在六月時，盧天師看到劉裕和桓玄戰成一團，就知道自己的機會來了，朝廷裏的兩大巨頭現在恐怕顧不上自己，盧循立即率兵攻向番禺（今廣州），曆時三個多月的大戰，終於攻下了廣州城，，就連廣州刺史吳隱之也被盧循所擒，攻入廣州之後，盧循自稱平南將軍，之後馬上就命姐夫徐道覆攻占了始興（今廣東韶關），占據了北方軍隊南下的咽喉之地，自此之後，廣州暫時被割據。
更為重要的是朝廷裏一連串的事情讓劉裕分不得身，在六月時，益州刺史毛璩攻入漢中，殺了桓希，卻自領梁州刺史，這其中的意味就要讓人仔細思考一下，毛璩這樣做是不是不把朝廷放在眼裏？是不是不把劉裕放在眼裏？
七月時穆帝的何皇後死了，按說皇後乃是母儀天下之人，她死後的一段時間裏應該免除刀兵之禍。劉裕要是擅起刀兵恐怕要落人口實，成為政敵的攻擊借口，可是劉裕想清靜，別人還不放過他？在九月的時候，刁聘謀反了，就是刁逵的弟弟，也不知道他是聽了哪些家夥的唆使，好不容易逃得一命，非要幹這個掉腦袋的事，反正最後這個年輕小夥子死得很慘，劉裕先前饒他一命已經格外開恩了，這次當然是毫不猶豫的舉起屠刀把他給殺了。
大概在十二月的時候，劉敬宣在江州又重新造好了的大船，準備了更多的糧草器械，加上經過這幾個月的休養，北府軍也恢複了以前的士氣，劉裕看到北方暫定，毛璩占了粱州也沒有動靜，而盧循前不久還上書說支持朝廷攻打桓玄，他自己也把廣州的門戶封了當起土皇帝，就知道反攻的時刻到了。
這次還是劉毅掛帥，其他人為輔，等劉毅等人到了夏口（今武漢市漢口）的時候，桓振已經做好了他認為的萬全準備，就是讓鎮東將軍馮該率水軍守東岸（離武昌區近一點，長江在這小地方呈南北走向），揚武將軍孟山圖據魯山城（注：今湖北武漢市漢陽區），輔國將軍桓仙客守偃月壘（注：今湖北武漢市武昌區），合起來差不多也有一萬多人，水陸兩麵互為援助。
劉毅等人這次是憋了一肚子的火，打起仗來那是毫不含糊，劉毅親自率軍攻克了魯山城，劉道規就攻破了偃月壘，何無忌則率領水軍居中策應，直麵老將馮該，老將馮該或許是真的老了，不能像廉頗一樣，到了八十歲還能吃一鬥米十斤肉，兩人不是一個重量級的，結果那是敗得稀裏滑拉地，敗走於石城（今湖北鍾祥）。
就在劉毅等人繼續攻占巴陵的時候，此時，北方的南陽太守魯宗之，或許是看到此時的北府軍應該能一舉打敗荊州桓氏，便也想撿個現成的功勞賺賺，他在405年正月便率兵南下攻擊襄陽，而此時襄陽的守將乃是桓蔚，他先前在江陵左近的龍泉被何無忌給打敗，桓振一看他確實不行，就把他派往了北方的襄陽，可惜這小子確實是爛泥糊不上牆，在襄陽也是一仗沒打，直接就跑回了江陵。
劉毅等人這時的攻勢當得上勢如破竹幾個字，一路走來，沒有一人能夠阻擋他們前進的腳步，等到劉毅再次駐紮在馬頭（今湖北公安縣西北）時，桓振衡量了一下魯宗之與劉毅的對他的威脅程度，決定還是去會一會劉毅，這個魯宗之是打哪冒出來的，振爺我不認識。
再說，此時的桓振心裏已經有點心虛了，他此次出征時還帶上晉安帝，屯兵在江津（湖北沙市東南）這個地方，他向劉毅等人提議，他願意歸還晉安帝給建康，而朝廷也要同意桓氏割占荊州，江州兩地作為回報。
開玩笑，你想打想打？想停想停？現在不想打了居然還要割讓領土，回去了朝廷裏的人都會削我一頓吧。劉毅幾人自然不會同意桓振的條件。
而此時的魯宗之也是過五關斬六將，先在柞溪（今湖北江陵縣北二十裏）打敗桓振的部將溫楷，接著就是屯兵紀南（是春秋時楚國的都城，名郢都，離江陵城隻有五公裏），自家後院這火也起得太大了，桓振這時也沒時間同劉毅他們磨嘴皮子，急忙回師江陵，他要滅了這個不知道從哪裏冒出來的魯宗之。
劉毅他們等的就是這個機會，畢竟桓振從前打敗過他們幾人，要說劉毅他們不怵桓振那是假話，等桓振一回師，劉毅等人立馬殺了過來，先在豫章口（江陵東南）打敗了馮該，而守城的桓謙反正也不是第一次逃跑了，咱不丟人，拉著一幫兄弟親族，連夜逃出了江陵城。
等桓振這位”桓氏最後一位名將”，打敗了魯宗之回師江陵的時候，老遠就看到江陵城外四散的人群，還有城裏衝天而起的大火，哪裏還不知道江陵城已經破了，他手下軍心渙散，逃兵無數，不多時身邊除了幾個親衛，居然一個人都沒有了。
桓氏徹底敗亡，就算以後有一些零星的叛亂，也都是蘚疥之疾，不足掛齒。