而老天爺並沒有大發慈悲，桓玄手下的人逐漸減少，直到一個年青軍官馮遷之（官居益州都護）持刀衝進桓玄所乘的船艙時，桓玄大驚失色，他拔下頭上戴著的玉簪遞給他（難道是想賄賂他？），嘴裏還說道，“你是什麼人，居然敢殺天子？”馮遷之冷笑道，“我殺的不是別人，正是天子的叛賊。”說著手起刀落，當了幾個月皇帝的桓玄就死於一個無名小卒手上。（《資治通鑒。一一三卷》）
至於其他的桓玄氏族人，桓石康，桓浚，庾頤之當場就被殺死，而桓玄的兒子對著抓他的軍兵還說，“不要殺我，我是豫章王（桓玄稱帝後所封）”。他被押送到江陵後，斬首示眾。
史上對於桓玄為什麼不投奔桓希而投奔毛璩，這其中關鍵的就是毛修之的說辭打動了桓玄，至於毛修之到底說了什麼，史上並沒有確切的記載，不過可以試想一下，那時的桓玄可以說是眾叛親離了，不久前的殷仲文就是明證，而堂兄桓希值不值得信任？這是一個很嚴肅的話題。
而毛璩早先在桓玄篡晉的時候，就明確表示反對桓玄，那桓玄為什麼又會在這個走投無路的情況下反而投奔仇敵呢？後人就許多猜測，有說毛璩為了殺掉桓玄，假意說要和桓玄聯手，以對抗朝中的新貴劉裕（出自天涯ID：總老師麥加）。
這個說法很有道理，不過筆者在這裏有另外一份猜想，如果兩家要結盟，桓玄手上一點兵力都沒有，怎麼可能跑到別人的地盤上去，把自己的性命交給別人？早先他連自己的堂兄都有懷疑，除非一點，那就是桓玄本來就是去投降毛璩的。
首先要知道一點，毛璩的父親毛穆之當年是桓溫的舊將，毛穆之跟著桓溫北伐立過很多功勞，兩家的關係應該是很好的，可是自從桓玄叛晉後，毛璩才和桓玄反目成仇。
而提出這個建議的毛修之是毛璩的親侄子，他先任殷仲堪的寧遠參軍，後來又在桓玄手下做過後軍參軍，太尉參軍、相國參軍，屯騎校尉，直到現在毛修之還跟在他的身邊，可以說是一路走來，跟著他的老手下了，桓玄聽了他的話，會考慮這點也不奇怪。
毛修之此時知道桓玄也到了山窮水盡的時候，建議他向毛璩投誠，以保全性命，請毛璩看在兩家世交的份上，向朝廷求情，饒桓玄一命。
這個說法也不是沒有根據的，按照當時世家掌朝的情況，桓玄如果主動投降，朝廷應該不會要了桓玄的性命。畢竟桓氏一族在荊楚一地威望很高，尤其是桓溫當年北伐中原，聲威顯赫。按照當時的遊戲規則，勝利者不會殺了失敗者，最多也隻是幽禁，畢竟桓玄上位也隻是幽禁了晉安帝，也沒有對晉朝的宗室大肆殺戳。
至於為什麼不投降劉毅等人，這個就好說了。桓玄殺了劉毅的兄長劉邁，又殺了何無忌的舅舅劉牢之，落他們的手下桓玄還有活路嗎？
遇到毛佑之，有可能是一個意外，也很可能是毛修之早就知道毛佑之等人的行蹤，畢竟毛璠回葬江陵，他身為毛氏後人，怎麼可能不知道？
毛修之故意說了前麵的一番話來迷惑桓玄，讓他再三的考慮，再三的思考得失，拖住桓玄的腳步，讓兩方相遇，從而一舉殺了桓玄。畢竟史料上記載，桓玄是二十四日晚上出江陵城，而到了二十六日才到了枚回洲，要說桓玄沒有經過一番深切的思慮那是不可能的。
接著，桓玄的人頭先送江陵，江陵的人再送到劉毅手中，等劉毅驗明正身後，再送建康。