此時，劉裕鎮守京口，廣州的盧循也暫時安份起來，朝廷的注意力就放在了內部的一些叛亂上，和占據益州的譙縱上麵。
比如地方上的桂陽太守章武王司馬秀，也就原來在建康城裏用官吏百姓幫他幹私活的那位，原本已經撤職了，可是人家是皇親，後台也大，沒多久就下放到地方當桂陽太守。桓振死後，這家夥的膽子也被嚇破了，因為他的妻子就是桓振的妹妹，怕被劉裕秋後算帳。恐懼導致攻擊，他就聯合益州刺史司馬軌之一起造反。
這個司馬軌之也隻是一個名義上的刺史，畢竟現在的益州在譙縱手上，他現在有官當不得，這心裏對於朝廷能沒有怨氣嗎？
可惜兩人都是含著金鑰匙長大的，從小到大即使是看到大軍出征，想必自己也是沒有上過戰場的，這樣的人怎麼能夠帶兵打仗，不出意料，這兩人沒掀起多大風浪就被殺了。
與此同時，桓玄的餘黨桓亮，符宏裹脅著百姓轉戰於荊湘江豫四州之地，時不時的掀起叛亂。這四州之地可說是占了晉朝一半還多的領土，他們也太能跑了。劉毅、劉道規、檀邸等人分兵突進，追得氣喘籲籲，總算最後追上了，一鼓而殲。
此戰之後，東晉的腹地算是平息了，朝廷任命劉毅為都督淮南等五郡軍事、豫州刺史，任命何無忌為都督江東五郡軍事、會稽內史。
六月的時候，北青州刺史劉該勾結北魏謀反，還有清河郡，陽平郡兩郡太守孫全響應，聲勢浩大，北魏也派了豫州刺史索度真、大將斛斯蘭進犯徐州，圍攻彭城，劉裕派弟弟彭城內史劉道憐、東海太守孟龍符率領人馬救援，也不知道是北魏的人太沒用，還是孟龍符太厲害，一戰就斬殺了劉該和孫全，擊退了北魏的進犯，就北魏的大將斛斯蘭也差點回不了國。（《資治通鑒。一一四卷》）
根據史上記載，劉該原來是司馬道子的親信，在401年，就任徐州刺史時曾投降過北魏的兗州刺史長孫肥如（《資治通鑒。一一三卷》），後來又不知道怎麼回國擔任了北青州刺史，這次直接就勾接北魏叛亂，可見當時主政的劉裕那是內憂外患不斷啊。不過幸好，造成的影響也不是很大。劉裕派兵北上，連叛軍帶北魏軍一起打回去。
北魏既然出了手，後秦也不甘寂寞，都想著能在東晉這塊肥肉上咬上一口，不過後秦就婉轉一些，派遣隴西公姚碩德進入楊盛新近占據的漢中等地，也就是東晉原來的梁州之地。楊盛上表向後秦姚興投降，而姚興也很大方，就像是明清時的天朝上國一樣，隻要你投降，我就接納你，還給你官當，給他封一個大大的官職，都督益，寧二州諸軍事、征南大將軍、益州牧，其實這都是虛的，楊盛也不在乎，隻要後秦不再攻打他就行。
405年七月，後秦的姚興還在考慮到底要不要進攻東晉的時候，這時候劉裕主動出招，居然主動向後秦請和了。
可是劉裕的這封求和書信簡直開了自三皇五帝以來，自從有了國家這個集體名稱之後的天字第一號玩笑，這個書信上的內容大致是這樣的，
”告後秦君臣上下，我劉裕現如今向後秦求和，為了表示您的誠意，我請求您能夠把戰據了多年的我朝國土南鄉郡等十二郡還給我國，在下不勝感激。”
這種求和書史上大概也就隻有劉寄奴寫得出來，你是求和的一方，現在居然要向我們這個”勝利國”索要領土，這下後秦的群臣就炸鍋了，一致反對東晉的求和，甚至有反應激烈的還要打到建康去，給那個賣草鞋的一個好看，真是欺我大秦無人還是怎麼的？
可是讓人大跌眼鏡地事發生了，後秦的皇帝姚興居然同意了這個荒誕莫名的要求，劉裕信上所說的十二郡之地全部歸還給東晉，姚興知道下麵的大臣不理解，就跟他們說，“天底下最大的善行就是成人之美，而劉裕從社會底層最卑賤的地位上發展起來，能夠誅殺桓玄，重新振興晉室，對內整頓日常政務，對外核查勘定封地疆土，我怎麼能為了珍惜幾個郡，便因此不成全他的好事呢？”