8日，由34人組成的世衛組織執委會對5名總幹事候選人進行了秘密投票。西班牙推薦的衛生大臣埃萊娜·薩爾加多和科威特推薦的卡齊姆·巴哈巴哈尼博士首先被淘汰，日本推薦的前任世衛組織西太平洋地區主任尾身茂隨後也被淘汰。在最後一輪投票中，來自中國香港特別行政區的陳馮富珍獲得24票，墨西哥推薦的衛生部長胡裏奧·弗倫克獲得10票。陳馮富珍得票超過半數，成為下任總幹事的惟一候選人。
外交專家華黎明說，這次經過激烈的競爭，陳馮富珍當選為惟一候選人，正式當選應該說已無懸念，這應該說是全中國的驕傲，全世界華人的驕傲。一個中國人當選為一個重要國際組織的執行官或者是負責人，這是自從1971年中國在聯合國恢複合法地位以來曆史上的第一次。
大有可為
陳馮富珍曾長期在中國香港特別行政區政府工作，是香港第一位女衛生署長。2003年赴世界衛生組織工作後，她主要負責傳染病防控事務，成績卓著，受到許多國家的稱讚。是世界衛生組織傳染病部門的助理總幹事和大流行性流感的總幹事代表。她是一位世界著名和受人尊敬的衛生官員，在公共衛生方麵擁有豐富的閱曆及國際視野，對傳染病，衛生條例(包括食品、藥品、控煙和傳統中醫藥的條例)，環境衛生和慢性病等各方麵都有淵博的知識和豐富的經驗。
陳馮富珍是世界上最資深及有遠見的公共衛生危機管理專家之一，並有親身處理新發傳染病的經驗。2005年以前，陳馮富珍主要領導世界衛生組織的人類環境保護工作。這項工作圍繞著影響人類健康和生活質量的多種環境因素而開展，包括：化學、物理、生態、社會和心理。主要工作領域有水與衛生、放射和化學安全、室內外空氣汙染和職業健康。
在1994年至2003年任期香港衛生署署長的9年中，陳馮富珍參與公共衛生政策的製定和新倡議的實施。她對倡導和促進衛生有著濃厚的興趣並致力推廣免費或可負擔的初級醫療服務。
她為兒童、青年、婦女、男人和老年人推行了預防性和促進性的衛生保健服務。她又製定和實施其他衛生政策及措施，包括監測及應對疾病，培訓公共衛生醫務人員和其他醫療保健專業人員，提高公共衛生實驗室的能力，建設信息係統以製定有據可依的政策，製定傳統中醫藥管理框架，建立和加強本地與國際間合作。陳馮富珍任衛生署署長期間管理7000名文化及專業背景各異的員工及近5億美元的財政，成功展示了她在人力資源和財務管理方麵的能力。
陳馮富珍不僅為香港社區服務，還積極致力於國際公共衛生工作和世界衛生組織工作。她定期參加區域和國際會議，以進一步加強香港和其它世界衛生組織會員國，特別是西太區各國家的公共衛生合作。
她在公共衛生領域的工作獲得了國際認可和讚賞。1997年她榮獲英女皇伊麗莎白二世頒授官佐勳章。同年由於她的傑出貢獻，她被授予英國皇家內科醫學院公共衛生醫學院院士。1999年，泰國國王普密蓬·阿杜德向她頒發了瑪希頓親王公共衛生獎，以表揚她控製香港禽流感爆發的傑出表現。同年，鑒於她對公共衛生的貢獻，母校加拿大西安大略大學向她授予理學博士榮譽學位。
陳馮富珍曾對媒體表示，作為世界衛生組織一名成員，她的工作準則在過去和將來都是“公平、公正、不偏、不倚”。
談到2007年1月就任以後要做的第一項工作，陳馮富珍說：“最關鍵的、也是最想做的第一件事情就是多聽，傾聽各成員國、世界衛生組織地區辦事處、科研機構、非政府組織以及私營部門和內部同事的意見，盡快將我在世界衛生大會上報告的工作重點具體化，盡快組織負責落實這些重點的工作班子，盡快啟動最優先的工作重點。采納各方意見，吸取各方經驗。”
中國國家主席胡錦濤祝賀陳馮富珍當選世界衛生組織總幹事，高度評價世界衛生組織在推動國際衛生事業發展，促進全球衛生合作方麵作出的積極努力和發揮的重要作用。胡錦濤表示，多年來，中國和世界衛生組織在加強健康教育、防控高致病性傳染病、推廣傳統醫藥等方麵進行了良好的合作，不僅促進了中國醫療衛生事業的發展，也為維護全人類的健康和衛生安全做出了貢獻。中國政府將一如既往地支持世界衛生組織的工作，加強同世界衛生組織在國際衛生事務中的合作。他希望陳馮富珍充分利用個人良好的專業素質和豐富的工作經驗，帶領世界衛生組織更好地為世界各國人民的健康福祉服務。
陳馮富珍表示將盡心盡力做好總幹事工作，與各方共同努力，推動世界衛生組織更好地為全世界人民服務。
當然，陳馮富珍所麵臨的工作並不輕鬆，在這麼一個組織裏，所掌管的可以說是全世界人民的健康，她的工作有重大意義而且具有挑戰性。首先，她要麵臨的是世界衛生組織的改組，隨著聯合國的改組，世界衛生組織改組也再所難免，究竟應該怎樣才能提高這麼大一個組織的效率，是陳馮富珍首先要麵臨的問題。在世界衛生組織內部，組織臃腫，經費短缺，這些都是令人頭痛的問題，究竟該怎樣更好地改組呢？陳馮富珍的擔子並不輕。其次，做為世界衛生組織的掌門人，毫無疑問，陳馮富珍應該時刻思考著怎樣發揮世衛在世界的作用。雖然世衛組織在過去的幾十年發揮了重大的作用，在非典，禽流感等重大瘟疫麵前發揮了重要作用。但是這些還遠遠不夠，艾滋病，黑死病還在肆虐，而且還沒有有效的治療方法。非洲等欠發達地區的醫療條件也著實讓人擔憂。最近些年，瘟疫一場比一場來的猛烈，究竟該建立怎樣的應急係統，這些都是擺在陳馮富珍麵前的難題。