“菌株”是從自然界分離純化所得到的純培養的後代，經過鑒定屬於某個種。但由於來自不同的地區、土壤和其他生活環境，菌株之間可能出現一些性狀差異。屬於同一種，但來源不同的純培養的單個分離物的後代稱為菌株。菌株名稱通常以數目、字母、人名或地名表示。那些隻得到分離而未經鑒定的純培養的後代則稱為分離物。
通常將具有某些共同的主要特征或關係密切的種歸入一個屬，而屬與屬之間具有明顯的差別。在屬的定義還不明確以前，分屬很不統一。當前，細菌分類學家對細菌種的模式菌株做了大量16SrRNA全序列測定後，已得出了共同的認識，即16SrRNA序列相似性大於95%的種可劃歸為一個屬。科和目水平的分類關係則尚不肯定。到目前為止，有相當一部分屬未能歸入相應的科目中。
細菌的命名必須在對待測細菌的分類學位置確定後方可命名。每種細菌有學名和通俗名，學名是細菌的本名，是國際通用的命名。細菌學名是用拉丁語，細菌學名不可因為各國語言差異而改變。各國將學名翻譯為自己國家語言的命名，稱為通俗名。因此通俗名與學名有時有一定差別。
細菌的命名原則也采用生物學中的“二名法”（binomialnomenclature）。“二名法”就是用兩個拉丁詞來命名一個細菌的種。命名是由拉丁文、希臘文或拉丁化的其他詞組成。第一個詞是屬名，為單數主格名詞，或可用作名詞的形容詞表示；其第一個字母要大寫，並可以縮寫為大寫的單個或幾個字母表示。第二個詞是種名，通常是形容詞，例如，Staphylococcus aureus（金黃色葡萄球菌）。鑒於自然界細菌種類增多，為避免出現同名異種或同種異名而被人誤解，有的在正式的拉丁名稱之後，還附上命名人的姓。如金黃色葡萄球菌是Rosenbach命名的，故全名為Staphylococcus aureus Rosenbach。如該菌曾被他人命名過，則把原命名人的姓氏寫在括號內。
有時隻提某一屬的細菌，不提具體的種，或者尚無種名，隻有屬名時，可在屬名後加sp.或spp.表示，它們分別代表species縮寫的單數或複數。例如，Pseudomonas sp.表示某一種假單胞菌。在發表新的分類單元名稱時，要在新名稱後麵加上新分類單元的縮寫詞，如新目為ord.nov，新科為fam.nov，新種為sp.nov，新組合為comb.nov等。
為了使細菌各分類單元的名稱能在國際上通用，必須要有一個國際上統一的名稱，需要製定一個各國細菌學家共同遵守的命名法規，以保證分類單元的正確命名。1976年《國際細菌命名法規》（international code of nomenclature of bacteria）正式生效後，遇有新細菌命名提案時，必須經《國際係統細菌學雜誌》（international journal of systematic bacteriology；IJSB）發表，而且應附上該分類單元的描述或該單元過去發表的有效描述作參考。此外，在發表時要指定新分類單元的模式，如發表新屬時要有模式種，發表新種時要有模式菌株，或者引證新組合的模式。建議種或亞種的模式送交公認的菌種保藏機構存放，以備考查。發表的日期以在IJSB上發表的日期為準。凡有關細菌研究的學術論文，必須使用細菌命名批準目錄中正式的細菌學名。亞種以上的分類，需按命名法規的規定；亞種以下的分類，則用細菌的血清群、血清型、毒素抗原型、噬菌體型和藥敏鑒定等，其命名不受法規約束。