盡管沒能得到劉裕的支持,但劉牢之還是決定起兵反抗桓玄。沒辦法,必須保住自己的軍權和頭銜啊。但這時手下的眾將都不依了,就連以前一直支持他的參軍劉襲(注:這位應該是他的同宗),也出口反對“世上最大的事莫過於造反了,你先前殺了王恭,接著又背叛了司馬元顯,現在又要三叛桓玄,這世上還有你的立足之地嗎?”(《晉書-劉牢之傳》)
劉襲口中隱諱的意思就是你和曆史上的三姓家奴呂布也差不多了吧,到最後難免落得一個身死的下場,說完就離場而去。
劉牢之先早令兒子去往京口接自己的家眷,免得落於別人之手,可是劉敬宣老是不回來,劉牢之就以為兒子已經被人給殺了,加上他現在可以稱得上眾叛親離,憂慮之下,一時想不開,居然上吊自殺了。(《晉書-劉牢之傳》)
桓玄知道後把劉牢之的屍體從墳墓中挖出,斬首棄屍,並大舉屠殺北府軍高層將領。這人先投降自己,再被自己剝奪權力,然後背叛自己,最後還沒怎麼打就自殺了。慫成這樣,不辱不行啊。
後來劉裕起兵反對桓玄,念著以往劉牢之對他的提拔之恩,不僅給他收屍(此時劉敬宣逃亡南燕),還恢複了劉牢之的官爵名聲。(注:出自《晉書-劉牢之》)
劉牢之死後,桓玄便派自己的兄長桓修任撫軍大將軍,坐鎮丹徒。桓修念及劉裕沒有參與劉牢之的叛亂,加上劉裕在京口一帶有著很高的聲望,便重新任命他為自己的中軍參軍,就連以前所擔任的建武將軍,下邳太守這兩個職位又還給了他。
劉裕先是和劉牢之劃清界線,解甲歸田,不僅免除了可能的血光之災,接著還能繼續得到掌權的桓氏重用,他的精明的頭腦和先見之明又一次起了作用,可見劉裕早期在軍中沉寂的幾年確實有非常大的長進。
《韓非子·喻老》中記載,南方有大鳥,三年不鳴,一鳴驚人,三年不飛,一飛衝天。劉裕此時不僅在軍事上有著別人無法比擬的統兵才能,在政治上的智慧也絲毫不弱於別人,起碼就比軍事人才、政治蠢才的劉牢之要強了百倍。
劉裕把政治和人情分得很清楚,現在朝中掌權的桓氏能夠重用於他,他馬上就接了新任命前去鎮壓孫恩的餘黨。
孫恩自從第四次敗退之後,因為海島物資貧乏,發起了第五次進攻,可是這次孫恩的運氣就沒麼好了,他就被臨海太守辛景打敗了,他知道以自己的罪責,如果被晉朝的官兒抓住了,到時想死也死不了,一時想不開,居然投海自盡了。(注:《晉書。孫恩傳》)
孫恩死後,五鬥米教的餘黨便推舉了他的妹夫盧循做了繼任天師,此時的桓玄剛剛控製朝政,不想在東南邊上再起波瀾,就下令招撫盧循,任命他為永嘉太守(注:今漸江溫州),而盧循出於"長生人"的首領剛剛身死,人心不穩,部眾也是損失慘重,重整旗鼓也是需要時間的,就同意朝廷的任命。但他雖然去往永嘉上任,但卻不受朝廷節製,時不時的還要出去打劫一番。(注:出自資治通鑒,一一二卷,“循雖受命,卻寇暴不止")