二、細菌在生物分類中的地位、分類單位和命名及分類係統
（一）細菌在生物分類中的地位
長期以來，細菌在生物中的分類地位，因其結構簡單，一直被武斷地歸屬於植物界，因此，引起很多爭論。細菌為微生物中的一大類生物。1966年海克爾（Hacker）創立第三個生物界，稱原生生物界（protista）。將構造簡單的微生物界與結構複雜的動物界以及植物界區分開來。按海克爾的定義，原生生物界包括藻類、原蟲、真菌和細菌。目前許多學者公認，自然界生物可劃分為六個界：動物界、植物界、真菌界、真核原生生物界、原核生物界和病毒界。從20世紀中葉開始，隨著相應技術的發展，經電子顯微鏡觀察和分子生物學檢測，揭示細菌的細胞結構根本不同於藻類、原蟲及真菌三大類。前兩者屬於原核細胞型微生物（procaryotic type microbes），後者屬於真核細胞型微生物（eukaryotic type microbes）。
（一）細菌的分類單元和命名
生物分類最基本的單位是“種”（species），細菌的分類單位與普通生物相同。在高等生物（動物和植物）內，種的定義很明確：凡是能互相交配而產生有生殖能力的生物為同種生物。而原核類細菌沒有完全的有性生殖能力，無法應用上述定義。微生物種應是一群無性係的種群，它們因具有高度的表型相似性而成為一個種。有關的種集合成“屬”（genus），屬集合成“科”（family），依此類推有“目”（order），“綱”（c1ass），“門”（division），“界”（kingdom）。界、門、綱、目、科、屬、種是生物學分類中所用的主要分類等級單位。有時在兩個主要分類單位之間，可添加次級的分類單位，如亞門（subdivision）、亞綱（subclass）、亞屬（subgenus）、亞種（subspecies）、變種（variety）；在種屬之間有時還加上族（tribe）。
有些分類單位用的拉丁語字尾比較固定，常被采用，如：
“目”拉丁語字尾是-ales；
“亞目”拉丁語字尾是-iilea；
“科”拉丁語字尾是-aceae；
“亞科”拉丁語字尾是-oideae；
“族”拉丁語字尾是-eae；
“亞族”拉丁語字尾是-inae。
“種”是細菌最基本的分類單位。長期以來，細菌的“種”經常引起細菌學家的討論和爭論。主要原因是對“種”的概念認識還很不一致。1987年，國際細菌分類委員會頒布，DNA同源＞70%，且其△Tm值≤5℃菌群為一個“種”。另一方麵。其表型特征應與這個定義相一致。
種以下可以進一步區分出亞種、型、株等。在種內，有些菌株如果在遺傳特性上關係密切，而且在表型上存在較小的某些差異，一個種可分為兩個或兩個以上小的分類單元，稱為“亞種”。它們是細菌分類中具有正式分類地位的最低等級。亞種以下的分類單元是具有相同或相似特性的一個菌株或一組菌株，並作為一個分類類群看待。但是亞種以下的分類都不是正式的分類等級，而是細菌分類學中習慣使用的術語或推薦使用的輔助用語。
“型”是在種內再作區分的分類單位。區分手段有血清型、噬菌體型、細菌素型、生物型和毒素型等。型別的區分對流行病學調查、交叉感染及院內感染的監測均有重要意義。
細菌分類中的“群”是指具有某種相同特征的一組不同的細菌。如根據鏈球菌抗原構造可分為18個群，形成Lancefield血清分群係統。又如沙門菌屬各個菌種根據抗原不同可分為A、B、C、D、E、F、6個血清群。