但她公開反對自由市場經濟的立場，讓她足足在國會坐了六年的冷板凳，1987年，她進入工黨內閣，先後出任環保與住房、衛生與勞工部長等職，並1989年被任命為新西蘭曆史上的第一位女性副總理。她在政壇上向以堅持經濟發展要服務於社會公正的原則而獨樹一幟，她孜孜以求的理想一直是；讓人們都有學可上，有工可做，有屋可居，有醫可求。與她共事的人們都說，她不僅勤謹細心，不辭勞苦，而且頭腦敏捷，作風十練，很快就能掌握所接管部門的專業。她任職期間，以嚴格聞名，對部屬的要求標準很高，從不搞下不為例。由於她嚴於律己，勇於承擔責任，且做事不屈不撓，一絲不苟，因此.部屬們從不敢怠惰不敬。前總理朗伊評價說，
她過於理智冷靜，頭腦清醒，缺少幽默風趣，外冷內熱，非感情用事之輩所能理解，甚至讓人覺得她有些幹巴巴的，少些魅力。正當克拉克在政壇上大顯身手之時，1990年的大選到了，倡導高福利、高消費的工黨政府由於在經濟政策的失敗，導致國庫空虛，債台高築，選民渴望換屆，使得工黨議席大幅減少，黯然下野。成為反對黨。克拉克沒有灰心，她默默工作，同工黨領導層致力於工黨內重建，以圖東山再起。隨著工黨內部危機加深，在爭吵得不可開交時，克拉克一改平時的拘謹低調，主動做工黨領袖帕爾默的工作，要他為了黨的複興靠邊站，把位置讓給穆爾(即現任世界貿易組織總幹事)。當工黨在1993年的大選中以微弱的差距落敗後，在黨內追隨者的鼓搗下，她又義無反顧地從穆爾的手中奪過工黨領導權，以踏踏實實的作風整合工黨，把一個近於分崩離析的政黨帶向了團結與統一。
早在學生時代，克拉克就加入了工黨，曾任工黨執委和青年委員會主席等職。當選為國會議員後，她先後擔任了議會外交委員會主席、國防委員會主席。1987—1989年任環境保護部長和住房部長。1989年，克拉克成為新西蘭曆史上第一位女性副總理。但第二年工黨政府即垮台，工黨內部也出現了分裂。就是在這個時期克拉克出任工黨副領袖，而擔任領袖的是在國際政治圈子裏大名鼎鼎的邁克爾·穆爾。
1993年，克拉克成功地廢除了邁克爾·穆爾，成為工黨領袖。後者後來當上了世界貿易組織的總幹事長。
在1996年的新西蘭大選中，命運給克拉克開了一個小玩笑。當時，克拉克領導的工黨獲得的選票超過了右翼的國家黨，隻要工黨能說服排名第三的“新西蘭高於一切”黨，雙方聯合組閣，克拉克便能當選為新西蘭曆史上第一位女總理。但是，“新西蘭高於一切黨”在猶豫6個月後，突然放棄與工黨的合作，轉而與國家黨結盟，並最終使國家黨要員珍妮·希普莉成為新西蘭曆史上的首位女總理。由於新西蘭第一黨具有種族主義的傾向，克拉克堅持不肯多作讓步，上黨由此失去了執政的機會，但卻贏得了堅持原則的美名。更讓克拉克感到尷尬難堪的是，美國《時代》周刊竟然在大選結果公布前，提前將克拉克的照片登上了雜誌封麵，並宜布“克拉克是新西蘭首位女總理。”
1996年，新西蘭的大選以工黨和國家黨兩大政黨幾乎勢均力敵結束，少數政黨選擇了工黨作為聯盟組閣。但是直到3年以後大選中，工黨贏得了120個議會席位中的49個時，她才真正獲得這個機會，登上了新西蘭男性主導的政壇最高峰，成為了這個南太平洋島國第一位被選舉出來的女性領導人。
1999年11月27日，新西蘭舉行三年一度的大選。以珍妮·希普利夫人領銜的國民黨和海倫·克拉克夫人為主帥的工黨互為對手，展開角逐。由於兩位女政治家都身手不凡，有人戲稱這場大選是“兩個女人之間的戰爭”。
新西蘭的政治是三十年河東三十年河西，壓蹺蹺板的結果是兩個大黨國民黨和工黨輪流上台執政。希普利夫人才當了兩年的總理，自然是很不過癮，但國民黨執政已達九年，改革雖取得不少的成績，其負麵影響也在近兩年顯現出來，損害了處於弱勢地位的一些社會階層，導致人心思變。加之她執政後飽受小黨的掣肘，雖有一番雄心壯誌，政策思路也很清晰，但拳腳始終無法施展開，其作為頗令國人失望。而克拉克夫人似乎精確地找到了對手的痛處，她擬定的競選綱領受到了選民大多數的中低階層的歡迎。工黨提出的口號是把新西蘭建設成為“知識型、高技能、高收入和充分就業的國家”，克拉克夫人將社會公理和社會正義置於經濟考慮之上，為新西蘭人擺出了一張“人見人愛”的“信用卡”。
做出了七條承諾；通過發展經濟和加入對小企業的支持、增加就業；擴大公共衛生服務；減少大學生的學費，實行更加公平的教育貸款計劃；按收入比例保證養老金的發放；恢複國有住房房租與收入掛鉤，低收入者房租不超過收入的25%，降低盜竊和青少年犯罪率；年收入六萬新元以下的95%的納稅人不增加所得稅，不增加政府服務稅和公司稅。工黨的這些主張深得由於經濟連年不景氣而生活水平下降的中低收入者的人心，贏得了他們廣泛的支持。另外，工黨重新得到了上土著毛利人的支持；新土著毛利人在全國人數不多，但有重大影響、過去毛利人都支持新第一黨，在本次大選中，在毛利人居住的選區，工黨重新奪回了所有毛利人的議席。