第四十條有下列行為之一的，依照刑法關於非法經營罪或者危險物品肇事罪的規定，依法追究刑事責任；尚不夠刑事處罰的，由農業行政主管部門按照以下規定給予處罰：
（一）未取得農藥登記證或者農藥臨時登記證擅自生產、經營農藥的，或者生產、經營已撤銷登記的農藥的，責令停止生產、經營，沒收違法所得，並處違法所得1倍以上10倍以下的罰款；沒有違法所得的，並處10萬元以下的罰款；
（二）農藥登記證或者農藥臨時登記證有效期限屆滿未辦理續展登記，擅自繼續生產該農藥的，責令限期補辦續展手續，沒收違法所得，可以並處違法所得5倍以下的罰款；沒有違法所得的，可以並處5萬元以下的罰款；逾期不補辦的，由原發證機關責令停止生產、經營，吊銷農藥登記證或者農藥臨時登記證；
（三）生產、經營產品包裝上未附標簽、標簽殘缺不清或者擅自修改標簽內容的農藥產品的，給予警告，沒收違法所得，可以並處違法所得3倍以下的罰款；沒有違法所得的，可以並處3萬元以下的罰款；
（四）不按照國家有關農藥安全使用的規定使用農藥的，根據所造成的危害後果，給予警告，可以並處3萬元以下的罰款。
第四十一條有下列行為之一的，由省級以上人民政府工業產品許可管理部門按照以下規定給予處罰：
（一）未經批準，擅自開辦農藥生產企業的，或者未取得農藥生產許可證或者農藥生產批準文件，擅自生產農藥的，責令停止生產，沒收違法所得，並處違法所得1倍以上10倍以下的罰款；沒有違法所得的，並處10萬元以下的罰款；
（二）未按照農藥生產許可證或者農藥生產批準文件的規定，擅自生產農藥的，責令停止生產，沒收違法所得，並處違法所得1倍以上5倍以下的罰款；沒有違法所得的，並處5萬元以下的罰款；情節嚴重的，由原發證機關吊銷農藥生產許可證或者農藥生產批準文件。
第四十二條假冒、偽造或者轉讓農藥登記證或者農藥臨時登記證、農藥登記證號或者農藥臨時登記證號、農藥生產許可證或者農藥生產批準文件、農藥生產許可證號或者農藥生產批準文件號的，依照刑法關於非法經營罪或者偽造、變造、買賣國家機關公文、證件、印章罪的規定，依法追究刑事責任；尚不夠刑事處罰的，由農業行政主管部門收繳或者吊銷農藥登記證或者農藥臨時登記證，由工業產品許可管理部門收繳或者吊銷農藥生產許可證或者農藥生產批準文件，由農業行政主管部門或者工業產品許可管理部門沒收違法所得，可以並處違法所得10倍以下的罰款；沒有違法所得的，可以並處10萬元以下的罰款。
第四十三條生產、經營假農藥、劣質農藥的，依照刑法關於生產、銷售偽劣產品罪或者生產、銷售偽劣農藥罪的規定，依法追究刑事責任；尚不夠刑事處罰的，由農業行政主管部門或者法律、行政法規規定的其他有關部門沒收假農藥、劣質農藥和違法所得，並處違法所得1倍以上10倍以下的罰款；沒有違法所得的，並處10萬元以下的罰款；情節嚴重的，由農業行政主管部門吊銷農藥登記證或者農藥臨時登記證，由工業產品許可管理部門吊銷農藥生產許可證或者農藥生產批準文件。
第四十四條違反工商行政管理法律、法規，生產、經營農藥的，或者違反農藥廣告管理規定的，依照刑法關於非法經營罪或者虛假廣告罪的規定，依法追究刑事責任；尚不夠刑事處罰的，由工商行政管理機關依照有關法律、法規的規定給予處罰。
第四十五條違反本條例規定，造成農藥中毒、環境汙染、藥害等事故或者其他經濟損失的，應當依法賠償。
第四十六條違反本條例規定，在生產、儲存、運輸、使用農藥過程中發生重大事故的，對直接負責的主管人員和其他直接責任人員，依照刑法關於危險物品肇事罪的規定，依法追究刑事責任；尚不夠刑事處罰的，依法給予行政處分。
第四十七條農藥管理工作人員濫用職權、玩忽職守、徇私舞弊、索賄受賄的，依照刑法關於濫用職權罪、玩忽職守罪或者受賄罪的規定，依法追究刑事責任；尚不夠刑事處罰的，依法給予行政處分。