所以劉裕思索良久，才在案桌上鋪就的一張白紙上寫上一個大大的”殺”字。不久朝廷同意了劉毅的上表，不過劉蕃身為兗州刺史，他要另行任命按照慣例是要進京城述職的，所以就在劉毅暗中得意的情況下，劉蕃則是懵懂無知的情況下，建康城中已經悄悄地鋪下了一張捕魚的大網。
劉裕開始的時候不殺劉毅，那是因為沒有找到要殺他的理由，因為那時的劉毅頂多也隻是發發牢騷，對於朝中的大臣來說沒有絲毫關係，可是現在不同了，是個人都知道劉毅把他堂弟調過去，這朝廷今後就要多事了，朝廷也可以理解為劉毅有了謀反的心思，謀反這種事不用講求太多的證據，隻有你有這個跡象，朝廷就可以對你進行一些必要的行動了。
就比如現在，進京述職的前兗州刺史劉蕃大人一進建康城，就被朝廷的人給秘密搜捕了，接著就是朝廷尚書仆射謝混也給抓到天牢裏去了，罪名就是勾結劉毅與劉蕃圖謀造反，隻需要一天一夜的時間，這人證，物證就都齊全了，讓人不得不驚歎古代邢律機構的工作效率實在是高啊。
有明確的罪證，劉裕立即就拿著這個東西去皇宮找他的專用蓋印郎官去了，等他出宮的時候，手上已經拿著一道賜死劉蕃與謝混兩人的明黃聖旨。隻是可惜了謝混這好大的名聲，認不清形勢，非要和劉裕作對，落得身死的下場。當初謝混和劉毅之間很親近的時候，謝混的堂兄謝澹常常為此擔憂，遂逐漸與他疏遠，並對弟弟謝璞和侄兒謝瞻說：“謝混這種性情，將來一定會家破人亡。”也不知道他是個大嘴巴還是看出他們兩人都不是成大事的料，才會下此論斷，不過他的判斷還真是準啊。
接著就是正式討伐劉毅的事情了，劉毅這個人總的來說，他打仗的水平隻能算是中上，但是他的威望當時在朝廷的軍中除了劉裕就數他了，所以為了避免什麼陣前投敵之類的事發生，劉裕決定親自出征，再說這劉毅現在占據江州之地，握有大州，手下的人馬也有好幾萬，別的人上去劉裕還不放心了。
出征的人選定了之後，劉裕心中接著就要考慮留守之人了，這劉穆之實在官卑職小，不能代替自己在朝中行使宰相之權，這劉裕想來想去，也隻有挑了新任豫州刺史諸葛長民，這家夥實在是沒有什麼出彩的地方，可是建義諸人中現在還健在的，官位也比較高的也就是他了，諸葛長民對於京城不是很熟悉，劉穆之就負責輔助於他處理京中的各項事宜。當然，劉穆之被加封為建武將軍，建立軍府，配置軍隊也是順理成章的事了。
那麼朝廷既然已經把劉毅定性為反賊，那麼新任的荊州刺史應該選誰了？這個問題也實在不好決斷，自己手下的人都沒有這個資曆擔任這個職位，而且是考慮到自己剛剛才把世家們的爪牙給殺了，雖然他們就是想要鬧事也沒有這個實力，但如果世家們扯出皇室來對付自己那可就不好辦了，所以為了安撫好皇室的心情，劉裕決定把這個肥得流油的地方留給了皇家宗室司馬休之。
司馬休之這個人吧，庸碌無能，劉裕還真沒把他放在眼裏，當初他也是任的荊州刺史之職，卻被桓玄給趕到南燕去了，就算是荊州落到他的手上，劉裕也沒有什麼好擔心的。
九月十六日，朝廷正式下旨，前會稽內史司馬休之為都督荊、雍、梁、秦、寧、益六州諸軍事，荊州刺史；任命北徐州刺史劉道憐為兗、青二州刺史，鎮守京口，而劉裕自己則是率領著四萬大軍西征劉毅。
就在出發之前，在廣固與劉裕一夜長談的王鎮惡這時來找劉裕了，他的目的隻有一個，那就是自請為大軍的先鋒，然後獻上了一條奇襲江陵的妙計，劉裕聽了他的計劃之後也是擊節讚歎，決定按照他獻的計策去做，調了一百艘的輕便小船再加上幾千的士兵給他，同時任命蒯恩擔任副將，與他一起前去執行這個任務。
在臨去之前，劉裕交待兩人，“如果敵人沒有防備，你們覺得可以戰勝，那你們便放手進攻，如果覺得取勝的機會不大，便把他們的船艦通通給燒毀了，然後停留在江邊等本公來了再從長計議。”