戰鬥開始，何無忌率先向徐道覆的水軍發動進攻，而徐道覆的兵馬連破幾郡之後，這人數又有了大幅度的增長。得何無忌進攻，徐道覆不僅讓自己手下的水軍還擊，並且還從軍中抽調大批弓箭手登上西岸邊上的小山，以居高臨下之勢，放箭直射進行的軍隊。
徐道覆的戰船高大，有的還是幾層樓船，何無忌手下的戰船比徐道覆的要小，就和當年追擊桓玄時的情況一模一樣，他隻能率軍接近敵方的戰船，然後才能攻擊到敵軍，可是剛剛挨近敵軍，就遭到了敵軍岸上弓箭手的密集攻擊，敵軍船上的兵丁也立時發動攻擊了，何無忌此時可以說是兩麵受敵。
晉軍的船小，船上沒有甲板護欄之類的東西，士兵紛紛暴露在敵軍的箭雨之下，士兵們隻得以一手持盾，一邊還擊，可是隨著士兵們不斷的中箭，何無忌的軍隊從一開始就處於下風。激戰了不久之後，更糟的事發生了，老天爺吹起了強烈的西風，晉軍船小，在風浪中不能立足，紛紛被大風吹向東岸。
敵軍中的徐道覆見到這個情況大喜過望，一聲令下，手下的座船乘著風勢向晉軍飛速駛來，利用座船高大的優勢，把晉軍的小船紛紛撞翻，晉軍隻得跳船以逃生，一時晉軍大潰。此時，何無忌也知道敗局不可避免，但他不願意作逃兵，寧肯戰死，他對手下人大喝一聲，“把我的蘇武節拿來。”蘇武節其實是朝廷賜給江州刺史的旌節。
何無忌一說蘇武節，手下人就知道他決定戰死以全忠義，他們也決定跟著何無忌一起戰鬥到最後。在何無忌的指揮之下，手下人都是奮力死戰，死也不後退，眼見敵人越來越多，而手下人地越來越少，何無忌也是麵不改色，直到幾十個五鬥米道的反賊跳上他的船頭，何無忌持節搏鬥至死。
何無忌是”建義諸人”中的三大巨頭之一，也是朝廷中的頂梁柱石，他的死對東晉的打擊其實不小。
撇開徐道覆的大勝，盧循領著另一路人馬北上占湘東郡（今湖南衡陽）後，順著湘江北上，與奉荊州刺史劉道規之命前來阻擊他的人馬會戰於長沙。因為劉道規自己也要鎮守益州的譙縱和北方的後秦，所以派的援軍不是很多，被盧循擊敗，退守江陵。不久之後，盧循占據了湘江與長江交彙的巴陵郡（今湖南嶽陽）。
從某一方麵來說，何無忌自己求死不可取，畢竟失敗了可以再來，何必戰死沙場。因為何無忌的命不僅是屬於他自己，他同時還是朝廷的江州刺史，他一死，這徐道覆就無人可製，難道指望劉毅嗎？所以之後徐道覆輕鬆攻占了尋陽，占據了這個長江之中極為重要的節點，尋陽和巴陵是建康通往荊州的兩個必經之路，這兩個地方失去了，朝廷就會和荊州失去聯係。