在開化黨公布新政府的成員名單時，駐朝的清軍將領們也在磋商對策。吳兆有和張光前兩個將領均表示“沒有北洋的命令，不敢輕舉妄動”。袁世凱強調情況緊急，已不可能待命而行。陳樹棠則向眾人轉達了美、英、德三國使節要求清軍暫緩行動的勸告，並表示自己意見相同，認為這樣可以避免師出無名，釁自我開。金允植也來函請清軍按兵不動，以免傷及被日人挾持的國王。
會商的結果是，清軍暫不出動，由陳樹棠、吳兆有緊急函告李鴻章朝鮮發生政變，請求增兵並指示應對策略。袁世凱則負責聯絡爭取由他編練的朝鮮新軍。當晚，袁世凱向新軍發放上等成色的黃金六百兩，與左右營指揮官金鍾呂、申泰照秘密約定次日入宮，共同護衛國王。
此時開化黨的形勢已發生微妙的變化。朝鮮的實際統治者——王妃閔妃在金玉均得欺騙和恐嚇之下來到狹小的景佑宮，本來就十分不爽，又得知自己的族人閔台鎬、閔泳穆已被開化黨殺死，最寵愛的侄子閔泳翊也被砍成重傷，因此她對金玉均等人恨之入骨，決心鏟除開化黨。當時，另一名守舊派大臣沈相薰成了漏網之魚，他利用入宮值勤的機會，將閔台鎬等六大臣被殺的事情寫成密信，放入禦膳中，交給閔妃，並在信中建議引來清兵消滅開化黨。閔妃則利用宮女要求沈相薰火速出宮，與閔妃集團官員和清軍取得聯係，並誘導人民反對開化黨。而她自己則竭力慫恿高宗搬回寬敞不易防守的昌德宮。盡管開化黨人堅決反對，但在苦不堪言的王室成員和宮女宦官的強烈要求及竹添公使出人意料的許可之下，12月5日，高宗、閔妃等王室成員從景佑宮搬出，經過桂洞宮（李載元之府邸）回到昌德宮。而在宮外的情況則使開化黨的末日全麵到來。12月6日上午，開化黨政府發布改革政綱。開化黨本來就沒有群眾基礎，如今又與日本兵勾結，劫持國王，殺害大臣，所以社會上流言四起，說王妃已被開化黨殺害，國王生死未卜，開化黨將另立8歲的義和君李堈為新王。漢城市民並不認同開化黨的政綱，反而不滿其犯上作亂的作為，紛紛聚集起來，要殺盡倭寇，解救國王。未遭開化黨清洗的中間派大臣金允植、南廷哲等紛紛跑到清軍大營，“痛哭乞師”，要求出兵勤王。袁世凱也在眾人猶豫不決的情況下，決定率清軍入宮平定開化黨。
在兩次致函國王，要求晉謁並帶兵入衛王宮的請求被拒後，袁世凱認為事態緊急，間不容發，力主入宮戡亂。為了打消眾人的疑慮，袁世凱承諾“如果因為挑起爭端而獲罪，由我一人承當，決不牽連諸位”。見眾人首肯，袁世凱立刻率一營官兵及朝鮮新軍左右營趕赴景佑宮。
日本政府鑒於自己目前還不是清朝的對手，並不支持日本軍介入政變而引起中日糾紛。當時日本實權人物伊藤博文聽到竹添進一郎將派日本公使館守備隊協助開化黨的消息後，“令次官發電止之……適電文到公使手，京城之事變已起。”因此竹添進一郎在12月6日向金玉均宣布撤兵。金玉均聽到後大驚，連忙請求日本暫緩3日撤軍，並借款300萬元。竹添以聘請日本人為軍事顧問和財政顧問為條件勉強同意。當天下午2時，清軍和親清朝鮮軍就大舉進攻昌德宮了。袁世凱從敦化門入宮，吳兆有從宣仁門入宮。清兵一入宮門，便遭到士官生徒組成的“忠義契”和日軍的猛烈射擊。清軍果斷還擊，雙方展開了激戰，宮內頃刻大亂，閔妃攜王子李坧趁亂逃出宮門，投奔清軍大營，其他宮中女眷也紛紛逃走。袁世凱攻入昌德宮，發現國王已被轉移，遂與退守樓台的日軍展開新一輪的激戰。袁世凱身先士卒，即使屍體滿路也毫無懼色，奮勇當前。正膠著間，守軍中數百個先前蒙袁世凱督導訓練的朝鮮士兵臨陣倒戈，加入了清軍一方，戰局急轉直下。
此時，開化黨和日本人亂作一團，日本公使竹添進一郎主張把國王高宗轉移至東京，洪英植要求高宗移駕江華島，金玉均則要求前往仁川。但高宗堅持留在宮中，哪兒也不去。等到清軍打敗日軍，攻進昌德宮後，金玉均和竹添便挾持高宗逃跑，在路上金玉均極力勸說，甚至帶著威脅，要高宗逃到仁川。不料竹添首先動搖，準備違背諾言，先行撤離，金玉均則拚命哀求。竹添惡狠狠地說：“清廷無理出兵，侮辱我們兩國。我國定將以武相待！”而實際上他已決定率領日軍退回公使館。高宗則命人帶他去城北關帝廟避難。日軍要撤回公使館，高宗要去北關廟，開化黨人被迫作出抉擇。金玉均、樸泳孝等開化黨骨幹亦隨竹添逃跑，洪英植等人護衛高宗出宮赴北關廟。
昌德宮內的整個戰鬥持續了兩個小時，清軍大獲全勝，但遺憾的是仍不見國王的蹤跡。袁世凱重金懸賞打探國王去向，夜間才得知其下落，立刻派兵前去北關廟搶奪，與此同時，洪英植、申福模、樸泳教等7名開化黨當場被清軍斬殺。開化黨的“三日天下”宣布終結。
次日，國王高宗移居袁世凱所部軍營，召集原政府成員金弘集、金允植等，商議善後，並召見各國使節通知政變平息。在甲申政變中，清軍有10人陣亡。漢城市民見到日本人即打，33名日本人在這次政變中被殺死，尹泳觀、樸齊絅、吳鑒等未參與政變的開化黨人也被朝鮮人打死。另有91名漢城市民為日軍所殺。竹添進一郎因使館連日遭到成千上萬憤怒的漢城民眾的圍攻，驚懼交加下，自焚使館，逃往仁川的日本領事館躲避，並逃往日本。金玉均、樸泳孝、徐光範、徐載弼等人也跟著竹添斷發易服逃往日本，一路上遭到人民的追打，無一安生之處。最後他們乘坐停泊在仁川港日本輪船“千歲丸”號逃到了日本。
慘遭失敗的日本人會善罷甘休嗎？大清與法夷大戰未果，如今日本再來尋挑械，兩場戰爭究竟如何落幕？此時的大清有力量同時進行兩場戰爭嗎？麵對東海和台海的風高浪湧他們又是如何將其化解的？兩場戰爭最後究竟又是如何落幕的呢？