生局與市委組織部簽訂2009年優秀人才培養資助協議。市衛生局係統共有45人獲得187.5萬元優秀人才培養資助經費。