雖然王謐也是朝廷上的主事人，可是劉裕手下也另外有一套班子在運行，這套班子的首腦就是劉穆之，這些天劉裕和建康裏的人扯皮，這手下一大堆事就丟給了劉穆之。劉裕對劉穆之絕對信任，而劉穆之也不負劉裕所托，把所有的事都處理得井井有條，廢除了許多不合理的法令，並且在建康城裏嚴懲不法之徒。劉裕也是以身作則，一時城裏風氣大好。
可是晉朝就是世族當政，晉朝也是世家大族妥協下的產物，朝廷裏綱紀鬆馳，豪族特權甚重，因此欺壓百姓之事時有發生，因此，當初劉裕頒布的法令中有一條就是限製士族的特權，這自然引起了某些人的不滿，尚書左仆射王愉與他的兒子王綏自負是江左望族太原王氏之後，密謀起兵推翻劉裕，可惜事機不密，反被劉裕給抓了，全家抄斬。當然，這其中與王氏和桓氏有姻親之屬有沒有關係就不得而知了。（桓玄是王綏的舅舅。）
自此之後，建康城裏的官員們看到劉裕也不是好欺負的，一個個都老實起來。此時的晉朝明麵上和暗地裏是由王謐和劉裕掌控，劉裕雖然恢複了晉朝的國祚，但建康城裏一個姓司馬家的人都沒有，加上這時的晉安帝還遠在尋陽，不知道什麼時候才能回來，所以他們的掌權自然不能算是名正言順，所以劉裕就找到了武陵王司馬遵，也就是皇帝的堂叔，立他為臨時政府司馬家的代表，封大將軍，主持國事，然後就是大赫天下，當然桓氏一門除外。
武陵王稱製之後，劉裕就準備回到京口做他的徐州刺史，畢竟現在的劉裕可沒有篡晉的想法，他現在想做的就是晉朝的忠臣。桓玄的前車之鑒不遠，篡位哪是那麼容易的事？可是樹欲靜風而不止，朝中又發生了幾件大事。
這第一件事還是算是好事，就是前年流亡南燕國的劉敬宣與司馬休之聽說劉裕起兵把桓玄給打跑了，而且重新建立了晉朝，就從南燕回來了，劉裕就上奏立劉敬宣為晉陵太守，這晉陵郡治也就是京口，也就是做他們家鄉的父母官。
而司馬休之是皇族，武陵王就封他為荊州刺史，監荊、益、梁、寧、秦、雍六州諸軍事，可是別看這一串的頭銜很大，可是卻絲毫沒有一分的實權，這荊州現在還在桓玄的手上，益州的刺史是毛璩，這家夥雖然是討伐桓玄，可是要他聽從司馬休之的命令，恐怕不是太現實，其餘的幾州都是江北之地，空白名頭罷了。（《資治通鑒。一一三卷》）
第二件事就是那些世家大族看一時不能奈何劉裕，就把主意打到王謐身上來，畢竟當初王謐也是桓玄的輔政大臣，他還曾親自從皇宮之中把安帝的玉璽拿出來送給桓玄，光從這一點上來看，就可以說是罪大惡極了。可是這些朝廷裏的人也不傻，都知道劉裕是個不好說話的人，自己不敢出頭，就唆使劉裕的手下，現在北府軍的二號人物劉毅出頭，在一次朝會上，劉毅就當著眾人的麵問王謐，“陛下的玉璽何在？”
王謐當時就嚇得大驚失色，這劉毅如此問我，莫不是軍中有人對我執掌朝政而不滿？王謐的弟弟王諶就說，“當初劉裕他們就是隨便找了一個借口誅殺異己，大哥你當初也是桓玄的死黨，現在劉裕想要除掉你自己都不用動手，隻要一個手下人打前陣而已。”
王謐聽了弟弟的話更加不安，加上朝中討伐他的話聲越來越多，王謐害怕之下就跑到了曲阿（注：又名丹陽，就在晉陵郡旁邊）去了，想必他還是不想信劉裕會想殺他，所以才跑到離他不遠的地方來觀望一下，劉裕知道這件事後，果然不負他所望，親自寫了一信送給武陵王，讓王謐重掌朝政，這次可以看做是世家們對劉裕第一次的試探。
相比於前兩件事來說，第三件事倒不是什麼大事，就是光祿勳丁承之、左衛將軍褚粲、遊擊將軍司馬秀私自讓老百姓和下級官吏為他們幹一些雜事，結果就被監察官禦史中丞王禎之給發現了，這位王大人還真是不畏權貴，立時就彈駭他們。褚粲家裏曾出過皇後，算是皇家的外戚，而司馬秀則是宗室，爵封章武王，晉進的光初勳雖然不像漢代時可以執掌兵權，現在也是專門為皇家跑腿辦事的。
這三個人代表著外戚，宗室，皇家近臣三方勢力，真要說起來，在以前他們三人犯的事還真不是什麼大事，可是現在他們犯的事卻和劉裕頒布的法令有了衝突，而且三人的態度還很不好，一個個囂張得很，渾不把劉裕頒布的法令放在心上。劉裕知道後又寫了一封信給武陵王，直接就把三個人給下了崗。這次的事件可以看做是世家第二次對於劉裕的試探。