黴菌種群分布在真菌界以生物命名法則命名的多個門類中，根據Ainsworth真菌分類係統，黴菌或產毒黴菌主要分布在半知菌亞門、接合菌亞門和子囊菌亞門中，如黃曲黴（A.flavus）屬於真菌門、半知菌亞門、絲孢綱、絲孢目、叢梗孢科、曲黴屬。在黴菌的常規檢驗鑒定中，一般將菌種檢索歸類到屬（群）。
（二）黴菌的一般特征
黴菌為真核生物，由單細胞或多細胞構成，細胞基本結構由細胞壁、細胞膜、細胞質、細胞核、線粒體、核糖體等細胞器構成。
1.形態與結構一般由菌絲或菌絲體和孢子組成。
（1）菌絲與菌絲體：黴菌營養體為菌絲，管狀，直徑一般為2～10μm，長度可達數毫米至數十毫米，按形態結構可分為無隔和有隔菌絲兩種，無隔菌絲為長管狀單細胞，內含多個細胞核，其生長表現為菌絲的延長和細胞質的增加，如根黴、毛黴等；有隔菌絲由橫隔膜分成成串的多細胞，每個細胞內含一個或多個細胞核，分枝或不分枝，多數黴菌屬此類，如曲黴、青黴等。黴菌在適宜培養基上生長的菌絲相互交織形成菌絲團，稱為菌絲體，根據菌絲體位置和功能可分為兩個類型，生長於培養基內部，行使吸收營養功能的菌絲稱為營養菌絲或基內菌絲；伸出培養基外的菌絲稱為氣生菌絲或繁殖菌絲。在一定生長階段，部分營養菌絲體可分化為假根、附著枝、菌核等特定結構，氣生菌絲則分化為繁殖菌絲，進行有性或無性繁殖，如分生孢子頭、孢子囊、分生孢子器、子囊果等。無論營養菌絲體還是氣生菌絲體，在一定階段會呈現多種顏色，有些會分泌到培養基中，菌絲體的顏色和分化的特殊構造對不同的黴菌具有鑒別特征。
（2）孢子：為黴菌的繁殖體，由特化的氣生菌絲產生，分為有性孢子和無性孢子兩大類。有性孢子由同一或不同菌絲體上兩個細胞融合產生，形成卵孢子、接合孢子、子囊孢子等；無性孢子由氣生菌絲頂端細胞分化產生，形成分生孢子、孢囊孢子、厚垣孢子、節孢子等，一條菌絲可產生多個孢子。
黴菌孢子的特點：小、輕、多、幹，形態色澤各異，休眠期長，抗幹燥、抗輻射和耐營養貧乏能力強。孢子的形態多樣，是黴菌鑒定主要指標之一，常見有球形、卵形、橢圓形、鐮刀形、腎形、針線形等。
2.菌落特征黴菌在固體培養基上（平板或斜麵）生長形成的菌落一般較大，直徑以cm計，部分黴菌生長快且蔓延至整個平板；菌落質地疏鬆、外觀幹燥、不透明，呈現緊密或鬆散的蛛網狀、絨毛狀、絮狀等；菌落與培養基連接緊密，不易挑起；菌落正反麵、邊緣與中心的顏色常不一致，一般生長初期菌落或菌絲體為無色或白色，隨著培養時間的延長而出現顏色並有由淺而深的變化。
二、黴菌培養
黴菌分離鑒定依賴於培養基和培養條件的選擇與控製。
（一）主要培養基及用途
1.馬丁（Martin）瓊脂培養基
（1）成分：蛋白腖5g，葡萄糖10g，磷酸二氫鉀1g，硫酸鎂（MgSO4·7H2O）0.5g，瓊脂20g，1/30000孟加拉紅水溶液100ml，蒸餾水900ml。
（2）製法：按上述配方配製，110℃滅菌20min，臨用前每毫升培養基加鏈黴素30μg。
（3）用途：適用於各種黴菌生長，可用於一般黴菌計數和分離。
2.孟加拉紅培養基（虎紅培養基）用於土壤、食品、化妝品等樣品黴菌計數和分離。
3.察氏培養基用於曲黴、青黴、鐮刀菌等黴菌的鑒定和菌種保存，不適宜於根黴的分離培養。
4.馬鈴薯葡萄糖瓊脂（PDA）適宜於各種黴菌生長，主要用於鐮刀菌、根黴等的分離鑒定和菌種保存。
5.麥芽汁瓊脂
（1）成分與製法：糖化麥芽汁（6～12P）1000ml，瓊脂15g。121℃滅菌30min。
麥芽汁可從啤酒廠購買，也可自製備：取普通大麥浸泡24h，置於木框內，覆蓋濕紗布，置20℃左右環境中，至麥芽長度為初麥1～1.5倍，烘幹磨粉。取幹粉1000g，加水3000ml，55℃保溫糖化至加碘不顯藍色，煮沸30min，沉澱蛋白質，調pH中性，紗布過濾，靜置過夜，取上清液，用波美計測定糖度。
（2）用途：適用於各類黴菌分離鑒定和菌種保存，常用於根黴鑒定。
6.大米粉培養基用於黴菌產毒培養。
（二）培養條件
1.溫度常見黴菌或產毒黴菌屬中溫菌，最適生長溫度一般為25～30℃，實驗室常采用28℃培養。為提高個別黴菌分離的選擇性，可提高或降低培養溫度，如煙曲黴可置45℃培養。當對產毒黴菌進行產毒培養時，可略低於生長溫度，如黃曲黴最適生長溫度為37℃，而產毒時則為28～32℃。當進行分離鑒定時需選擇最適生長溫度，而進行產毒培養時，則初期控製最適生長溫度，後期適當降低培養溫度。
2.濕度黴菌在高濕度或高水活性的基質中旺盛生長和代謝，嗜旱性強的青黴和曲黴，在幹燥基質中可以生長，但生長速度緩慢，其菌絲體和孢子形態結構會發生變化，與其模式種描述不能吻合，因此，在進行黴菌分離鑒定和產毒培養時，須提供較高水分的培養基質和環境，如培養平板倒置、小培養時提供高濕環境、產毒培養的糧食碎粒基質的水分約50%。
3.通氣黴菌為需氧菌，在培養過程中需提供充足的氧氣，平板和斜麵按常規培養方式可滿足氣體需求；載玻片小培養時，必須讓蓋玻片和載玻片之間留有一定通氣空間；產毒培養的基質需含有疏鬆介質，如一定量的糧食碎粒、麩皮、糠殼等，以便通氣。
三、黴菌的接種與觀察
黴菌實驗室接種與觀察不同於細菌，分離純化不能采用劃線法。
（一）樣品接種與分離
1.樣品分離接種土壤、健康相關產品、糧食表麵黴菌分離和汙染計數可采用稀釋傾注平板法（國家標準方法GB/T4789.15-2003）和塗布法，常用孟加拉紅瓊脂或PDA；若分離產毒黴菌應選擇察氏培養基，可避免根黴等非產毒菌株快速生長和大量繁殖，影響分離效果。空氣黴菌檢測可采用自然沉降法或氣體撞擊法。
糧食內部黴菌分離：用消毒酒精和無菌水消毒清洗糧食表麵汙染黴菌後，將糧食粒點種於平板上，每皿5～10粒，糧食黴菌菌相多為嗜旱性黴菌，需采用察氏培養基或高鹽察氏培養基。
2.菌株純化分離在分離平板上形成的各種分散的菌落，根據形態特征可初步判定類群，用接種環或接種針直接蘸取目標菌落中心部位的孢子或挑取菌絲，點種於相應平板或斜麵上，經培養觀察，可判定菌株是否純化，也可進行菌落特征觀察，進入鑒定程序。在進行純化分離接種時，動作宜輕、慢、穩，避免雜菌孢子汙染。
（二）菌株鑒定接種與觀察
主要觀察和記錄菌株的菌落特征和個體形態，接種方法多樣，應選擇擬定類群適宜的培養基進行培養，青黴和曲黴選用察氏或高鹽察氏培養基，鐮刀菌選用PDA或察氏培養基，其他黴菌可選擇PDA、麥芽汁培養基、沙氏培養基等。
1.點種平板將擬鑒定菌株點種於平板上，每皿1～3點，局限生長類黴菌3點，如青黴、曲黴等；快速生長大菌落類1點，如根黴、毛黴等。經培養，可觀察菌落特征；製備顯微觀察玻片，記錄個體形態。該法是黴菌鑒定中菌落特征觀察描述的首選方法。
2.點種斜麵將擬鑒定菌株點種於斜麵，經培養用於觀察部分菌落形態特征；低倍顯微鏡下觀察部分個體形態特征；保存菌種。斜麵點種有減少實驗過程中黴菌孢子汙染的優點。