金融機構要加強財務管理，就必須建立財務內部控製製度，並且有效地執行。審計時，應把通過檢查財務內部控製製度的建立和執行情況。鞏固和健全財務內部控製製度作為一項重要任務。具體審計時，可在收集資料、了解情況的基礎上，主要檢查以下內容：
（1）檢查是否嚴格執行職能分工、履行崗位責任製。通過檢查憑證、賬簿記錄看被審計單位是否做到錢賬、收支憑證、印鑒分管；是否實行出納與記賬分管，在出納或會計人員請假或因其他原因離崗時，有無相互代理兼辦的違規現象；簽發股票、登記股東登記簿、簽發股利等工作是否由一人從頭到尾包辦等。
（2）檢查是否嚴格執行授權和審批製度。主要檢查被審計單位對資本投入、增減變化、留存收益提取等項目是否經過領導授權並報上級主管部門審查批準；被審計單位取得的營業收入的放款、拆借、租賃等業務合同是否經過主管負責人審批；檢查被審計單位成本費用開支是否經過授權，非經常項目是否經過特殊授權，有無未經授權而發生成本費用等問題。
（3）檢查內部牽製製度的執行情況。主要看收、付款及實物收、發、保管是否按規定由兩個或兩個以上人員辦理，事前是否經過領導授權；辦理實際交納稅金與登記應交稅金賬目是否存在一人包辦現象等。
（4）重點檢查內部財務賬目和憑證記錄及有關人員的簽章，查明控製功能發揮作用的情況，主要揭示有無出納、會計等不相容職務相互兼辦或代理的情況；收支、領發業務審批、複核手續是否嚴格；有無利用重複報賬、偽造、塗改單據等手段進行舞弊的情況。
（5）檢查是否建立各項收入、支出及財產等管理的操作程序。業務人員是否嚴格按照操作程序辦理，有關憑證是否按規定程序在各部門和人員之間合理傳遞流轉；對各有關憑證是否按序編號，按規定填製、複核和簽章等。
（6）檢查是否建立定期清查盤點的財產製度，並定期核對財產賬、表、證、卡、實物；是否對管理不善造成盤虧的責任人規定了具體的處罰措施。
（7）檢查財務收支及利潤是否實行了目標管理和計劃管理，並實行歸口、分級責任控製；成本費用開支範圍和標準的各項規定是否健全，並為財會人員所熟悉。
（8）檢查被審計單位主管部門是否定期或不定期進行財務檢查，對檢查中發現的先進經驗和事跡是否及時予以肯定和鼓勵，對發現的違規違紀行為是否及時予以製止和處罰。