可是孟旭的死沒有成為壓倒建康城的最後一根稻草，因為此時，不戰而逃的魏順之已經回到建康城了，劉裕用喪師、失地、臨陣脫逃幾個罪名把他當眾斬首。
魏順之是誰？魏順之和他哥哥魏詠之當初跟著劉裕一起在京口起義的建義諸人之一，他也算是劉裕的老兄弟了。他被劉裕殺了之後，建康城裏的功臣們再也不敢和劉裕對著幹了，這一次魏順之做了劉裕殺雞儆猴的那一隻雞。
不久，朝中傳下聖旨，大赫天下，然後就是招募士卒。建康城現在最大的弱點就是兵力不夠，所以劉裕這一次很大方，重金懸賞，隻要是在這一次保衛建康城中立下大功的人員，他們的賞賜都是按照當年京口起義的標準來發放。當年京口起義後，隻要是存活下來的每一個人都有封賞，當時大封了幾千人，就是死了的人朝廷也沒有忘記他們，他們家裏人都減了好多年的稅賦。因此此令一下，簡直是從者如雲。
接著就是發動百姓營建石頭城，依照建康城周圍所在的地形，石頭城處在建康城的西邊，石頭城是依清涼山而建，城牆邊都是陡峭的崖壁，易守難攻，它連著長江的水道，而建康城的南邊則是秦淮河，它也連著長江，所以石頭城是抵抗賊軍的第一道防線，守住它不僅可以防範敵軍直接在江濱登陸，也可以扼守河口，防止其艦隊開入秦淮河。
當時還有人建議說應該分兵駐守離建康相近的各個交通要道，這樣就讓敵軍寸步難行，也可以節約出更多的時間讓建康城從容準備，劉裕心裏早有打算，他反駁道，“現在的情況是敵眾我寡，如果再把本就不多的兵力分散到各個要點上，那麼每一個要點上的軍隊也不會很多，這樣反而讓敵人知道了我軍的虛實，而且我們軍連遭尋陽，豫章兩處大敗，這樣對我軍來說是很不利的。我們應該把全部的兵力集中在石頭城，這樣既可以讓敵軍不知道我軍的虛實，也可以使軍隊的力量不致於分散，當然，如果各地的軍隊能夠及時的集合到京城來，到時再另行安排吧。”
在修繕石頭城的同時，為了防止盧循突襲秦淮河，劉裕也聽從龍驤將軍虞丘進的建議，讓晉軍砍伐大量的樹木，在秦淮河流入長江的河口處打下大量的木樁，阻了航道。同時沿著長江江岸和秦淮河南岸打造一條木柵欄，以增加賊軍登陸的困難。
十四日，盧循率領的賊軍已經開到建康城邊的江麵上。建康城立即戒嚴，宮中傳來聖旨，琅邪王司馬德文都督宮城諸軍事，住在中堂大殿處理軍務。劉裕則在石頭駐紮，其他各位將領各有自己的防地。劉裕的兒子劉義隆隻有四歲，劉裕就派諮議參軍劉粹輔佐他，鎮守京口，而劉粹是劉毅的遠房堂弟。
劉裕站在石頭城的望樓之上看到許多百姓居然站在江邊看著江中的賊軍，就覺得很奇怪，建康城不是戒嚴了嗎？問參軍張劭這是怎麼一回事？張劭就拍著馬屁說，“如果您沒有回來，百姓們恐怕早就四散奔逃了，哪裏還有閑情逸誌在這裏觀望，現在您回來了，他們自然是不怕的了。”
張劭的馬屁拍得劉裕很舒服，於是劉裕很有閑情給手下人講解了一番，“賊兵如果從新亭（今南京城南，也是當時建康城的一處要地）直接挺進，那麼他們應該是來和我們決一死戰的，其鋒芒不可阻擋。我們也隻能暫且回避，到時他們一登岸我們就放棄建康，帶著軍隊後退再尋找戰機，隻是這樣一來此戰的勝負也就不可預料了。但是賊兵如果回到西岸去停泊，那就證明他們沒有和我們死磕的勇氣，到時此戰我們必勝。”
看著江麵的遮天蔽日的船隊遠遠朝著建康城而來，劉裕和手下人呼吸都急促了起來，賊軍前進的方向就決定了他們的命運，越來越近，石頭城上眾人的擔憂之中，船隊沒有著在西岸停下，而是直接朝著秦淮河而來。