在桓玄逃跑的第二日，荊州別駕王康產與南郡太守王騰之就率人把晉安帝從幽禁他的房裏放出來，說是要反正，陛下您受驚了，今後您就不用提心吊膽了。而且為了取得安帝的信任，畢竟他原來是依附桓玄的，就下令殺了桓玄的兒子桓升，在荊州這個地方，除了刺史之外，就屬別駕的官職最大，總管一州的官員，相當於半個刺史，要說昨夜的叛亂與王康產沒有關係那是誰都不會信的。
本來這形式大好，眼見這桓氏就要敗亡了，可是追擊的劉毅人卻遲遲不到，在崢嶸洲之戰後，劉毅等人就以為桓玄必敗，大事可定了，在路上磨磨蹭蹭地，再加上運氣不好，又遇到了逆風，不能行船，幹脆停了下來，在江邊上的州縣提前擺起慶功酒，那是喝得一個熱鬧。
可惜，江陵城中本就沒有大軍鎮守，軍力薄弱，全靠王騰之的兵丁鎮守，桓玄的侄子桓振與堂兄桓謙召集心腹幾百人，到了江陵後又招了大概有一千人（桓氏在荊州的底蘊真是強大啊。），在城中內應的裏應外合之下，又重新攻下了江陵城，先前棄暗投明的王康產與王騰之這兩位自然是沒有他們的好果子吃的，兩人全家都被抄斬，他們兩人大概也沒有想到桓氏會反攻吧。
桓謙與桓振兩人給桓玄上諡號”武悼皇帝”，比當年的武悼天王冉閔的諡號還要高一級，他們大概是要向天下人表明，桓玄雖然大業未定，但總歸是一個有為的皇帝吧。（《資治通鑒。一一三卷》）
他們大概也知道桓氏現在不得人心，便讓晉安帝複位，以江陵為都城，接著桓振封自己為荊州刺史，監八州軍事，桓謙封侍中，衛將軍，豫州，江州二州刺史，而安帝的弟弟琅瑯王司馬德文也被封了一個名義上的徐州刺史，要知道現在的徐州刺史可是劉裕，這不是成心惡心劉裕嗎。
先前跟著王康產反正的荊州各郡太守聽說形勢大變，現在又掉轉風向，投降桓振，荊州再次一統，所以現在晉朝就有了兩個名義上的政府，一個在建康，一個在江陵，隻是人心大多向著建康罷了。
這時才反應過來的劉毅等人知道桓振居然重新攻下了江陵城後，這心裏是又怒又懼，怒的是到手的功勞就跑了，懼的是自己等人這次可是犯了大罪，要是稍有不慎可能人頭還要不保。
在種種複雜的心態中，劉毅等人加快進軍的腳步，劉毅率軍在巴陵（今湖南嶽陽）殺了守將王稚徽，而劉道規，何無忌兩人也在馬頭（注：今湖北公安西北）打敗桓謙，再破桓蔚於龍泉（離江陵不遠）。
這時的何無忌就被連戰連勝給衝昏了頭腦，他認為在北府軍的衝擊下，什麼荊州軍都是紙老虎，他認為不等劉毅，先入江陵城攻破桓氏，迎安帝複位，這可是一樁大功勞啊。與此同時，劉道規道就反對，“兵法有雲，進攻要審時度勢，不可輕忽冒進，現在的桓氏已是到了最後的關頭，下麵的人都會誓死效力，不如先養精蓄銳，等到劉毅的大軍到來，兩軍合為一處，就可以一戰而下。”
可惜何無忌不聽劉道規的建議，堅持要進攻，等到了江陵城不遠的靈溪這個地方時，桓振率領荊州軍與何無忌戰了不上不下，等到稍顯敗跡時，就馬上退走，何無忌自然是緊追不舍的，等到了楊林（今鬆滋市楊林市）時，早已埋伏好的馮該率軍衝了出來，與桓振前後夾攻何無忌，何無忌中伏大敗，被殺了一千多人，這是北府軍西征以來的第一次失敗。（《資治通鑒。一一三卷》）
何無忌進攻失敗之後，自然知道現在的江陵是塊不好啃的骨頭，與劉毅合兵後一下就退到了尋陽（今江西九江），也就是先前桓玄幽禁晉安帝，劉敬宣任江州刺史的駐地，等待朝廷的援軍，這仗打敗了，自然是要人來承擔責任的，加上先前的失期之罪，劉裕免了劉毅剛到手沒幾天的青州刺史。，不久後，劉裕就自己兼任了這個職務。（《資治通鑒。一一三卷》）
從這裏可以看出，劉裕與劉毅這一起共過患難的兄弟現在的關係已經不是太好了，劉裕對於劉毅先前恐嚇王謐的行為開始秋後算帳了，不是為了別的，就是因為劉毅對於劉裕的地位起了覬覦之心。
此後直到年底，北府軍都一直沒有對於江陵發動攻勢，不僅是因為北府軍新敗，士氣不振，更重要的是北方南燕皇帝慕容備德看到晉朝內亂，便想著能不能占個便宜，本來都已經調兵遣將準備好了，可是慕容備德後來自己生病了，這個打算就胎死於腹中，沒有成行。
可是慕容備德沒有南下，這鎮守京口的劉裕卻不能不防備來自北方的威脅，此時的桓氏已是強弩之末，不足為患，而北麵的威脅明顯大於江陵之亂，加上晉朝此時的南方，先前逃到廣州的盧天師開始占據了廣州，此時的東晉朝廷容不得兩麵或是三麵同時作戰。。