針對上述存在的問題特提出以下幾點建議：
根據《會計法》，《財政違法行為處罰處分條例》等法規要求。對已經形成的往來款項進行徹底清理，壞帳按程序予以核銷，應收帳款項貸方有餘額的根據形成原因進行調整，對經濟業務業務已經完成的應收款項進行歸位，對於責任借款責成責任人限期收回。
在執行《行政事業單位會計製度》的基礎上，製定既符合實際又便於操作的管理製度，與日常的會計核算的實務聯係起來，根據單位實際，對往來款核算、資金審批權限作出明確規定，形成製度。使單位的資金從流入財政帳戶、業務科室審核、領導審批、撥款、報賬各個環節都有章可循，規範操作。
建立往來款責任機製、明確責任人，誰批準借出的款項誰負責，對借出的款項一定要有收回時間的限製，借出的款項形成壞帳收不回來的，審批人要負一定的經濟責任，專項借款，進行跟蹤管理，根據工程的進度追收應收帳款，對於不合理的借款要敢於對借款人說“不”；要對借款人的信用狀況要有所了解，對信用狀況不好的不得借款；嚴格有關借款手續的辦理，辦理大額款項要求手續齊全，以便必要時通過法律程序予以解決。
加強業務科室之間的溝通和銜接，首先財務人員應該及時掌握單位“往來款”核算的相關信息和資料。以便於與相關人員進行應收應付賬款清理進度及計劃方麵的交流和溝通。其次工作人員應該定期向主管領導彙報應收應付賬款中存在的問題並提供風險分析報告及解決方案，因此主管領導也心中有數。會計結算中心應認真履行核算監督職責，嚴格按照行政單位會計製度的規定進行會計核算，一旦發現問題要及時與有關業務科室聯係，便於及時處理問題。共同做好應收應付賬款的管理工作。
五、加大內部監督力度
在應收應付帳款內部監督過程中，內部紀檢部門發揮重要作用。目前，事業單位沒有設立獨立的審計部門，其內部監督職靠單位內設紀檢監察室履行，由於其定位、人員、獨立性等原因的限製，不能充分發揮其內部監督作用。
因此，應加大內審的力度，出現問題及時溝通處理，主管會計應進行必要的監督，往來業務較多的單位，應單獨明確專人核算往來款項，每月在資產負債表後附往來款明細報表，對於重點的、事項已經處理完畢而沒有衝銷往來款明細科目的、明顯已逾期的和金額較大的明細要單獨列出，由單位會計提出處理方案，供單位負責人定奪，按會計有關程序作出帳務處理。
六、加強行政事業單位財會人員的業務培訓
進一步提高財會人員的業務水平。這是一個老生常談的問題，但真正落到實處的不多，培訓流於形式，隻是基於《會計法》的要求，而不是自發的有要求的學習，這就形成了學習沒有動力，達不到提高會計人員業務能力的目的，要想從根本上解決學習這一問題上的矛盾，隻有是單位給出一定的時間、資金，形成一項激勵機製，由財政每年出一套範圍廣，針對性、實務性強的試題進行過關測試，且拿入單位的年終考核。
會計是一門靈活性與可操作性很強的學科，隨著經濟的發展每年財政部都會根據經濟的發展對於一些不適於經濟發展和滯後的規則進行必要的調整，財會人隻有不斷的學習，才能跟上會計發展的步伐，不能老是憑老經驗，摸著石頭過河，這是一個錯誤的觀念，要做一個有責任心的會計人，就要與時俱進，不斷的學習，上進，沒有其它捷徑。隻有建設好一支業務過硬、嚴以律己、思想素質好的財會人員隊伍，才能貫徹落實好各項財務管理製度，發揮財務監督作用。
參考文獻：
[1]劉洪芳.國有糧食購銷企業資金問題及解決途徑探討[J]，中國糧食經濟，2010
[2]鄧迪.論施工資源組織的合理性和有效性[J]，科技資訊，2010
[3]張功望.關於村級項目資金核算的會計處理[J]，中國農業會計，2010
[4]張鳳.淺議鋼鐵集團資金管理的運行模式、存在問題與對策[J]，中國總會計師，2010