金融會計內部控製是金融內部控製的重要內容和基礎。為此，要健全和完善金融內部控製，首先必須進一步加強金融會計管理，建立健全有效的金融會計內部控製。
一、金融會計內部控製的原則
建立金融會計內部控製係統，應當遵循以下基本原則：
（一）規範化原則
金融會計賬務處理必須按照會計製度以及《會計基礎工作規範》等有關要求，建立並執行規範化的操作程序。
（二）授權分責原則
對會計賬務處理實行分級授權。會計人員不得超越權限範圍處理會計賬務和增刪會計賬務事項或參數；上級授權處理的事項必須履行必要的手續；建立並嚴格執行財務收支審批製度。會計賬務處理必須實行崗位分工，明確崗位職責，嚴禁一人兼崗或獨自操作業務全過程。會計崗位還要實行定期或不定期的輪換。
（三）監督製約原則
對會計賬務處理的有效依據如業務公章、密押、空白憑證等實行專人分管；資金與實物分別核算與管理；會計部門對重要空白憑證和有價單證要進行表外登記，應有獨立於會計部門之外的部門如出納部門管理現金、有價證券及其他實物形態的資產。對會計賬務處理的全過程要實行監督，即全麵實行對會計業務的事前監督、事中監督和事後監督。所謂事前監督，即受理業務時，臨櫃人員對業務的合法性、真實性，手續的完整性及數據的準確性進行審核；所謂事中監督，即對會計處理的憑證、賬表內容和數據等均須審核，重大事項須由會計主管複核；所謂事後監督，即對已經處理的會計賬務實行再核對，重點監督重要業務的處理。對此，會計部門必須設置相應崗位，配備必需人員，落實監督事項。
（四）賬務核對原則
對會計賬務，必須堅持“六個核對相符”，即賬賬、賬據、賬款、賬實、賬表和內外賬務核對相符；根據製度要求對不同賬務采取每日核對和定期核對的辦法。要建立和完善外部對賬製度，定期（如按季）按戶對賬。
（五）安全謹慎原則
會計部門必須妥善保管密押、重要空白憑證和業務公章等，防止遺失或被盜；妥善保管會計檔案，嚴格會計資料的調閱手續，防止會計數據的散失和流弊。會計人員調離必須按有關規定辦理交接手續。
二、金融會計內部控製的內容
金融會計內部控製的重點是：實行會計工作的統一管理，嚴格執行會計製度和會計操作規程，運用計算機技術實施會計內部控製，確保會計信息的真實、完整和合法，嚴禁設置賬外賬，嚴禁亂用會計科目，嚴禁編製和報送虛假會計信息。
為進一步嚴格金融會計內部控製，加強金融會計管理，保障資金安全，防範金融風險，必須從以下幾個方麵著手建立金融會計內部控製：
（1）應當依據企業會計準則和國家統一的會計製度，製定並實施本單位的會計規範和管理製度。下級機構應當嚴格執行上級機構製定的會計規範和管理製度，確保統一的會計規範和管理製度在本行得到實施。
（2）應當確保會計工作的獨立性，確保會計部門、會計人員能夠依據國家統一的會計製度和本單位的會計規範獨立地辦理會計業務，任何人不得授意、暗示、指示、強令會計部門、會計人員違法或違規辦理會計業務。對違法或違規的會計業務，會計部門、會計人員有權拒絕辦理，並向上級機構報告，或者按照職權予以糾正。