14～18日
完成黨的第十七屆四中全會公共衛生保障。
9月中旬
市衛生監督所對市軌道交通建設的5個工地食堂進行了食品安全專項檢查。針對檢查中發現的問題，下達了限期整改意見。
15日
市衛生局、財政局和中醫局召開北京市中醫、中西醫結合醫院績效考核工作會。
市衛生局召開預約掛號信息網上填報係統培訓會。市衛生局醫政處副處長段傑、全市各三級醫院門診部和統計室負責人參加。會議要求自9月16日起，全市三級醫院通過網絡係統上報前日本院預約掛號信息。
市衛生局舉行甲流患者集中收治醫院應急工作桌麵演練，市衛生局副局長鄧小虹觀摩演練並進行點評。
市衛生局對各單位甲流疫苗預防接種小分隊人員進行集中培訓。培訓結束後，進行了考試，為合格者頒發了甲流疫苗接種證書和胸牌。
15～17日
市衛生局委托市社區衛生協會對全市社區衛生服務機構管理幹部進行崗位知識培訓，全市1200餘名社區衛生服務管理幹部參加。
15～30日
完成北京地區專科醫師培訓臨床技能考試，內科、外科和全科醫學科等19個臨床二級學科的住院醫師1300人參加。
16日
市衛生局黨組組織評審委員會，對2008年初確定的局直屬單位重點調研課題所形成的26項調研成果進行了評審，評出一等獎3篇、二等獎4篇、三等獎5篇。
市衛生局、市中醫局召開新聞發布會，市中醫局局長趙靜介紹了北京中醫藥防治甲流和科技攻關項目的總體情況，中國中醫科學院副院長黃璐琦介紹了中藥篩選研究結果，地壇醫院中西結合科副主任王玉光介紹了中醫藥治療甲流回顧性研究結果。
16～17日
市衛生局召開職業衛生技術服務機構監督檢查總結會，向40家技術服務機構通報了用人單位對職業衛生技術服務機構服務滿意度調查結果及本次監督檢查情況。
16～22日
市衛生局組織督查組，對部分單位的實驗室生物安全管理及樣本保存管理進行了專項督查。
17日
市衛生局、北京朝陽醫院聯合舉行反恐應急疏散演練，對衛生係統的國慶安保應急反應進行了檢驗。《健康北京人——全民健康促進十年行動規劃》顧問委員會召開第一次會議。副市長丁向陽，市政府副秘書長魯勇，市委宣傳部常務副部長陳啟剛、副部長嚴力強，市衛生局副局長趙春惠出席。會議討論、修改了《健康北京人——全民健康促進十年行動規劃》顧問委員會工作職責，就如何做好當前防控甲流工作、確保國慶公共衛生安全和媒體宣傳工作提出了建議。
市衛生局召開北京市甲流疫苗接種工作部署會。各區縣衛生局主管領導、防保科長、疾控中心主任，49家三級醫院領導，市疾控中心領導及相關人員120人參加。
18日
“人口衛生”方陣總隊參加在天安門廣場組織的群眾遊行彩排。
市衛生局召開部分什邡來京學員結業座談會。
19日
完成中紀委第十七屆四中全會公共衛生保障。
22日
北京市吸煙與健康協會召開五屆二次理事會暨控煙工作會。
市防流辦和市衛生局聯合召開新聞發布會，北京協和醫公共衛生學院院長黃建始教授和市衛生局疾控處處長趙濤介紹了目前本市甲流的疫情趨勢和甲流疫苗接種的有關問題，解答記者的提問。
市衛生局召開華僑華人代表來京參加國慶觀禮活動防控甲流工作會。
22～23日
市衛生局疾控處和婦社處舉辦全市社區衛生服務中心呼吸道疾病樣品采集師資培訓，對18個區縣社區衛生服務中心和衛生院的335人進行了培訓。
23日
市衛生局召開首都急診急救人才培訓工作布置會，18個區縣衛生局以及二三級醫院管理部門的相關人員參加。
26日
市中醫局、中國中醫科學院、北京中醫藥大學、北京自然博物館、北京同仁堂集團、北京禦生堂中醫藥博物館聯合舉辦首都中醫藥60年發展成就展。衛生部副部長兼國家中醫藥管理局局長王國強，市衛生局黨組書記、局長方來英參加開幕式並剪彩。
26～30日
市衛生局組織協調朝陽區衛生局，完成2009中國網球公開賽公共衛生保障。
27日
市衛生局召開會議布置北京市社區衛生服務人員培訓工作。
27～30日
完成第五次全國民族團結進步表彰大會公共衛生保障。
28日
市衛生局召開北京市國家級流感監測網絡成員單位工作會，7家國家級流感網絡實驗室和11家國家級哨點醫院負責此項工作的領導及專業技術人員50人參加。
市中醫管理局召開甲流防控中藥儲備工作會，對北京地區中醫醫院中藥飲片的儲備進行了部署。
28～30日
市衛生局組織協調東城區衛生局，完成國慶觀禮台嘉賓駐地公共衛生保障；組織協調宣武區、西城區、海澱區衛生局，完成國慶華僑駐地公共衛生保障。
29日
市衛生局副局長趙春惠率疾控處、市疾控中心有關人員對懷柔區、密雲縣的鼠疫防控工作進行了檢查。
市衛生局召開本市三級醫院對口支援內蒙古自治區旗縣醫院工作部署會。市衛生局局長方來英、副局長鄧小虹、醫政處處長邱大龍，承擔對口支援任務的26家三級醫院的主管領導參加了會議。
30日
市衛生局組織協調東城區衛生局，完成市政府60周年招待會公共衛生保障。
9月
市衛生局製訂了《北京地區醫院管理考核評價標準（2009版）》和《北京地區醫院管理考核評價標準實施細則（2009版）》，並下發至區縣衛生局和各級各類醫院。
市衛生局與市疾控中心、天安門地區管委會聯合開展對天安門地區病媒生物控製工作，完成對天安門地區、長安街沿線、遊園活動10個重點公園和閱兵村周邊等慶典重要區域病媒生物密度監測3次，並對天安門地區進行大規模控製活動6次。
9～10月
完成本市專科醫師培訓招錄工作，1200名住院醫師即將進入44家醫院的235個培訓基地，開始為期3年的規範化培訓。
10月
1日
由首都醫科大學、北京衛生學校、北京護士學校2323名師生組成的“人口衛生”方陣，作為全國698萬醫療衛生工作者和52萬人口計生工作者的代表，參加了國慶60周年群眾遊行。
1～7日
市衛生監督所對轄區內營業的6家餐飲服務企業進行了巡回監督檢查，共監督32戶次，出動衛生監督員96人次；進行食品快速檢測26件，其中餐具消毒液有效氯濃度檢測16件、農藥殘留10件，結果均合格。