桓玄當初坐船逃走後，在經過尋陽的時候，想起晉安帝還在這裏，就上岸想把他給帶走，畢竟晉安帝也算是一個重要的人質了。在初上岸時，桓玄還擔心江州刺史郭昶之會背叛自己，沒想到他到了江州刺史門前時，早已得知消息的郭昶之卻率人跪在大門之外迎接他。
忠臣啊。桓玄感動的熱淚盈眶，在長江上漂泊了十多天的桓玄此時的心裏那個激動。郭昶之知道桓玄肯定會要趕回去，又為他準備了大量的物資和天子出行要準備的儀仗（應該就是晉安帝以前用過的那套），甚至還送了他兩千軍兵，不久從岸上趕來的殷仲文也到了，看到桓玄後麵的旌旗儀仗和皇帝輿駕就說，“從逆境中再振作起來，這就可以了。”也不知道殷仲文說這話是不是拍桓玄的馬屁，因為他不久後就投靠晉朝了。（《晉書。桓玄傳》）
桓玄聽到後麵劉毅等人率兵追來了，他就發現尋陽這個地方不是很安全，於是，他馬上就挾持晉安帝繼續向荊州治所江陵逃竄，臨走前，他讓龍驤將軍何澹之，前將軍郭銓與郭昶之在湓口（今江西九江市，湓水入長江處）禦敵。
在去往的江陵的路上，他沒有時間去安慰下麵的士兵和追隨於他的大臣，反而卻問起身邊的人有沒有寫這幾天的《起居注》。《起居注》是古代史官記載帝王的生活，言行的記錄，供日後編著史書之用，一問知道沒有，桓玄馬上便來了極大的興趣，他親自動手，把這十幾天之內自己的行動寫了出來，自己是如何的運籌帷幄，如何的算無遺策，把劉裕那個泥腿子打得狼狽而逃，他現在之所以會回到江陵，完全是手底下的人沒有理會到他的精神，才會讓劉裕逞一時之快，非戰之罪也。寫好之後，他就讓人傳示大楚帝國轄下的所有州郡，不論遠近。
到了江陵時，他的堂兄桓石康還是擺著迎接皇帝的排場來迎接他歸來，雖然他是敗軍之將，但桓玄看到這個場景也會感覺動得流淚吧。回到江陵之後，他又重新任命了文武百官，以江陵為桓楚帝國的國都，讓卞範之為尚書仆射，也就是丞相，然後大造戰船，大肆擴軍，沒過多久，居然又招了兩萬多人，這桓氏在荊州的影響力可真不是蓋的，從者如雲，即便是桓玄如今敗了，還是有著如此多的人支持他。
荊州各郡的太守聽聞桓玄回來後，紛紛上表表示問安之意。可是桓玄這次敗北之後，十分在意別人看自己的眼光，他竟然下令把那些向他問安的奏章通通打回，隻能上祝賀遷都的奏章。這下子各地的太守們可就有點懵了，不過桓玄變的可不止這點，為了重新樹立權威，他下令使用嚴刑重法，不論是誰犯了一點小錯就要被重罰，甚至還要被殺，這樣下麵的人就更是和他離心離德。（《晉書。桓玄傳》）
古往今來，快要敗亡的君主在他人生的最後一段日子裏都是歇斯底裏的，言行舉止也會和往昔大不相同，同樣的死不認錯，同樣的獨斷專行，這真是天欲令其亡，必先令其狂。
桑落洲，這是長江中下遊的一個交通軍事重鎮，一直就是兵家必爭之地，簡單的來說，它就是在江水中的一座小島，赤壁之戰前，周瑜曾在此練兵，演義千古風流，後世著稱的點將台與他的墓地都在這裏。
由於桓玄先前逃走的時候帶起了大部分的船隻，劉毅等人要加緊趕製船隻，耽誤了很長一段時間，才趕到尋陽，等到劉毅等人趕到時，桓玄又加派了武衛將軍庾稚祖，江夏太守桓道恭等人率了幾千兵馬去救援先前守在湓口的何澹之等人。
四月二十三日，何澹之率領的船隊主動向駐紮在桑落洲的劉毅軍隊進攻，兩軍在長江之上相遇，何澹之的船隊加上桓玄派來的援軍差不多有一萬多人，而劉毅等人率領的軍隊在數量上來說要弱於對方，但是北府軍天下聞名，何澹之也不敢怠慢，於是他就想了一個自以為是妙計的計策。