但米歇爾的總督之路並非一直充滿類似的溢美之詞。8月初獲得提名後，米歇爾就陷入被詬病的漩渦。在反對聲中，最大的質疑是她究竟是不是一個“分離主義者”。加拿大的魁北克省長期以來一直試圖從聯邦政府獨立出去，而米歇爾的法國籍丈夫拉方德曾是魁北克獨立的積極追隨者。
有人要她澄清在“魁獨”問題上的立場，甚至要追查她在1995年魁北克獨立公投中究竟投了讚成票還是反對票。因為如果她是魁北克獨立的支持者，她顯然不適合擔任“國家象征”的角色。更有人進一步表示，希望她“要麼明確反對魁北克獨立，要麼下台”。
報道說，米歇爾？讓的丈夫、獨立製片人拉豐是支持魁北克獨立的人士，他不但同魁獨運動骨幹交往密切，公開支持魁北克獨立，還曾製作過幾部介紹魁獨運動的紀錄片。在其中的一部紀錄片中，米歇爾？讓也出席了魁獨人士的聚會。
消息傳出後，一些省份的省長及許多民眾要求米歇爾？讓在上任前作出澄清，因為主張分裂加拿大的人沒有資格擔任加拿大總督。但米歇爾？讓夫婦一直沒有做出回應。總理馬丁的辦公室則聲稱報道不實。
馬丁在聲明中說：“在近一時期，候任總督米歇爾發現自己和丈夫Jean-Daniel成為輿論的焦點。被某些人，特別是那些魁獨運動的中堅分子，質疑他們對加拿大的忠誠。作為加拿大的最高元首，總督必須具有全身心為國家獻身的精神。在接受任命的當天，米歇爾曾經明確有力地表達了她對國家的熱愛。今天，米歇爾再次鄭重聲明她和丈夫對加拿大的無比忠誠。”“作為總理，我對米歇爾有很深的了解。我毫不懷疑她對國家堅定的感情和奉獻精神。正因如此，我決定任命她為下屆加拿大總督的人選。也正因如此，米歇爾才接受了我微不足道的支持和認同。我再次充滿信心地宣示，米歇爾和她的丈夫將以他們的忠誠，高貴，聲望和活力無愧於這次的任命。”
哈珀說：“如果確如總理辦公室所說這些報道不實，那麼總理就應該詳細說明為什麼不屬實，為自己的提名做出澄清。”
加拿大總理馬丁回應說，在提名米歇爾？讓之前，已經進行過背景審查，證明米歇爾？讓不是魁獨分子。馬丁說：“米歇爾·讓是令人驕傲的加拿大人，也是令人驕傲的魁北克省人，她忠於加拿大。”
馬丁並認為，有關米歇爾·讓支持魁獨的說法，是魁獨強硬派的炒作，目的是阻止她出任總督。因為米歇爾·讓出任總督，對魁獨勢力是一大打擊。
沉默了兩個多星期後，米歇爾不得不主動站出來，對她“是否適合擔任象征加拿大的總督”的質疑作出回應。在一項聲明中，米歇爾強調說：“無論我還是我的丈夫都是聯邦製的擁護者，我們都為自己是加拿大人感到驕傲。”她還說，“如果不支持聯邦製，我就不會接受這項任命。”
反對者的另一個質問是，為什麼隻有移民才能代表加拿大？加拿大所謂的多元是否被“膚色種族”這樣的概念捆死了？一位魁北克的電台節目主持人在節目中說：什麼時候我們才可以有一個“白人，男性，異性戀者”擔任總督的職位？他的這一帶有濃厚種族主義意識的評論遭到了聽眾的投訴，不過，這也可以代表部分加拿大人的心態。