劉裕趕跑孫恩後，時局暫時得以平定，但事實上可以說得上是暗流湧動。朝廷裏麵掌權的司馬元顯被幾次的孫恩之亂弄得聲望大跌，差點還被孫恩攻入建康城，成了天下罪人。
而地方上經過三大軍閥的混戰，雖然桓玄成了最後的贏家，但事實上也是滿目瘡夷。要知道古時候的軍紀一般都不怎麼好，看看前文的北府軍就知道，桓玄雖然是荊州軍的統帥，但下麵人的一些什麼強搶民女，掠奪百姓家財，甚至殺良冒功之事都是睜一隻眼閉一隻眼的。他自己就是出身世家，自是不肯為了他眼中的草民泥腿子損了他在軍中的威望，那麼桓玄掌握的地盤上的情況就可想而知。
朝廷直接統管的三吳地區經過北府軍的洗劫和幾次孫恩之亂，加上司馬元顯的征軍戶之事，自然就更加殘破不堪，民不聊生。
司馬元顯為了重新樹立他做為朝廷掌權人的威信，決定討伐桓玄，而桓玄也不甘示弱，自己現在坐擁朝廷七州之地，還會怕你一個連兵都沒幾個的孤家寡人？而且桓玄到此時也認為，他應該繼承他的父親桓溫當年未完成的事業，就是逼迫東晉朝廷的皇帝下台，讓自己也過一把皇帝的癮。
桓玄的父親桓溫當年剿滅益州的成漢李氏政權，三次北伐，打下了江北的大片疆土。可惜第三次北伐時被慕容垂所敗，桓溫那時已掌握東晉朝廷軍政大權，先廢了一個皇帝。他被封海西公，又等著朝廷加封他的＂九錫＂，可惜朝中反對的勢力不小，他死都沒有等到這一天。（注：出自《晉書。桓溫傳》）他給兒子留下的很大一片遺產。
司馬元顯討伐桓玄的最大倚仗不是建康城內的那點兵力和宗室司馬尚之所率領的豫州軍，而是坐鎮京口的北府軍統帥劉牢之，結果朝廷的軍隊一敗再敗，劉牢之的大軍卻是一動不動，頗有任爾風吹雨打的風采。
他怕自己打敗了桓玄之後，被司馬元顯所忌，所謂：高鳥盡，良弓藏；狡兔殫，獵犬烹，加上他自己也沒有信心打敗坐擁荊楚大軍的桓玄，遂派自己的兒子劉敬宣向桓玄投誠。（注：出自《晉書-劉牢之》）
在劉牢之兵屯冽州的時候，劉裕便請求率兵攻擊桓玄，“明公（注：魏晉時對高位者的尊稱），您老是屯兵不動，可是犯了朝廷大忌啊，不如由我去試探一下桓玄的虛實？”可是劉牢之思索永久，還是緩緩地搖頭，這要是開了打可就沒有回頭路了。
劉牢之派他的兒子劉敬宣去往桓玄軍中投降的時候，劉裕與北府軍大將何無忌都明白了，這老帥原來是不準備打啊。劉裕頓時就急了，跪在地上喊道，“明公，這要是一仗未打就投降了，不僅北府軍名聲掃地，而且您還成了一個反複無常的小人啊。”當年劉牢之殺王恭還可以看做是奉朝廷之命攻打叛逆，可如今他要投降柦玄這不是自打耳光嗎？可惜劉牢之已聽不見忠言了，他自己心裏自有他的小算盤。