1990年8月6日，在貝·布托執政20個月以後，巴基斯坦總統伊沙克·汗罷免了貝·布托的總理職務，她所領導的政府也被解散。
伊沙克·汗總統指責貝·布托濫用權力、搞裙帶風、貪汙舞弊，她所領導的政府已失去人民的信任。
伊沙克·汗總統還以國家安全受V患和內亂雙重威脅”為由，下令全國進人緊急狀態。與此同時，他還宣布委任反對黨領袖賈托伊為過渡時期總理。賈托伊是貝·布托的主要政敵，這一招要把貝·布托踩在地上，叫她難有翻身機會。
伊沙克·汗宣布，10月24日舉行大選，以表示巴基斯坦仍然沿著民主大道前進，不會重蹈獨裁統治的覆轍。
緊接著，過渡時期政府下令貝·布托和她的丈夫阿西夫不準離境，以接受有關貪汙的調查。
這一連串的行動，都是針對這位女強人的。貝·布托已經處在被動下風，她沒有軍隊作後台，她所領導的人民黨也不敢輕舉妄動。
貝·布托在記者招待會上說，總統的作法是非法的，而且違反憲法。她否認伊沙克·汗對她的指責，她要向法庭起訴，控告總統違憲。
然而，貝·布托打出的牌張，無法挽回局勢。
貝·布托被罷官，顯然和軍人幕後主導有關，這點從賈托伊及其過渡時期政府的內閣部長宣誓就職時，軍方高級將領均到場觀禮；總統伊沙克·汗命令一發布，軍隊立即在首都完成部署，並進而接管電台、電視台和電信局總部，切斷對外電訊聯絡等跡象，便可看出端倪。
另一方麵，哈克死後新崛起的軍事強人總參謀長貝格將軍與貝娜齊爾關係鬧得很僵，近乎破裂。這是貝娜齊爾的致命傷。
199。年5月，貝娜齊爾的家鄉——信德省發生激烈種族衝突，貝·布托被迫派軍隊前往鎮壓，造成牧n多人喪生的慘劇。軍方將信德省的動亂歸咎於貝·布托的人民黨居間挑撥，因而軍方要求賦予全權，負起維持秩序和懲處肇事分子的任務，但被貝·布托斷然拒絕。
另一件事是，貝·布托不顧貝格將軍的反對，晉升一名中將，引起貝格將軍不滿。結果，貝格將軍以貝·布托企圖分化軍方為理由，要口·布托收回成命，小布托堅持己見，不肯讓步。貝格將軍最後強迫這名將領退休。雙方關係鬧得壞極了。
除了和軍方不和外，貝·布托執政20個月，政績也讓人民失望，她就任總理以來除了提出預算案外，對於發展經濟，改善人民生活，都沒有具體方案，反而浪費寶貴時間與國會反對黨展開角逐戰，和竭力澄清有關貪汙舞弊的指責。貝·布托的領導才幹受人懷疑，對她能否勝任』總理，很多人存有疑慮。但也有人認為，這不能完全怪她，因為巴基斯坦官場貪汙腐敗這個傳統，不是她執政期間的產物，怎麼就成為解散她的政府，罷免她總理職位的理由呢？
貝·布托被罷官後，她表示不全怪總統伊沙克·汗，她說：“我相信另外有人要我退出政壇”。她所說的‘’另外有人”當然是指巴基斯坦軍方。
貝·布托能夠上台執政，是獲得軍方支持的。但當初軍方支持貝·布托是有條件的。原來軍方要她撒手不管外交政策，特別是對阿富汗政策，以及國防預算必須依照軍方的意願批準，不得反對。為了執政，貝·布托—一答應了。
有外交界人士認為，說穿了，貝·布托根本就是靠軍事強人貝格將軍的支持，才得以當上總理。沒有貝格將軍的支持，貝·布托垮台是必然的。
但是有人形容軍人發起倒間風波，是一場政變，他們認為貝·布托不聽話，她和軍方搗亂，不願忠心合作，加上貝·布托被指責貪汙，正是推倒她的機會。
駐巴基斯坦一位外交官說，巴基斯坦軍方利用伊拉克侵略科威特，全世界都把視線和注意力轉移到這件大事時，突然發動一場政變，正是“天賜我也”的千載難逢的時候，怎能坐失良機呢？
美國忙著應付伊拉克侵略科威特一事，世界各大國也為中東新危機大傷腦筋，對於貝·布托被罷免，國會被解散，在國際政治舞台上已不是頭等大事了。處於當時世界新形勢，貝·布托被罷官後，各國反應平平淡淡，沒有任何一個大國表示要為她“伸張正義”。
這是貝·布托的悲哀，她的處境堪憐，現在隻能依靠支持她的人民，為她創造卷土重來的條件。貝·布托和她領導的人民黨宣布，決定參加10月24日大選，準備進行一場新的政治鬥爭。
議會選舉前，貝·布托及她領導的巴基斯坦人民黨信心十足，堅信會贏得生死攸關的議會選舉。投票前36小時，他們還在巴基斯坦人口最多的省份旁遮普的首府拉合爾舉行大規模集會，貝·布托預言，在議會217席中，人民黨將奪得大多數。大部分分析家相信，人民黨會占優勢。連軍方情報機構也向高級將領遞交秘密報告，認為人民黨可獲72議席。人民黨甚至預訂了投票後翌日的報紙版麵，準備刊登廣告，大力宣揚選舉勝利。誰料廣告見報後，卻令貝·布托及其支持者尷尬不已。
議會選舉結果出乎意料之外，伊斯蘭教民主聯盟取得大勝，奪得105議席，而人民黨卻遭到慘敗，隻得45席，比1988年選舉所得95席遠遠少很多。伊斯蘭教民主聯盟是由8個右翼政黨聚合而成，組織鬆散，但與軍方和大企業家有密切聯係，在貝·布托執政20個月期間，一直以反對黨地位處處同這個女總理政府為難對抗。
選舉結束後，貝·布托連夜在其故鄉信德省拉卡納召開記者招待會，憤怒地宣布，“巴基斯坦政治出現大轉變”，認為存在嚴重的選舉舞弊，指責伊斯蘭教民主聯盟“竊取”選舉。但是，兩個監督選舉的國際視察小組都認為，迄今並未發現大規模詐騙行為足以改變整個選舉結果。
伊斯蘭教民主聯盟能成功地擊敗貝·布托，看來與其仔細策劃選舉運動大有關係，他們到處登記新選民，爭取新支持，控製宣傳機器，盡量減低聯盟內部的分裂。然而，無可否認，這次選舉確存在是否公正的問題，因為總統伊沙克·汗和過渡時期政府都扮演了黨派角色，選舉前竭盡努力，抨擊人民黨。
過渡時期政府總理賈托伊否認貝·布托的指責，認為這隻是“吃不到的酸葡萄”，要她拿出勇氣，大方地承認選舉失敗。他說，“我們不能依靠一名年輕女子的狂想和幻想。雖然對國內外傳播媒介，她可能很有吸引力，但國家已作出裁決，她必須向人民證明她是民主的”。
伊斯蘭教民主聯盟選舉得勝，使伊沙克·汗總統如釋重負，支持總統的軍方領袖，對選舉結果也大感高興。但一般認為，這次選舉隻是把貝·布托攆出巴基斯坦政壇的其中一步。下一步行動將是在法庭審判對貝·布托和她的丈夫阿裏·紮爾達裏及其5名前政府部長的控罪。
對貝·布托打擊最重的是她被告上法庭，被指控犯了7項貪汙罪名，如被判有罪，她有7年時間要退出政治。同時，她的丈夫阿西夫因政治勒索和綁架兩項刑事控罪，被扣押監房，不準保釋，如罪名成立，可能要坐牢10年。反對黨過去曾有一幅廣告，以漫畫形象嘲笑阿西夫說，“政府是我的侍女，這個女人是我的，因此她取得的所有鈔票也是我的。”貝·布托知道，她的政敵對她不會大發慈悲，他們不僅要迫使她從此離開政壇，還希望她再次流亡國外。
至於取勝的伊斯蘭教民主聯盟已提名由40歲的旁遮普省富有工業家謝裏夫出任下屆總理。新政府麵臨大量頭痛問題，其中包括：印度與巴基斯坦之間的喀什米爾糾紛可能爆發為南亞次大陸另一場戰爭；海灣危機給巴基斯坦帶來嚴重經濟困難，因為油價上升影響民生百業；以及如何使美國恢複數以億萬元援助等等。
貝·布托落敗後，暫時能否成為反對派領袖也存在疑問。這位年輕女強人雖已心力交瘁，但表麵上她仍堅強無比，絲毫沒有泄氣，言詞帶有強烈的蔑視和對抗態度，她矢言，’‘人民在我一邊，我們定會戰鬥、戰鬥、戰鬥。我們會處於反對黨地位，而他們也不能維持超過一年。”她又表示，失敗經驗將磨煉她的未來戰鬥本領，’‘下次我去挑選更有經驗的班子，我們定會比現在更強大。”
即使政敵也認為，貝·布托是個不尋常的堅強女子，經此挫敗，她決不會就此消失。“假如她有耐性，她大有前途。”她還年輕，來日方長，誰敢斷定她沒有機會可以東山再起，卷土重來？
政壇老手卷土重來
南亞地區的政局同當地氣候一樣，反複無常，說變就變。巴基斯坦的政壇也是如此，錯綜複雜，瞬息萬變。
事隔不到三年，在1993年7月18日和19日兩天，伊沙克·汗總統和納瓦茲·謝裏夫總理忽然雙雙宣布辭職。這個消息，給貝·布托的政治生命又帶來了新的轉機。在準備10月份舉行的全國大選中，人民黨增強了獲勝的信心。
在1993年Ic月6日舉行的大選中，貝·布托吸取了上次大選失利的教訓，較好地處理與執政當局的關係，改善了自己的競選地位。這回，她已不是5年前血氣方剛、但缺乏治國經驗的貝·布托小姐，而是懂得如何在政治鬥爭中縱橫種闊的老手了。由於貝·布托充分進行了說服和團結的工作，有著較廣泛的社會基礎，並且又得到了軍方和臨時政府的支持，所以在1993年10月19日，巴基斯坦驚心動魄的大選中一錘定音：貝·布托在國民議會的選舉中，以121票對72票，擊敗了巴基斯坦穆斯林聯盟的謝裏夫，再度出任政府總理。